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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y7p | ||||||
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タイトル | QDE-1 in complex with RNA template, RNA primer and AMPNPP | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA polymerase / QDE-1 / Complex / RdRP / AMPNPP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA processing / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Cui, R.X. / Gan, J.H. / Ma, J.B. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the dual activities of the two-barrel RNA polymerase QDE-1. 著者: Cui, R. / Li, H. / Zhao, J. / Li, X. / Gan, J. / Ma, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y7p.cif.gz | 788.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y7p.ent.gz | 634.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y7p_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y7p_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y7p_validation.xml.gz | 65.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y7p_validation.cif.gz | 92.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 117139.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: qde-1, GE21DRAFT_1027066, GE21DRAFT_4945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7G6, RNA-directed RNA polymerase |
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-RNA鎖 , 2種, 4分子 CEDJ
#2: RNA鎖 | 分子量: 4526.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: RNA鎖 | 分子量: 2156.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 164分子
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 4000, 200 mM KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97928 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97928 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 70175 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 58.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 337787 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2j7n 解像度: 2.7→29.62 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 29.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 201.96 Å2 / Biso mean: 77.9054 Å2 / Biso min: 33.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→29.62 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 53.8683 Å / Origin y: -4.7823 Å / Origin z: 136.1086 Å
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精密化 TLSグループ |
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