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万見
- PDB-7y3i: Structure of DNA bound SALL4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y3i
タイトルStructure of DNA bound SALL4
要素
  • (DNA (12-mer)) x 2
  • Sal-like protein 4
キーワードDNA/DNA BINDING PROTEIN / SALL4 / zinc finger / DNA BINDING PROTEIN / DNA-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / inner cell mass cell proliferation / ventricular septum development / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / inner cell mass cell proliferation / ventricular septum development / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Sal-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Ru, W. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural studies of SALL family protein zinc finger cluster domains in complex with DNA reveal preferential binding to an AATA tetranucleotide motif.
著者: Ru, W. / Koga, T. / Wang, X. / Guo, Q. / Gearhart, M.D. / Zhao, S. / Murphy, M. / Kawakami, H. / Corcoran, D. / Zhang, J. / Zhu, Z. / Yao, X. / Kawakami, Y. / Xu, C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural studies of SALL family protein zinc finger cluster domains in complex with DNA reveal preferential binding to an AATA tetranucleotide motif
著者: Ru, W. / Koga, T. / Wang, X. / Guo, Q. / Gearhart, M.D. / Zhao, S. / Murphy, M. / Kawakami, H. / Corcoran, D. / Zhang, J. / Zhu, Z. / Yao, X. / Kawakami, Y. / Xu, C.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: DNA (12-mer)
K: DNA (12-mer)
G: DNA (12-mer)
H: DNA (12-mer)
A: Sal-like protein 4
B: Sal-like protein 4
C: Sal-like protein 4
D: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,34914
ポリマ－48,9578
非ポリマー3926
水2,630146
1
L: DNA (12-mer)
K: DNA (12-mer)
B: Sal-like protein 4
D: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6757
ポリマ－24,4784
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
2
G: DNA (12-mer)
H: DNA (12-mer)
A: Sal-like protein 4
C: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6757
ポリマ－24,4784
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area8370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.975, 69.197, 110.295
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (12-mer)


分子量: 3670.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (12-mer)


分子量: 3652.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質
Sal-like protein 4 / Zinc finger protein 797 / Zinc finger protein SALL4


分子量: 8577.798 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SALL4, ZNF797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJQ4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-tris, pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 97 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.98 Å / Num. obs: 14297 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.63 Å / Num. unique obs: 14297 / CC1/2: 0.739

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→43.127 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 678 4.74 %
Rwork0.1942 13619 -
obs0.1966 14297 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.15 Å2 / Biso mean: 35.9218 Å2 / Biso min: 18.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→43.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1221 984 6 146 2357
Biso mean--32.87 34.27 -
残基数----208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4501-2.63920.34731200.25422669100
2.6392-2.90480.29681370.25032694100
2.9048-3.32490.24791320.20362686100
3.3249-4.18850.20021490.1628271399
4.1885-43.1270.23581400.1807285799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2614-0.19710.02150.79040.33840.1960.0603-0.00410.03170.01890.22890.3026-0.0313-0.11050.00070.33180.0226-0.04220.30940.08590.273615.1392-0.961622.4278
21.241-0.1841-0.30641.46580.71130.3736-0.06360.28550.13920.5196-0.03760.2358-0.26630.3418-0.00130.2606-0.0003-0.0320.30720.0670.33317.4056-1.419723.4245
30.6651-0.5019-0.31910.6070.55680.57930.07270.0587-0.13720.0001-0.02250.1293-0.01870.17010.00010.2698-0.01270.0410.31240.05010.202939.40780.39690.7345
40.946-0.0890.28940.76990.50290.46830.00910.0285-0.1433-0.24160.13190.06240.18320.04310.00020.2854-0.01590.00650.270.05880.228141.47010.5634-0.2975
50.45630.34270.10971.5376-0.96420.9119-0.1922-0.19020.00430.1780.08460.1405-0.0647-0.0485-0.00010.22820.0082-0.01730.27260.01770.306241.75829.6523.7671
60.20470.4665-0.42732.1492-0.67311.010.07270.06690.0001-0.2171-0.06830.28480.1002-0.104200.2384-0.0028-0.02140.1918-0.01610.247517.7247-10.754219.9738
70.31190.1452-0.17220.33940.10050.2109-0.0945-0.1361-0.1258-0.2213-0.040.0463-0.07190.0158-0.00090.34170.00120.04820.3282-0.00320.325544.99-7.3329-13.2709
80.2236-0.00220.06370.37070.08280.3051-0.3692-0.2823-0.01110.1208-0.00930.3035-0.1419-0.16840.00010.3380.0102-0.01680.3526-0.010.378716.319110.67335.4541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'L' and resid 1 through 12)L1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'K' and resid 0 through 11)K0 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'G' and resid 1 through 12)G1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'H' and resid 1 through 12)H1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'A' and resid 868 through 921)A868 - 921
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'B' and resid 869 through 921)B869 - 921
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'C' and resid 895 through 921)C895 - 921
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'D' and resid 896 through 921)D896 - 921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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