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万見
- PDB-7y99: Crystal Structure Analysis of cp2 bound BCLxl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y99
タイトルCrystal Structure Analysis of cp2 bound BCLxl
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • CP2 peptide
キーワードAPOPTOSIS / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP1 inflammasome / synaptic vesicle recycling via endosome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / BH domain binding / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation ...The NLRP1 inflammasome / synaptic vesicle recycling via endosome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / BH domain binding / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / regulation of long-term synaptic depression / response to cycloheximide / clathrin binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / germ cell development / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / MDM2/MDM4 family protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / mitochondrion organization / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / response to ischemia / mitochondrial membrane / cellular response to amino acid stimulus / response to virus / response to radiation / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / presynapse / GTPase binding / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / neuron apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / centrosome / apoptotic process / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IQ8 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, F.W. / Liu, C. / Wu, C.L. / Wu, D.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cyclic peptides discriminate BCL-2 and its clinical mutants from BCL-X L by engaging a single-residue discrepancy.
著者: Li, F. / Liu, J. / Liu, C. / Liu, Z. / Peng, X. / Huang, Y. / Chen, X. / Sun, X. / Wang, S. / Chen, W. / Xiong, D. / Diao, X. / Wang, S. / Zhuang, J. / Wu, C. / Wu, D.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.details
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: CP2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9113
ポリマ－17,6202
非ポリマー2911
水1,49583
1
A: Bcl-2-like protein 1
B: CP2 peptide
ヘテロ分子

A: Bcl-2-like protein 1
B: CP2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8226
ポリマ－35,2394
非ポリマー5832
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area7220 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.433, 100.478, 51.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 16190.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bcl2l1, Bcl2l, Bclx / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64373
#2: タンパク質・ペプチド CP2 peptide


分子量: 1429.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Molecule 2 is a cyclic peptide, IQ8 is a special linker connected with A and C.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-IQ8 / N-(2-acetamidoethyl)-4-(4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)benzamide


分子量: 291.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium acetate, BIS-TRIS, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 14253 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.975 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 179227
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9312.80.4926670.9560.9890.1410.5120.99399.9
1.93-1.9712.90.4097100.9660.9910.1180.4260.931100
1.97-2.0112.80.386860.9710.9930.1090.3950.957100
2.01-2.0512.60.3217150.9760.9940.0930.3340.94100
2.05-2.0912.60.2917190.980.9950.0850.3031.041100
2.09-2.14120.2586930.980.9950.0760.2690.956100
2.14-2.1911.20.2386930.9790.9950.0740.251.013100
2.19-2.25130.2187150.9860.9960.0630.2281.053100
2.25-2.3213.20.2077020.9860.9960.0590.2160.971100
2.32-2.39130.1947060.9840.9960.0560.2020.953100
2.39-2.4813.10.1817080.9840.9960.0520.1890.957100
2.48-2.5812.80.1697120.9880.9970.0490.1760.921100
2.58-2.712.60.167020.9890.9970.0470.1670.92699.7
2.7-2.8411.50.1517230.9870.9970.0460.1580.97299.9
2.84-3.0213.30.1457150.9890.9970.0410.1510.924100
3.02-3.2513.20.1417160.9920.9980.040.1470.909100
3.25-3.5812.90.1377280.9880.9970.0390.1420.909100
3.58-4.0911.70.1377210.9880.9970.0410.1430.97899.7
4.09-5.1612.70.1327390.990.9980.0390.1380.93699.9
5.16-5011.50.1447830.9540.9880.0450.1521.00299.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→28.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.756 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19217 697 5 %RANDOM
Rwork0.17446 ---
obs0.17538 13311 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.11 Å2-0 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→28.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1247 0 0 83 1330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.6531734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5551.6012620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3635148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.57922.07877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58315199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.579159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.381.895599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2441.89598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3342.817746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3322.82747
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4322.322681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3912.321681
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3163.332989
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.36135.0715140
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.32934.9465100
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 38 -
Rwork0.206 831 -
obs--86.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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