+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y6t | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM map of IPEC-J2 cell-derived PEDV PT52 S protein one D0-down and two D0-up | |||||||||||||||||||||
![]() | Spike glycoprotein![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Hsu, S.T.D. / Draczkowski, P. / Wang, Y.S. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: In situ structure and dynamics of an alphacoronavirus spike protein by cryo-ET and cryo-EM. 著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi ...著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi Tsai / Kay-Hooi Khoo / Hui-Wen Chang / Shang-Te Danny Hsu / ![]() ![]() 要旨: Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, ...Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, bringing substantial economic losses in the pork industry. The trimeric spike (S) glycoprotein of PEDV is responsible for virus-host recognition, membrane fusion, and is the main target for vaccine development and antigenic analysis. The atomic structures of the recombinant PEDV S proteins of two different strains have been reported, but they reveal distinct N-terminal domain 0 (D0) architectures that may correspond to different functional states. The existence of the D0 is a unique feature of alphacoronavirus. Here we combined cryo-electron tomography (cryo-ET) and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to demonstrate in situ the asynchronous S protein D0 motions on intact viral particles of a highly virulent PEDV Pintung 52 strain. We further determined the cryo-EM structure of the recombinant S protein derived from a porcine cell line, which revealed additional domain motions likely associated with receptor binding. By integrating mass spectrometry and cryo-EM, we delineated the complex compositions and spatial distribution of the PEDV S protein N-glycans, and demonstrated the functional role of a key N-glycan in modulating the D0 conformation. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 747.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33647MC ![]() 7w6mC ![]() 7w73C ![]() 7y6sC ![]() 7y6uC ![]() 7y6vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ACB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 153739.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): IPEC-J2 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
---|
-糖 , 7種, 52分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | ![]() #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #5: 多糖 | ![]() #6: 多糖 | ![]() #7: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #8: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: recombinant Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2P Spike タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Pintung 52 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Sus scrofa | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging. Force 0. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: Cryo-EM map of IPEC-J2 cell-derived PEDV PT52 S protein one D0-down and two D0-up | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 55.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3701 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 337583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51124 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 729.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|