PDB-7y99: Crystal Structure Analysis of cp2 bound BCLxl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y99

タイトル

Crystal Structure Analysis of cp2 bound BCLxl

要素

Bcl-2-like protein 1
CP2 peptide

キーワード

APOPTOSIS / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / response to cycloheximide / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / germ cell development / BH3 domain binding / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / response to radiation / mitochondrial membrane / response to virus / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / apoptotic process / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Li, F.W. / Liu, C. / Wu, C.L. / Wu, D.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cyclic peptides discriminate BCL-2 and its clinical mutants from BCL-X L by engaging a single-residue discrepancy.
著者: Li, F. / Liu, J. / Liu, C. / Liu, Z. / Peng, X. / Huang, Y. / Chen, X. / Sun, X. / Wang, S. / Chen, W. / Xiong, D. / Diao, X. / Wang, S. / Zhuang, J. / Wu, C. / Wu, D.

履歴

登録	2022年6月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.details
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y99.cif.gz	48.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y99.ent.gz	32.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y99_validation.pdf.gz	716.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y99_full_validation.pdf.gz	717.4 KB	表示
XML形式データ	7y99_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	7y99_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/7y99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/7y99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y8dC 7y90C 7ya5C 7yaaC 7yb7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

B: CP2 peptide

ヘテロ分子

17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bcl-2-like protein 1

B: CP2 peptide

ヘテロ分子

A: Bcl-2-like protein 1

B: CP2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.433, 100.478, 51.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 16190.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bcl2l1, Bcl2l, Bclx / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64373
#2: タンパク質・ペプチド	CP2 peptide 分子量: 1429.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Molecule 2 is a cyclic peptide, IQ8 is a special linker connected with A and C. 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-IQ8 / N-(2-acetamidoethyl)-4-(4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)benzamide 分子量: 291.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium acetate, BIS-TRIS, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月21日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 14253 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.975 / CC star: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.159 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 179227

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	12.8	0.492	667	0.956	0.989	0.141	0.512	0.993	99.9
1.93-1.97	12.9	0.409	710	0.966	0.991	0.118	0.426	0.931	100
1.97-2.01	12.8	0.38	686	0.971	0.993	0.109	0.395	0.957	100
2.01-2.05	12.6	0.321	715	0.976	0.994	0.093	0.334	0.94	100
2.05-2.09	12.6	0.291	719	0.98	0.995	0.085	0.303	1.041	100
2.09-2.14	12	0.258	693	0.98	0.995	0.076	0.269	0.956	100
2.14-2.19	11.2	0.238	693	0.979	0.995	0.074	0.25	1.013	100
2.19-2.25	13	0.218	715	0.986	0.996	0.063	0.228	1.053	100
2.25-2.32	13.2	0.207	702	0.986	0.996	0.059	0.216	0.971	100
2.32-2.39	13	0.194	706	0.984	0.996	0.056	0.202	0.953	100
2.39-2.48	13.1	0.181	708	0.984	0.996	0.052	0.189	0.957	100
2.48-2.58	12.8	0.169	712	0.988	0.997	0.049	0.176	0.921	100
2.58-2.7	12.6	0.16	702	0.989	0.997	0.047	0.167	0.926	99.7
2.7-2.84	11.5	0.151	723	0.987	0.997	0.046	0.158	0.972	99.9
2.84-3.02	13.3	0.145	715	0.989	0.997	0.041	0.151	0.924	100
3.02-3.25	13.2	0.141	716	0.992	0.998	0.04	0.147	0.909	100
3.25-3.58	12.9	0.137	728	0.988	0.997	0.039	0.142	0.909	100
3.58-4.09	11.7	0.137	721	0.988	0.997	0.041	0.143	0.978	99.7
4.09-5.16	12.7	0.132	739	0.99	0.998	0.039	0.138	0.936	99.9
5.16-50	11.5	0.144	783	0.954	0.988	0.045	0.152	1.002	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→28.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.756 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19217	697	5 %	RANDOM
R_work	0.17446	-	-	-
obs	0.17538	13311	98.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→28.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1247	0	0	83	1330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.653	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.555	1.601	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.363	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.579	22.078	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.583	15	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.579	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.38	1.895	599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.244	1.89	598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.334	2.817	746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.332	2.82	747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.432	2.322	681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.391	2.321	681
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.316	3.332	989
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.361	35.071	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.329	34.946	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	38	-
R_work	0.206	831	-
obs	-	-	86.04 %

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