PDB-7yaq: Phloem lectin (PP2)C34S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yaq

タイトル

Phloem lectin (PP2)C34S mutant

要素

17 kDa phloem lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Phloem lectin / chitin-binding lectin

機能・相同性

Phloem protein 2-like /

Phloem protein 2 /

carbohydrate binding / 17 kDa phloem lectin

機能・相同性情報

生物種

Cucumis sativus (キュウリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.853 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Priya, B. / Suguna, K. / Surolia, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and interactions of the phloem lectin (phloem protein 2) Cus17 from Cucumis sativus.
著者: Bobbili, K.B. / Sivaji, N. / Priya, B. / Suguna, K. / Surolia, A.

履歴

登録	2022年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yaq.cif.gz	46.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yaq.ent.gz	30.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yaq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yaq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vubS 7vs6 7vwb 7w4b S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 17 kDa phloem lectin

17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 17 kDa phloem lectin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.970, 51.970, 261.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-261- HOH

#1: タンパク質	17 kDa phloem lectin 分子量: 17623.807 Da / 分子数: 1 / 変異: C34S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumis sativus (キュウリ) / 遺伝子: Lec17-7 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8LK69
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 18% 1,4 butanediol, 300 mM Zinc acetate and 0.1 M Imidazole-HCl pH 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年1月1日
放射	モノクロメーター: Cu K / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.01 Å / Num. obs: 18583 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.8 Å² / CC_1/2: 0.944 / R_merge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 2563 / CC_1/2: 0.855

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VUB

7vub

解像度: 1.853→44.395 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.879 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.841 / WR_factor R_free: 0.357 / WR_factor R_work: 0.278 / Average fsc free: 0.9133 / Average fsc work: 0.9423 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3162	931	5.01 %
R_work	0.2643	17652	-
all	0.267	-	-
obs	-	18583	98.136 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.531 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.129 Å²	0.065 Å²	0 Å²
2-	-	0.129 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.853→44.395 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1220	0	0	67	1287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.774	1.63	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.982	1.566	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.664	5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.747	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.566	10	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.234	10	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.306	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.122	1.827	599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.094	1.825	599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.079	3.278	747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.088	3.278	748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.515	2.032	658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.513	2.031	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.672	3.629	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.67	3.627	966
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.04	23.179	5123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.021	23.153	5097

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.853-1.901	0.384	54	0.337	1221	0.339	1337	0.881	0.927	95.3628	0.321
1.901-1.953	0.291	63	0.264	1222	0.265	1326	0.929	0.947	96.908	0.252
1.953-2.01	0.312	71	0.245	1176	0.249	1287	0.928	0.952	96.892	0.239
2.01-2.071	0.346	67	0.258	1139	0.263	1240	0.914	0.945	97.2581	0.257
2.071-2.139	0.371	67	0.28	1111	0.285	1208	0.858	0.932	97.5166	0.279
2.139-2.214	0.403	45	0.273	1113	0.278	1185	0.87	0.937	97.7215	0.282
2.214-2.297	0.324	50	0.275	1073	0.277	1144	0.894	0.934	98.1643	0.283
2.297-2.391	0.333	57	0.278	1026	0.281	1101	0.901	0.934	98.3651	0.294
2.391-2.497	0.348	55	0.262	1007	0.266	1076	0.904	0.944	98.6989	0.278
2.497-2.618	0.279	48	0.263	950	0.263	1014	0.911	0.943	98.4221	0.277
2.618-2.759	0.324	53	0.261	908	0.264	971	0.925	0.946	98.9701	0.279
2.759-2.926	0.281	66	0.267	865	0.268	937	0.94	0.946	99.3597	0.287
2.926-3.127	0.274	39	0.283	821	0.282	868	0.934	0.935	99.0783	0.296
3.127-3.376	0.37	31	0.288	784	0.291	820	0.904	0.939	99.3902	0.306
3.376-3.696	0.319	34	0.273	749	0.275	784	0.923	0.944	99.8724	0.285
3.696-4.129	0.251	33	0.251	659	0.251	693	0.962	0.949	99.8557	0.26
4.129-4.761	0.283	28	0.222	613	0.224	644	0.953	0.962	99.5342	0.237
4.761-5.814	0.261	32	0.248	512	0.248	551	0.956	0.961	98.7296	0.273
5.814-8.153	0.422	26	0.266	422	0.275	450	0.92	0.946	99.5556	0.279
8.153-44.395	0.342	12	0.23	281	0.233	299	0.925	0.953	97.9933	0.346

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)