+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yb3 | ||||||
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Title | SufS with D-cysteine for 1 min | ||||||
Components | Cysteine desulfurase SufS | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase / iron-sulfur cluster biosynthesis / PLP-dependent enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Nakamura, R. / Fujishiro, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Snapshots of thiazolidine fomration of PLP-dependent enzyme SufS Authors: Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7yb3.cif.gz | 182.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7yb3.ent.gz | 141.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7yb3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7yb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7yb3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5zs9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46935.859 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ZAI is used for a Lys-PLP-D-cysteine adduct as an reaction intermediate. Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) Strain: 168 / Gene: sufS, csd, yurW, BSU32690 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: O32164, cysteine desulfurase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HCl, 50 mM lithium sulfate, 50% (v/v) PEG200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 13, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→46.49 Å / Num. obs: 60256 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.182 % / Biso Wilson estimate: 40.896 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 12.33 / Num. measured all: 613504 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ZS9 Resolution: 1.8→46.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.777 / SU ML: 0.058 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.078 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.94 Å2 / Biso mean: 39.539 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→46.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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