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- PDB-7y8m: Structure of ScIRED-R2-V3 from Streptomyces clavuligerus in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y8m
タイトルStructure of ScIRED-R2-V3 from Streptomyces clavuligerus in complex with 5-(3-fluorophenyl)-3,4-dihydro-2H-pyrrole
要素reductase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / substrate binding / HYDROLASE-inhibitor complex
機能・相同性Chem-NDP / 2-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]pyrrolidine
機能・相同性情報
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zhang, L.L. / Liu, W.D. / Shi, M. / Huang, J.W. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Engineered Imine Reductase for Larotrectinib Intermediate Manufacture
著者: Chen, Q. / Li, B.B. / Zhang, L. / Chen, X.R. / Zhu, X.X. / Chen, F.F. / Shi, M. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Guo, R.T. / Liu, W. / Xu, J.H. / Zheng, G.W.
#1: ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Engineered Imine Reductase for Larotrectinib Intermediate Manufacture
著者: Chen, Q. / Li, B.B. / Zhang, L. / Chen, X.R. / Zhu, X.X. / Chen, F.F. / Shi, M. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Guo, R.T. / Liu, W. / Xu, J.H. / Zheng, G.W.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reductase
B: reductase
C: reductase
D: reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,80912
ポリマ－122,0944
非ポリマー3,7148
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27330 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area36730 Å2
2
A: reductase
B: reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9046
ポリマ－61,0472
非ポリマー1,8574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11960 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
3
C: reductase
D: reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9046
ポリマ－61,0472
非ポリマー1,8574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11950 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.456, 67.668, 140.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND RESID 2 THROUGH 289)
21(CHAIN B AND RESID 2 THROUGH 289)
31CHAIN C
41(CHAIN D AND RESID 3 THROUGH 289)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ARGARG(CHAIN A AND RESID 2 THROUGH 289)AA3 - 2893 - 289
2SERSER(CHAIN B AND RESID 2 THROUGH 289)BB2 - 2892 - 289
3ARGARGCHAIN CCC3 - 2893 - 289
4ARGARG(CHAIN D AND RESID 3 THROUGH 289)DD3 - 2893 - 289

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要素

#1: タンパク質
reductase


分子量: 30523.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-Q0R / 2-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]pyrrolidine


分子量: 183.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11F2N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% Polyethylene glycol 8000, 0.1 M 2-(4-Morpholino) ethanesulfonic acid pH 6.0, 0.1M Calcium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→37.3 Å / Num. obs: 57291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.94 % / Biso Wilson estimate: 34.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.88
反射 シェル解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / Num. unique obs: 3621 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OQY

4oqy


解像度: 2.28→34.36 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 5577 5.01 %
Rwork0.193 105775 -
obs0.195 57270 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.55 Å2 / Biso mean: 39.31 Å2 / Biso min: 17.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→34.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8502 0 240 478 9220
Biso mean--41.16 41.27 -
残基数----1149
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3516X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B3516X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
13C3516X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
14D3516X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.28-2.360.29115560.2459105331108999
2.36-2.460.30775530.2392104981105199
2.46-2.570.29115570.2282105741113199
2.57-2.70.28515590.22351056111120100
2.7-2.870.27925620.22091058611148100
2.87-3.090.25625530.22431063411187100
3.09-3.410.26945600.21711060211162100
3.41-3.90.2155570.18271062011177100
3.9-4.910.18865640.15651061411178100
4.91-34.360.19545560.1603105531110999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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