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万見
- PDB-7y90: Crystal Structure Analysis of cp1 bound BCL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y90
タイトルCrystal Structure Analysis of cp1 bound BCL2
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-2
  • cp1 peptide
キーワードAPOPTOSIS / BCL2 / cp1 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process ...channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / gland morphogenesis / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / stem cell development / lymphoid progenitor cell differentiation / T cell apoptotic process / melanocyte differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / glomerulus development / regulation of nitrogen utilization / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / focal adhesion assembly / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of viral genome replication / oocyte development / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / response to iron ion / negative regulation of ossification / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / organ growth / negative regulation of B cell apoptotic process / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell homeostasis / BH3 domain binding / B cell homeostasis / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of anoikis / regulation of calcium ion transport / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hematopoietic stem cell differentiation / behavioral fear response / response to glucocorticoid / cellular response to glucose starvation / ovarian follicle development / skeletal muscle fiber development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of B cell proliferation / response to cytokine / negative regulation of autophagy / regulation of transmembrane transporter activity / reactive oxygen species metabolic process / axonogenesis / ossification / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of cell migration / regulation of mitochondrial membrane potential
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JFF / Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Li, F.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cyclic peptides discriminate BCL-2 and its clinical mutants from BCL-X L by engaging a single-residue discrepancy.
著者: Li, F. / Liu, J. / Liu, C. / Liu, Z. / Peng, X. / Huang, Y. / Chen, X. / Sun, X. / Wang, S. / Chen, W. / Xiong, D. / Diao, X. / Wang, S. / Zhuang, J. / Wu, C. / Wu, D.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2
B: cp1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2773
ポリマ－20,7892
非ポリマー4881
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.602, 99.611, 52.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-368-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19427.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw_1 (ファージ) / 参照: UniProt: P10415
#2: タンパク質・ペプチド cp1 peptide


分子量: 1361.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-JFF / (2R)-3-[2-(aminomethyl)-3-azanyl-1-[4-[2-(2-chloranylethanoylamino)ethylcarbamoyl]phenyl]prop-1-enyl]sulfanyl-2-(carboxyamino)propanoic acid


分子量: 487.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26ClN5O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH6.5, 2.0M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 10380 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.1-2.1410.50.4485130.9750.9940.1410.4710.958
2.14-2.1810.60.4084880.9740.9930.130.4290.943
2.18-2.2211.40.365260.9790.9950.110.3760.98
2.22-2.2612.80.3355000.9890.9970.0970.3491.037
2.26-2.3113.10.3515000.9810.9950.1010.3661.015
2.31-2.3713.30.3065020.9860.9960.0870.3181.019
2.37-2.4213.20.2675230.9890.9970.0770.2781.008
2.42-2.4913.20.2515220.9890.9970.0720.2611.019
2.49-2.5613.30.2365050.9910.9980.0680.2461.053
2.56-2.6512.90.1945080.9920.9980.0560.2021.003
2.65-2.7412.10.1675230.9960.9990.050.1741.1
2.74-2.8511.90.1565180.9930.9980.0470.1631.045
2.85-2.9813.40.1385150.9930.9980.0390.1431.016
2.98-3.1413.50.1225190.9950.9990.0350.1271.023
3.14-3.3313.20.1055220.9970.9990.030.1090.96
3.33-3.5913.10.0925160.9960.9990.0270.0960.982
3.59-3.9512.10.0875280.9980.9990.0260.0911.009
3.95-4.52120.0785300.9980.9990.0240.0820.834
4.52-5.7130.0745410.9950.9990.0210.0770.743
5.7-5011.40.085810.9930.9980.0250.0840.821

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→32.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 5.383 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27562 488 5.1 %RANDOM
Rwork0.22002 ---
obs0.22281 9132 92.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.136 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å2-0 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→32.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 111 87 1308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8691.771699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4011.6892527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9675136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19620.70471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7315177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8651511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9462.428549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9472.428547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9623.619684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9613.619684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3542.828704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3512.827705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0594.1191016
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55846.3615313
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.55946.3585311
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.094→2.148 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 22 -
Rwork0.217 471 -
obs--66.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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