PDB-7vwb: Phloem lectin (PP2) structure -complex with N-Acetyllactosamine (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vwb

タイトル

Phloem lectin (PP2) structure -complex with N-Acetyllactosamine (LacNAc)

要素

phloem lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Phloem lectin / chitin-binding lectin

機能・相同性

: / Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / carbohydrate binding / N-acetyl-alpha-lactosamine / 17 kDa phloem lectin

機能・相同性情報

生物種

Cucumis sativus (キュウリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and interactions of the phloem lectin (phloem protein 2) Cus17 from Cucumis sativus.
著者: Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A.

履歴

登録	2021年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vwb.cif.gz	82.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vwb.ent.gz	58.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vs6SC 7vubC 7w4bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: phloem lectin

B: phloem lectin

ヘテロ分子

36.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.690, 60.390, 82.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

phloem lectin / PP2

分子量: 17651.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Cucumis sativus (キュウリ) / 遺伝子: Lec17-7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LK69

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: N-acetyl-alpha-lactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][<C8N1O3>]{[(1+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 22% v/v Polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30.19 Å / Num. obs: 28551 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 4055 / CC_1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VS6

7vs6

解像度: 1.9→24.896 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	1468	5.142 %
R_work	0.2185	27080	-
all	0.22	-	-
obs	-	28548	98.012 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.985 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.64 Å²	0 Å²	-0.141 Å²
2-	-	-1.233 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.344 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2423	0	56	240	2719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.018	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.654	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.35	1.609	5206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.18	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.329	21.241	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.002	15	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.331	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.021	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.225	0.2	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.373	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.251	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.192	1.414	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.189	1.413	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.892	2.116	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.893	2.116	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.44	1.522	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.437	1.522	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.201	2.242	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.202	2.243	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.388	26.604	10751
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.382	26.545	10715
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.044	0.05	4970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.335	129	0.237	1893	X-RAY DIFFRACTION	95.8748
1.949-2.003	0.262	110	0.225	1922	X-RAY DIFFRACTION	96.7619
2.003-2.061	0.258	86	0.218	1879	X-RAY DIFFRACTION	97.085
2.061-2.124	0.262	96	0.221	1818	X-RAY DIFFRACTION	97.3055
2.124-2.194	0.218	77	0.208	1813	X-RAY DIFFRACTION	97.6744
2.194-2.271	0.239	95	0.2	1682	X-RAY DIFFRACTION	97.5302
2.271-2.356	0.243	102	0.198	1684	X-RAY DIFFRACTION	97.9167
2.356-2.452	0.262	76	0.218	1589	X-RAY DIFFRACTION	98.1143
2.452-2.561	0.224	77	0.215	1547	X-RAY DIFFRACTION	98.3646
2.561-2.686	0.274	81	0.223	1512	X-RAY DIFFRACTION	98.8827
2.686-2.831	0.248	79	0.212	1377	X-RAY DIFFRACTION	98.7788
2.831-3.003	0.261	83	0.218	1332	X-RAY DIFFRACTION	99.0896
3.003-3.21	0.253	76	0.223	1260	X-RAY DIFFRACTION	98.8897
3.21-3.467	0.236	61	0.233	1178	X-RAY DIFFRACTION	99.5181
3.467-3.797	0.274	51	0.236	1105	X-RAY DIFFRACTION	99.3127
3.797-4.244	0.218	59	0.202	962	X-RAY DIFFRACTION	99.4158
4.244-4.898	0.2	36	0.195	889	X-RAY DIFFRACTION	99.0364
4.898-5.994	0.246	56	0.235	729	X-RAY DIFFRACTION	99.2415
5.994-8.454	0.245	26	0.259	587	X-RAY DIFFRACTION	99.3517
8.454-24	0.214	12	0.221	322	X-RAY DIFFRACTION	94.0845

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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