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- PDB-7y4l: PBS of PBS-PSII-PSI-LHCs from Porphyridium purpureum. -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7y4l
タイトルPBS of PBS-PSII-PSI-LHCs from Porphyridium purpureum.
要素
  • (Allophycocyanin ...) x 4
  • (C-phycocyanin ...) x 2
  • (FAS1 domain-containing ...) x 2
  • (Phycobilisome ...) x 9
  • (R-phycoerythrin gamma chain, ...) x 4
  • B-phycoerythrin beta chain
  • CaRSPs1
  • CaRSPs2
  • LPP2
  • LRC5
  • Linker4
  • Lrc4
  • Phycobiliprotein ApcE
  • Phycoerythrin alpha subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PBS
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain ...: / Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Uncharacterized protein ...PHYCOCYANOBILIN / PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Uncharacterized protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / FAS1 domain-containing protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / FAS1 domain-containing protein / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / C-phycocyanin beta subunit / Allophycocyanin beta 18 subunit / Allophycocyanin gamma subunit / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者You, X. / Zhang, X. / Cheng, J. / Xiao, Y.N. / Sun, S. / Sui, S.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: In situ structure of the red algal phycobilisome-PSII-PSI-LHC megacomplex.
著者: Xin You / Xing Zhang / Jing Cheng / Yanan Xiao / Jianfei Ma / Shan Sun / Xinzheng Zhang / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui /
要旨: In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red ...In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red algae consist of soluble phycobilisomes (PBSs) and transmembrane light-harvesting complexes (LHCs). Excitation energy transfer pathways from PBS to photosystems remain unclear owing to the lack of structural information. Here we present in situ structures of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplexes from the red alga Porphyridium purpureum at near-atomic resolution using cryogenic electron tomography and in situ single-particle analysis, providing interaction details between PBS, PSII and PSI. The structures reveal several unidentified and incomplete proteins and their roles in the assembly of the megacomplex, as well as a huge and sophisticated pigment network. This work provides a solid structural basis for unravelling the mechanisms of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplex assembly, efficient energy transfer from PBS to the two photosystems, and regulation of energy distribution between PSII and PSI.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Linker4
BA: B-phycoerythrin beta chain
CA: B-phycoerythrin beta chain
DA: B-phycoerythrin beta chain
EA: Linker4
FA: B-phycoerythrin beta chain
GA: B-phycoerythrin beta chain
HA: B-phycoerythrin beta chain
IA: B-phycoerythrin beta chain
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OA: B-phycoerythrin beta chain
PA: B-phycoerythrin beta chain
QA: B-phycoerythrin beta chain
RA: B-phycoerythrin beta chain
SA: B-phycoerythrin beta chain
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WA: CaRSPs2
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YA: B-phycoerythrin beta chain
ZA: B-phycoerythrin beta chain
AB: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
BB: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
CB: C-phycocyanin alpha subunit
DB: C-phycocyanin beta subunit
EB: C-phycocyanin alpha subunit
FB: C-phycocyanin beta subunit
GB: C-phycocyanin alpha subunit
HB: C-phycocyanin beta subunit
IB: C-phycocyanin alpha subunit
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C1: Phycoerythrin alpha subunit
D1: B-phycoerythrin beta chain
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F1: B-phycoerythrin beta chain
G1: Phycoerythrin alpha subunit
H1: B-phycoerythrin beta chain
I1: Phycoerythrin alpha subunit
J1: B-phycoerythrin beta chain
K1: Phycoerythrin alpha subunit
L1: B-phycoerythrin beta chain
M1: Phycoerythrin alpha subunit
N1: B-phycoerythrin beta chain
O1: Phycoerythrin alpha subunit
P1: B-phycoerythrin beta chain
Q1: Phycoerythrin alpha subunit
R1: B-phycoerythrin beta chain
S1: Phycoerythrin alpha subunit
T1: B-phycoerythrin beta chain
U1: Phycoerythrin alpha subunit
V1: B-phycoerythrin beta chain
W1: Phycoerythrin alpha subunit
X1: B-phycoerythrin beta chain
Y1: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
e1: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
L2: C-phycocyanin beta subunit
M2: C-phycocyanin alpha subunit
N2: C-phycocyanin beta subunit
O2: Phycoerythrin alpha subunit
P2: B-phycoerythrin beta chain
Q2: Phycoerythrin alpha subunit
R2: B-phycoerythrin beta chain
S2: Phycoerythrin alpha subunit
T2: B-phycoerythrin beta chain
U2: Phycoerythrin alpha subunit
A2: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
B2: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
C2: C-phycocyanin alpha subunit
D2: C-phycocyanin beta subunit
E2: C-phycocyanin alpha subunit
F2: C-phycocyanin beta subunit
G2: C-phycocyanin alpha subunit
H2: C-phycocyanin beta subunit
I2: C-phycocyanin alpha subunit
J2: C-phycocyanin beta subunit
K2: C-phycocyanin alpha subunit
V2: B-phycoerythrin beta chain
W2: Phycoerythrin alpha subunit
X2: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
Y2: B-phycoerythrin beta chain
Z2: Phycoerythrin alpha subunit
f2: Phycoerythrin alpha subunit
g2: B-phycoerythrin beta chain
h2: Phycoerythrin alpha subunit
i2: B-phycoerythrin beta chain
j2: Phycoerythrin alpha subunit
k2: B-phycoerythrin beta chain
l2: Phycoerythrin alpha subunit
m2: B-phycoerythrin beta chain
a2: B-phycoerythrin beta chain
b2: Phycoerythrin alpha subunit
c2: B-phycoerythrin beta chain
d2: Phycoerythrin alpha subunit
e2: B-phycoerythrin beta chain
23: Lrc4
33: LRC5
43: FAS1 domain-containing protein
A3: Allophycocyanin alpha subunit
B3: Allophycocyanin beta subunit
C3: Allophycocyanin alpha subunit
D3: Allophycocyanin beta subunit
E3: Allophycocyanin alpha subunit
F3: Allophycocyanin beta subunit
G3: Allophycocyanin alpha subunit
H3: Allophycocyanin beta subunit
I3: Allophycocyanin beta subunit
J3: Allophycocyanin alpha subunit
K3: Allophycocyanin alpha subunit
L3: Allophycocyanin beta subunit
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N3: Allophycocyanin alpha subunit
O3: Allophycocyanin beta subunit
P3: Allophycocyanin alpha subunit
Q3: Allophycocyanin beta subunit
R3: Allophycocyanin alpha subunit
S3: Allophycocyanin beta subunit
T3: Allophycocyanin alpha subunit
U3: Allophycocyanin beta subunit
V3: Allophycocyanin gamma subunit
W3: Allophycocyanin beta 18 subunit
X3: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
Z3: Lrc4
a3: LRC5
b3: FAS1 domain-containing protein
c3: Allophycocyanin alpha subunit
d3: Allophycocyanin beta subunit
e3: Allophycocyanin alpha subunit
f3: Allophycocyanin beta subunit
g3: Allophycocyanin alpha subunit
h3: Allophycocyanin beta subunit
i3: Allophycocyanin alpha subunit
j3: Allophycocyanin beta subunit
k3: Allophycocyanin beta subunit
l3: Allophycocyanin alpha subunit
m3: Allophycocyanin alpha subunit
n3: Allophycocyanin beta subunit
o3: Allophycocyanin beta subunit
p3: Allophycocyanin alpha subunit
q3: Allophycocyanin beta subunit
r3: Allophycocyanin alpha subunit
s3: Allophycocyanin beta subunit
t3: Allophycocyanin alpha subunit
u3: Allophycocyanin beta subunit
v3: Allophycocyanin alpha subunit
w3: Allophycocyanin beta subunit
x3: Allophycocyanin gamma subunit
y3: Allophycocyanin beta 18 subunit
z3: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
63: Phycobiliprotein ApcE
73: Phycobiliprotein ApcE
A4: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
B4: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
C4: Phycoerythrin alpha subunit
D4: B-phycoerythrin beta chain
E4: Phycoerythrin alpha subunit
F4: B-phycoerythrin beta chain
G4: Phycoerythrin alpha subunit
H4: B-phycoerythrin beta chain
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J4: B-phycoerythrin beta chain
K4: Phycoerythrin alpha subunit
L4: B-phycoerythrin beta chain
M4: Phycoerythrin alpha subunit
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P4: B-phycoerythrin beta chain
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R4: B-phycoerythrin beta chain
S4: Phycoerythrin alpha subunit
T4: B-phycoerythrin beta chain
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V4: B-phycoerythrin beta chain
W4: Phycoerythrin alpha subunit
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L5: Phycoerythrin alpha subunit
M5: B-phycoerythrin beta chain
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O5: B-phycoerythrin beta chain
P5: Phycoerythrin alpha subunit
Q5: B-phycoerythrin beta chain
R5: Phycoerythrin alpha subunit
S5: B-phycoerythrin beta chain
T5: Phycoerythrin alpha subunit
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A5: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
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C5: B-phycoerythrin beta chain
D5: Phycoerythrin alpha subunit
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X5: Phycoerythrin alpha subunit
Y5: B-phycoerythrin beta chain
F6: C-phycocyanin beta subunit
G6: C-phycocyanin alpha subunit
H6: C-phycocyanin beta subunit
I6: C-phycocyanin alpha subunit
J6: C-phycocyanin beta subunit
K6: C-phycocyanin alpha subunit
L6: C-phycocyanin beta subunit
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B6: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
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P6: B-phycoerythrin beta chain
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R6: B-phycoerythrin beta chain
S6: Phycoerythrin alpha subunit
T6: B-phycoerythrin beta chain
U6: Phycoerythrin alpha subunit
V6: B-phycoerythrin beta chain
W6: Phycoerythrin alpha subunit
X6: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
Y6: B-phycoerythrin beta chain
Z6: Phycoerythrin alpha subunit
i6: B-phycoerythrin beta chain
j6: Phycoerythrin alpha subunit
k6: B-phycoerythrin beta chain
l6: Phycoerythrin alpha subunit
m6: B-phycoerythrin beta chain
a6: B-phycoerythrin beta chain
b6: Phycoerythrin alpha subunit
c6: B-phycoerythrin beta chain
d6: Phycoerythrin alpha subunit
e6: B-phycoerythrin beta chain
f6: Phycoerythrin alpha subunit
g6: B-phycoerythrin beta chain
h6: Phycoerythrin alpha subunit
A7: Phycoerythrin alpha subunit
B7: B-phycoerythrin beta chain
C7: Phycoerythrin alpha subunit
D7: B-phycoerythrin beta chain
E7: Phycoerythrin alpha subunit
F7: B-phycoerythrin beta chain
G7: Phycoerythrin alpha subunit
H7: B-phycoerythrin beta chain
I7: Phycoerythrin alpha subunit
J7: B-phycoerythrin beta chain
K7: Phycoerythrin alpha subunit
L7: B-phycoerythrin beta chain
b7: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
M7: Phycoerythrin alpha subunit
N7: B-phycoerythrin beta chain
O7: Phycoerythrin alpha subunit
P7: B-phycoerythrin beta chain
Q7: Phycoerythrin alpha subunit
R7: B-phycoerythrin beta chain
S7: Phycoerythrin alpha subunit
T7: B-phycoerythrin beta chain
U7: Phycoerythrin alpha subunit
V7: B-phycoerythrin beta chain
W7: Phycoerythrin alpha subunit
X7: B-phycoerythrin beta chain
Y7: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
V8: B-phycoerythrin beta chain
W8: Phycoerythrin alpha subunit
X8: B-phycoerythrin beta chain
Y8: Phycoerythrin alpha subunit
Z8: B-phycoerythrin beta chain
A8: Phycoerythrin alpha subunit
B8: B-phycoerythrin beta chain
C8: Phycoerythrin alpha subunit
D8: B-phycoerythrin beta chain
E8: Phycoerythrin alpha subunit
F8: B-phycoerythrin beta chain
G8: Phycoerythrin alpha subunit
H8: B-phycoerythrin beta chain
I8: Phycoerythrin alpha subunit
J8: B-phycoerythrin beta chain
K8: Phycoerythrin alpha subunit
L8: B-phycoerythrin beta chain
M8: Phycoerythrin alpha subunit
N8: B-phycoerythrin beta chain
O8: Phycoerythrin alpha subunit
P8: B-phycoerythrin beta chain
Q8: Phycoerythrin alpha subunit
R8: B-phycoerythrin beta chain
S8: Phycoerythrin alpha subunit
T8: B-phycoerythrin beta chain
U8: Phycoerythrin alpha subunit
a8: Phycoerythrin alpha subunit
b8: B-phycoerythrin beta chain
c8: Phycoerythrin alpha subunit
d8: B-phycoerythrin beta chain
e8: Phycoerythrin alpha subunit
f8: B-phycoerythrin beta chain
g8: Phycoerythrin alpha subunit
h8: B-phycoerythrin beta chain
i8: Phycoerythrin alpha subunit
j8: B-phycoerythrin beta chain
k8: Phycoerythrin alpha subunit
l8: B-phycoerythrin beta chain
m8: Phycoerythrin alpha subunit
n8: B-phycoerythrin beta chain
o8: Phycoerythrin alpha subunit
p8: B-phycoerythrin beta chain
q8: Phycoerythrin alpha subunit
r8: B-phycoerythrin beta chain
s8: Phycoerythrin alpha subunit
t8: B-phycoerythrin beta chain
u8: Phycoerythrin alpha subunit
v8: B-phycoerythrin beta chain
w8: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
x8: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
y8: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
z8: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
A9: Phycoerythrin alpha subunit
B9: B-phycoerythrin beta chain
C9: Phycoerythrin alpha subunit
D9: B-phycoerythrin beta chain
E9: Phycoerythrin alpha subunit
F9: B-phycoerythrin beta chain
G9: Phycoerythrin alpha subunit
H9: B-phycoerythrin beta chain
I9: Phycoerythrin alpha subunit
J9: B-phycoerythrin beta chain
K9: Phycoerythrin alpha subunit
L9: B-phycoerythrin beta chain
M9: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
N9: Phycoerythrin alpha subunit
O9: B-phycoerythrin beta chain
P9: Phycoerythrin alpha subunit
Q9: B-phycoerythrin beta chain
R9: Phycoerythrin alpha subunit
S9: B-phycoerythrin beta chain
T9: Phycoerythrin alpha subunit
U9: B-phycoerythrin beta chain
V9: Phycoerythrin alpha subunit
W9: B-phycoerythrin beta chain
X9: Phycoerythrin alpha subunit
Y9: B-phycoerythrin beta chain
Z9: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
fA: FAS1 domain-containing protein
aA: B-phycoerythrin beta chain
bA: B-phycoerythrin beta chain
cA: CaRSPs2
dA: B-phycoerythrin beta chain
eA: B-phycoerythrin beta chain
gA: B-phycoerythrin beta chain
hA: FAS1 domain-containing protein
iB: B-phycoerythrin beta chain
jB: Phycoerythrin alpha subunit
kB: B-phycoerythrin beta chain
lB: Phycoerythrin alpha subunit
mB: B-phycoerythrin beta chain
aB: B-phycoerythrin beta chain
bB: Phycoerythrin alpha subunit
cB: B-phycoerythrin beta chain
dB: Phycoerythrin alpha subunit
eB: B-phycoerythrin beta chain
fB: Phycoerythrin alpha subunit
gB: B-phycoerythrin beta chain
hB: Phycoerythrin alpha subunit
fC: Phycoerythrin alpha subunit
gC: B-phycoerythrin beta chain
hC: Phycoerythrin alpha subunit
iC: B-phycoerythrin beta chain
jC: Phycoerythrin alpha subunit
kC: B-phycoerythrin beta chain
lC: Phycoerythrin alpha subunit
mC: B-phycoerythrin beta chain
aC: B-phycoerythrin beta chain
bC: Phycoerythrin alpha subunit
cC: B-phycoerythrin beta chain
dC: Phycoerythrin alpha subunit
eC: B-phycoerythrin beta chain
aD: B-phycoerythrin beta chain
bD: Phycoerythrin alpha subunit
cD: B-phycoerythrin beta chain
dD: Phycoerythrin alpha subunit
eD: B-phycoerythrin beta chain
fD: Phycoerythrin alpha subunit
gD: B-phycoerythrin beta chain
hD: Phycoerythrin alpha subunit
iD: B-phycoerythrin beta chain
jD: Phycoerythrin alpha subunit
kD: B-phycoerythrin beta chain
lD: Phycoerythrin alpha subunit
mD: B-phycoerythrin beta chain
aE: B-phycoerythrin beta chain
bE: Phycoerythrin alpha subunit
cE: B-phycoerythrin beta chain
dE: Phycoerythrin alpha subunit
eE: B-phycoerythrin beta chain
fE: Phycoerythrin alpha subunit
gE: B-phycoerythrin beta chain
hE: Phycoerythrin alpha subunit
iE: B-phycoerythrin beta chain
jE: Phycoerythrin alpha subunit
kE: B-phycoerythrin beta chain
lE: Phycoerythrin alpha subunit
mE: B-phycoerythrin beta chain
aF: Phycoerythrin alpha subunit
bF: B-phycoerythrin beta chain
cF: Phycoerythrin alpha subunit
dF: B-phycoerythrin beta chain
eF: Phycoerythrin alpha subunit
fF: B-phycoerythrin beta chain
gF: Phycoerythrin alpha subunit
hF: B-phycoerythrin beta chain
iF: Phycoerythrin alpha subunit
jF: B-phycoerythrin beta chain
kF: Phycoerythrin alpha subunit
lF: B-phycoerythrin beta chain
mF: Phycoerythrin alpha subunit
nF: B-phycoerythrin beta chain
oF: Phycoerythrin alpha subunit
pF: B-phycoerythrin beta chain
qF: Phycoerythrin alpha subunit
rF: B-phycoerythrin beta chain
sF: Phycoerythrin alpha subunit
tF: B-phycoerythrin beta chain
uF: Phycoerythrin alpha subunit
vF: B-phycoerythrin beta chain
wF: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
xF: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
yF: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
zF: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
aH: Phycoerythrin alpha subunit
cH: B-phycoerythrin beta chain
dH: Phycoerythrin alpha subunit
eH: B-phycoerythrin beta chain
fH: Phycoerythrin alpha subunit
gH: B-phycoerythrin beta chain
hH: Phycoerythrin alpha subunit
iH: B-phycoerythrin beta chain
jH: Phycoerythrin alpha subunit
kH: B-phycoerythrin beta chain
lH: Phycoerythrin alpha subunit
mH: B-phycoerythrin beta chain
bH: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
dJ: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
eK: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
Y3: LPP2
53: LPP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,003,4942318
ポリマ－14,060,310716
非ポリマー943,1851602
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 9種, 544分子 AAEABACADAFAGAHAIALAMANAOAPAQARASAVAXAYAZAPBRBTBVBYBPCRCTCVC...

#1: タンパク質 Linker4


分子量: 14749.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_1598 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YXP2
#2: タンパク質 ...
B-phycoerythrin beta chain


分子量: 18584.182 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpeB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: P11393
#3: タンパク質 ...
Phycoerythrin alpha subunit / R-phycoerythrin alpha subunit


分子量: 17824.029 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: peA, cpeA / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: E2IH77
#4: タンパク質 CaRSPs1


分子量: 28151.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_9475 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YJY8
#5: タンパク質 CaRSPs2


分子量: 35163.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_1715 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YX67
#16: タンパク質 Lrc4


分子量: 16915.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_4247 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YTV6
#17: タンパク質 LRC5


分子量: 30272.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_5140 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z2M2
#24: タンパク質 Phycobiliprotein ApcE / Anchor polypeptide / PBS-anchor protein / Phycobilisome linker polypeptide


分子量: 99484.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcE / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A343KPB8
#30: タンパク質 LPP2


分子量: 17273.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_5305 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z365

-
R-phycoerythrin gamma chain, ... , 4種, 24分子 ABACADAEAJYKY1A2A5A6AHA4w8x8wFxFBHB4y8yFMIZIM9Z9

#6: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 31792.982 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2041 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YX19
#12: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 29453.639 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2042 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YZM7
#13: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 31358.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2309 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YZH3
#14: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 36924.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_9240 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YNU6

-
Phycobilisome ... , 9種, 26分子 BBBCBDBEB2B6XBXCXDXEX2X6MGZGe1eKX3z3b4bHd5dJb7Y7z8zF

#7: タンパク質
Phycobilisome rod-core linker polypeptide


分子量: 26996.689 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpcG / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ90
#10: タンパク質
Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 39727.625 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_8023 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YM59
#11: タンパク質 Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 34958.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0816 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z323
#15: タンパク質 Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 32886.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_7221 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z7F4
#23: タンパク質 Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core


分子量: 10428.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2818 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YVZ2
#25: タンパク質 Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod


分子量: 53601.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2314 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YX63
#26: タンパク質 Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 36321.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0729 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z162
#27: タンパク質 Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 45655.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_8365 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YMI8
#28: タンパク質 Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 55146.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_9810 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YI31

-
C-phycocyanin ... , 2種, 72分子 CBEBGBIBKBMBCCECGCICKCMCCDEDGDIDKDMDCEEEGEIEKEMEM2C2E2G2I2K2...

#8: タンパク質 ...
C-phycocyanin alpha subunit


分子量: 17478.664 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpcA / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYI4
#9: タンパク質 ...
C-phycocyanin beta subunit


分子量: 18242.705 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpcB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZB2

-
FAS1 domain-containing ... , 2種, 4分子 43b3fAhA

#18: タンパク質 FAS1 domain-containing protein


分子量: 26620.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_7258 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4ZA95
#29: タンパク質 FAS1 domain-containing protein


分子量: 31332.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0141 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z027

-
Allophycocyanin ... , 4種, 46分子 A3C3E3G3J3K3N3P3R3T3c3e3g3i3l3m3p3r3t3v3B3D3F3H3I3L3M3O3Q3S3...

#19: タンパク質
Allophycocyanin alpha subunit


分子量: 17639.123 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcA / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYM0
#20: タンパク質 ...
Allophycocyanin beta subunit


分子量: 17415.797 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S279
#21: タンパク質 Allophycocyanin gamma subunit


分子量: 18126.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcD / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1U6
#22: タンパク質 Allophycocyanin beta 18 subunit


分子量: 19778.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcF / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZE2

-
非ポリマー , 3種, 1602分子

#31: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1434 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#32: 化合物...
ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: In situ PBS from Porphyridium purpureum / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#30 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
由来(組換発現)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215000 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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