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- PDB-7yb3: SufS with D-cysteine for 1 min -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yb3
タイトルSufS with D-cysteine for 1 min
要素Cysteine desulfurase SufS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase / iron-sulfur cluster biosynthesis / PLP-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
D-CYSTEINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Cysteine desulfurase SufS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nakamura, R. / Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K14510 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Visualizing thiazolidine ring formation in the reaction of D-cysteine and pyridoxal-5'-phosphate within L-cysteine desulfurase SufS.
著者: Nakamura, R. / Fujishiro, T.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02025年4月9日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6618
ポリマ－46,8151
非ポリマー8467
水5,278293
1
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,32116
ポリマ－93,6292
非ポリマー1,69214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area10410 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.900, 92.900, 129.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase SufS


分子量: 46814.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue 224 is used for a Lys-PLP-D-cysteine adduct as an reaction intermediate.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-DCY / D-CYSTEINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 50 mM lithium sulfate, 50% (v/v) PEG200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.49 Å / Num. obs: 60256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.182 % / Biso Wilson estimate: 40.896 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 12.33 / Num. measured all: 613504 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.910.4940.9412.4393671892789260.8020.989100
1.9-210.3360.5673.9874336719271920.9160.597100
2-2.29.7360.2897.110553410841108400.9730.306100
2.2-2.510.6180.16712.3111098010452104520.990.175100
2.5-310.1560.11417.6796378949194900.9940.121100
3-410.1020.09323.2276714759475940.9950.098100
4-69.7620.08824.8138891398439840.9940.093100
6-109.850.08825.0213475136913680.9950.09399.9
10-46.498.5980.09123.4335254184100.9930.09798.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZS9

5zs9


解像度: 1.8→46.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.777 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1714 3013 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.1568 57244 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.94 Å2 / Biso mean: 39.539 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→46.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 48 293 3515
Biso mean--66.33 48.2 -
残基数----405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0123280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3541.6434433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5723.54161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26915538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4441514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022449
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 221 -
Rwork0.24 4202 -
all-4423 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12010.32490.06771.4820.48210.96350.056-0.0492-0.0008-0.02190.0502-0.1607-0.12460.246-0.10620.0897-0.08310.02980.1276-0.04980.1033-26.68912.936-14.795
20.2170.01190.07810.60450.5220.57550.14530.0324-0.03380.1204-0.14180.10.1341-0.0395-0.00350.1253-0.01060.01220.1081-0.04730.1201-45.064-5.895-11.9
30.30480.22960.10061.27880.32040.30340.0862-0.03450.08990.2272-0.17490.2771-0.0755-0.02410.08870.1708-0.04310.09260.08-0.07390.1542-57.33813.623-5.061
42.39911.7373-2.51131.9134-2.72413.880.0506-0.2390.0734-0.00160.00780.03940.00070.003-0.05840.1303-0.00290.0390.1104-0.08090.1618-44.84413.034-14.598
50.36360.21680.08790.58260.2460.38080.0729-0.0073-0.03050.167-0.0650.08550.0830.0149-0.00790.1123-0.0420.02810.0566-0.02460.0955-48.07-5.113-11.735
61.26090.3306-0.10841.11660.71070.5855-0.0167-0.03530.1297-0.1822-0.02730.1404-0.22760.01050.0440.2562-0.0350.01440.0275-0.04880.1013-41.31628.973-12.451
70.9744-0.12790.50524.3688-1.30471.5118-0.1407-0.05490.1117-0.03180.164-0.1332-0.31720.1726-0.02330.2251-0.10790.0420.094-0.06610.1077-31.14831.524-14.31
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3A110 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4A224
5X-RAY DIFFRACTION5A225 - 300
6X-RAY DIFFRACTION6A301 - 378
7X-RAY DIFFRACTION7A379 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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