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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y8l | ||||||
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タイトル | Structure of ScIRED-R2-V3 from Streptomyces clavuligerus in complex with 5-(2,5-difluorophenyl)-3,4-dihydro-2H-pyrrole | ||||||
要素 | reductase for protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / substrate binding / OXIDOREDUCTASE-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | Chem-4IS / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-NDP 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces clavuligerus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L.L. / Liu, W.D. / Shi, M. / Huang, J.W. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Engineered Imine Reductase for Larotrectinib Intermediate Manufacture 著者: Chen, Q. / Li, B.B. / Zhang, L. / Chen, X.R. / Zhu, X.X. / Chen, F.F. / Shi, M. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Guo, R.T. / Liu, W. / Xu, J.H. / Zheng, G.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y8l.cif.gz | 224.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y8l.ent.gz | 181.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y8l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y8l_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y8l_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y8l_validation.xml.gz | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y8l_validation.cif.gz | 57.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30523.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-4IS / #4: 化合物 | ChemComp-NAP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% Polyethylene glycol 8000, 0.1 M 2-(4-Morpholino) ethanesulfonic acid pH 6.0, 0.1M Calcium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.41→36.42 Å / Num. obs: 40850 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.87 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8.23 |
反射 シェル | 解像度: 2.41→2.51 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 4542 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OQY 解像度: 2.41→36.42 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 129.29 Å2 / Biso mean: 43.47 Å2 / Biso min: 16.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.41→36.42 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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