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- PDB-7y3n: Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y3n
タイトルCrystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56
要素
  • Heavy chain of BIOLS56
  • Light chain of BIOLS56
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Rao, X. / Chai, Y. / Wu, Y. / Gao, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Defining a de novo non-RBM antibody as RBD-8 and its synergistic rescue of immune-evaded antibodies to neutralize Omicron SARS-CoV-2.
著者: Rao, X. / Zhao, R. / Tong, Z. / Guo, S. / Peng, W. / Liu, K. / Li, S. / Wu, L. / Tong, J. / Chai, Y. / Han, P. / Wang, F. / Jia, P. / Li, Z. / Zhao, X. / Li, D. / Zhang, R. / Zhang, X. / Zou, ...著者: Rao, X. / Zhao, R. / Tong, Z. / Guo, S. / Peng, W. / Liu, K. / Li, S. / Wu, L. / Tong, J. / Chai, Y. / Han, P. / Wang, F. / Jia, P. / Li, Z. / Zhao, X. / Li, D. / Zhang, R. / Zhang, X. / Zou, W. / Li, W. / Wang, Q. / Gao, G.F. / Wu, Y. / Dai, L. / Gao, F.
履歴
登録2022年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: Heavy chain of BIOLS56
L: Light chain of BIOLS56
B: Spike protein S1
C: Heavy chain of BIOLS56
D: Light chain of BIOLS56
E: Spike protein S1
F: Heavy chain of BIOLS56
G: Light chain of BIOLS56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,69511
ポリマ－223,9049
非ポリマー7922
水00
1
A: Spike protein S1
H: Heavy chain of BIOLS56
L: Light chain of BIOLS56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2054
ポリマ－74,6353
非ポリマー5711
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
C: Heavy chain of BIOLS56
D: Light chain of BIOLS56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8564
ポリマ－74,6353
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Spike protein S1
F: Heavy chain of BIOLS56
G: Light chain of BIOLS56


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6353
ポリマ－74,6353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.483, 159.018, 175.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25863.234 Da / 分子数: 3 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59594
#2: 抗体 Heavy chain of BIOLS56


分子量: 25340.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of BIOLS56


分子量: 23430.943 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 64593 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 55.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.281 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.97→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.898 / Num. unique obs: 64593

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13-2998精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZG, 4TSA

6lzg

4tsa


解像度: 2.97→47.39 Å / SU ML: 0.3884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8357
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 3179 4.98 %
Rwork0.2204 60625 -
obs0.2226 63804 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→47.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14568 0 52 0 14620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005315000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.931920437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06892272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00632615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.00235334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.97-3.020.3299950.31571894X-RAY DIFFRACTION70.99
3.02-3.070.40151240.3172499X-RAY DIFFRACTION93.28
3.07-3.120.35541260.29962558X-RAY DIFFRACTION94.64
3.12-3.170.38891510.30672581X-RAY DIFFRACTION97.26
3.17-3.230.3441440.29152597X-RAY DIFFRACTION98.28
3.23-3.290.36631340.28582649X-RAY DIFFRACTION98.65
3.29-3.360.30661360.2662634X-RAY DIFFRACTION98.54
3.36-3.430.29751310.2642675X-RAY DIFFRACTION98.7
3.43-3.510.30831670.26122603X-RAY DIFFRACTION98.37
3.51-3.60.28271390.24672663X-RAY DIFFRACTION98.52
3.6-3.690.26661360.24852653X-RAY DIFFRACTION98.97
3.69-3.80.28841380.23942647X-RAY DIFFRACTION98.51
3.8-3.920.29861360.23622645X-RAY DIFFRACTION98.55
3.92-4.060.28981390.21652695X-RAY DIFFRACTION99.02
4.06-4.230.24391430.20032671X-RAY DIFFRACTION99.29
4.23-4.420.20551350.17752710X-RAY DIFFRACTION99.51
4.42-4.650.19691430.17692697X-RAY DIFFRACTION99.82
4.65-4.940.20351280.16732716X-RAY DIFFRACTION99.79
4.94-5.320.21341460.16912706X-RAY DIFFRACTION99.86
5.33-5.860.23281410.18272762X-RAY DIFFRACTION99.79
5.86-6.710.2511340.20492750X-RAY DIFFRACTION99.86
6.71-8.440.2321430.19952789X-RAY DIFFRACTION99.9
8.44-47.390.22951700.2072831X-RAY DIFFRACTION97.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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