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- PDB-7y4p: Human Plexin A1, extracellular domains 1-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y4p
タイトルHuman Plexin A1, extracellular domains 1-4
要素Plexin-A1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain of receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory nerve formation / neuron projection guidance / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / Other semaphorin interactions / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / semaphorin receptor complex / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity ...olfactory nerve formation / neuron projection guidance / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / Other semaphorin interactions / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / semaphorin receptor complex / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration / RHOD GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / neuron projection extension / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / synapse assembly / regulation of cell migration / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plexin-A1, Sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain ...Plexin-A1, Sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tanaka, T. / Neyazaki, M. / Nogi, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17K19206 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23121520 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP25121729 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D.
著者: Tanaka, T. / Ekimoto, T. / Nagatomo, M. / Neyazaki, M. / Shimoji, E. / Yamane, T. / Kanagawa, S. / Oi, R. / Mihara, E. / Takagi, J. / Akashi, S. / Ikeguchi, M. / Nogi, T.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3135
ポリマ－77,0221
非ポリマー1,2914
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)224.774, 224.774, 205.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Plexin-A1 / Semaphorin receptor NOV


分子量: 77022.047 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNA1, NOV, PLXN1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UIW2
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: 1.2 M sodium potassium phosphate buffer (pH 7.7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.28 Å / Num. obs: 66184 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4366 / CC1/2: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OKT

3okt


解像度: 3.5→49.28 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 3101 4.96 %
Rwork0.2207 --
obs0.2218 62479 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5244 0 84 0 5328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7527445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.293261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-3.55480.41411380.36752718X-RAY DIFFRACTION100
3.5548-3.6130.26311680.34252694X-RAY DIFFRACTION100
3.613-3.67530.32831570.31612689X-RAY DIFFRACTION100
3.6753-3.74210.33391400.31822729X-RAY DIFFRACTION100
3.7421-3.81410.38951480.31172745X-RAY DIFFRACTION100
3.8141-3.89190.3011310.29362740X-RAY DIFFRACTION100
3.8919-3.97650.31281250.27832737X-RAY DIFFRACTION100
3.9765-4.0690.29091610.26682726X-RAY DIFFRACTION100
4.069-4.17070.33791350.25482730X-RAY DIFFRACTION100
4.1707-4.28340.24831380.25072716X-RAY DIFFRACTION99
4.2834-4.40930.24811560.22042721X-RAY DIFFRACTION99
4.4093-4.55160.23161260.19982704X-RAY DIFFRACTION99
4.5516-4.71410.18771210.1962694X-RAY DIFFRACTION99
4.7141-4.90270.15911640.19352680X-RAY DIFFRACTION99
4.9027-5.12560.23921190.18272717X-RAY DIFFRACTION98
5.1256-5.39550.2651480.21442662X-RAY DIFFRACTION98
5.3955-5.73310.26831540.2142680X-RAY DIFFRACTION98
5.7331-6.1750.2161440.21922718X-RAY DIFFRACTION99
6.175-6.7950.23691470.21332675X-RAY DIFFRACTION98
6.795-7.77490.22181270.19082624X-RAY DIFFRACTION96
7.7749-9.7830.20171240.16412641X-RAY DIFFRACTION96
9.783-49.280.1841300.1882638X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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