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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7y3m | ||||||
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Title | Structure of SALL4 ZFC1 bound with 16 bp AT-rich dsDNA | ||||||
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![]() | DNA/DNA BINDING PROTEIN / SALL4 / zinc finger / DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA-DNA BINDING PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | ![]() POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ru, W. / Xu, C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural studies of SALL family protein zinc finger cluster domains in complex with DNA reveal preferential binding to an AATA tetranucleotide motif. Authors: Ru, W. / Koga, T. / Wang, X. / Guo, Q. / Gearhart, M.D. / Zhao, S. / Murphy, M. / Kawakami, H. / Corcoran, D. / Zhang, J. / Zhu, Z. / Yao, X. / Kawakami, Y. / Xu, C. #1: ![]() Title: Structural studies of SALL family protein zinc finger cluster domains in complex with DNA reveal preferential binding to an AATA tetranucleotide motif Authors: Ru, W. / Koga, T. / Wang, X. / Guo, Q. / Gearhart, M.D. / Zhao, S. / Murphy, M. / Kawakami, H. / Corcoran, D. / Zhang, J. / Zhu, Z. / Yao, X. / Kawakami, Y. / Xu, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 262.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 206.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7y3iSC ![]() 7y3kC ![]() 7y3lC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: DNA chain | Mass: 4896.215 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: DNA chain | Mass: 4896.215 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Protein | Mass: 8984.367 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-ZN / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M HEPES, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.72→67.89 Å / Num. obs: 25181 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.72→2.87 Å / Num. unique obs: 25181 / CC1/2: 0.93 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7Y3I Resolution: 2.723→33.789 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 35.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 286.57 Å2 / Biso mean: 113.4613 Å2 / Biso min: 46.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.723→33.789 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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