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万見
- PDB-7y7r: QDE-1 in complex with DNA template, RNA primer and 3'-dGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y7r
タイトルQDE-1 in complex with DNA template, RNA primer and 3'-dGTP
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
  • RNA-dependent RNA polymerase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA polymerase / QDE-1 / Complex / DdRP / 3'-dGTP
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA processing / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA-dependent RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cui, R.X. / Gan, J.H. / Ma, J.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31230041 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the dual activities of the two-barrel RNA polymerase QDE-1.
著者: Cui, R. / Li, H. / Zhao, J. / Li, X. / Gan, J. / Ma, J.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
F: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
G: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,28319
ポリマ－253,7378
非ポリマー1,54611
水9,116506
1
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
F: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,79717
ポリマ－247,2516
非ポリマー1,54611
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17490 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area80470 Å2
手法PISA
2
G: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4862
ポリマ－6,4862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area2820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.366, 122.165, 114.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 / RNA鎖 , 3種, 8分子 ABCEHDFG

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 117139.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: qde-1, GE21DRAFT_1027066, GE21DRAFT_4945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7G6, RNA-directed RNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4289.806 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*CP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 2196.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 517分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 4000, 200 mM KCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 143543 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.91 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 660472
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.182.30.446116890.2510.3030.5440.86276.4
2.18-2.262.60.422129580.5550.2710.5060.99984.8
2.26-2.3730.378138210.6140.2260.4441.00890.1
2.37-2.493.50.349143550.7120.1990.4051.06994
2.49-2.6540.295146650.8450.1580.3371.14296
2.65-2.854.60.229149400.9450.1130.2561.31597.3
2.85-3.145.30.157150750.9820.0710.1721.53998.5
3.14-3.596.10.093152780.9960.0390.1012.03999.2
3.59-4.526.60.064153130.9980.0260.0692.99399.6
4.52-506.80.045154490.9990.0180.0482.75699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2j7n

2j7n


解像度: 2.1→49.57 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 28.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 7161 4.99 %
Rwork0.2066 136254 -
obs0.2087 143415 93.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 197.81 Å2 / Biso mean: 53.7715 Å2 / Biso min: 20.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14507 987 113 506 16113
Biso mean--53.81 44.27 -
残基数----1886
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.130.39021750.37443414358970
2.13-2.150.41112060.35143736394277
2.15-2.180.34511800.34063881406180
2.18-2.20.36892020.33764060426283
2.2-2.230.34382360.33164073430985
2.23-2.260.38592170.33384149436686
2.26-2.30.3781990.30324314451388
2.3-2.330.34282610.30134290455190
2.33-2.370.36052290.30114527475692
2.37-2.410.34412460.28554467471393
2.41-2.450.3132690.27714538480794
2.45-2.490.33872430.26954606484995
2.49-2.540.32552700.25754569483995
2.54-2.590.28512120.24774676488896
2.59-2.650.30772520.24034678493097
2.65-2.710.27612320.22384726495897
2.71-2.780.25752490.21094728497797
2.78-2.850.27012680.20784742501097
2.85-2.940.26432640.21564744500898
2.94-3.030.25782500.2144774502499
3.03-3.140.2752580.21464797505599
3.14-3.260.2682720.19774787505999
3.26-3.410.21892330.18724869510299
3.41-3.590.23162790.18174827510699
3.59-3.820.19332570.167448405097100
3.82-4.110.21252130.158948945107100
4.11-4.530.1822180.147448995117100
4.53-5.180.18622910.153948355126100
5.18-6.520.20642350.18514915515099
6.52-49.570.21412450.18934899514498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -41.8636 Å / Origin y: -4.8742 Å / Origin z: -27.3835 Å
111213212223313233
T0.2399 Å20.0227 Å20.0447 Å2-0.2973 Å20.0026 Å2--0.2819 Å2
L0.1244 °20.0263 °20.0486 °2-0.2137 °2-0.042 °2--0.3697 °2
S0.0453 Å °-0.0084 Å °0.1026 Å °0.0076 Å °-0.0281 Å °0.003 Å °-0.0448 Å °-0.021 Å °-0.0061 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA391 - 1371
2X-RAY DIFFRACTION1allB395 - 1403
3X-RAY DIFFRACTION1allC5 - 14
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 7
5X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 13
6X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 7
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 7
8X-RAY DIFFRACTION1allH8 - 14
9X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 3
10X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 3
11X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 609
12X-RAY DIFFRACTION1allM11
13X-RAY DIFFRACTION1allN11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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