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Yorodumi- PDB-8hrd: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 De... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8hrd | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsymbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.86 Å | ||||||
Authors | Zhao, R.C. / Wu, L.L. / Han, P. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2023Title: Defining a de novo non-RBM antibody as RBD-8 and its synergistic rescue of immune-evaded antibodies to neutralize Omicron SARS-CoV-2. Authors: Rao, X. / Zhao, R. / Tong, Z. / Guo, S. / Peng, W. / Liu, K. / Li, S. / Wu, L. / Tong, J. / Chai, Y. / Han, P. / Wang, F. / Jia, P. / Li, Z. / Zhao, X. / Li, D. / Zhang, R. / Zhang, X. / ...Authors: Rao, X. / Zhao, R. / Tong, Z. / Guo, S. / Peng, W. / Liu, K. / Li, S. / Wu, L. / Tong, J. / Chai, Y. / Han, P. / Wang, F. / Jia, P. / Li, Z. / Zhao, X. / Li, D. / Zhang, R. / Zhang, X. / Zou, W. / Li, W. / Wang, Q. / Gao, G.F. / Wu, Y. / Dai, L. / Gao, F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8hrd.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8hrd.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8hrd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8hrd_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8hrd_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 8hrd_validation.xml.gz | 139.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 8hrd_validation.cif.gz | 191.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrd | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7y3nC ![]() 7y3oC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Antibody , 4 types, 16 molecules OCLWPEMXDGNYFHQZ
| #2: Antibody | Mass: 25335.576 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#3: Antibody | Mass: 22698.014 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#4: Antibody | Mass: 25102.082 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#5: Antibody | Mass: 23441.945 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|
-Protein / Sugars / Non-polymers , 3 types, 109 molecules ABKT



| #1: Protein | Mass: 25194.447 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2#6: Sugar | ChemComp-NAG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.54 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Ammonium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.979183 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979183 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.86→112.47 Å / Num. obs: 134730 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 59.11 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.86→3.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.822 / Num. unique obs: 19639 / CC1/2: 0.792 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.86→63.06 Å / SU ML: 0.3857 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.4286 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 64.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.86→63.06 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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