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- PDB-7y1g: Crystal structure of human PRKACA complexed with DS01080522 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y1g
タイトルCrystal structure of human PRKACA complexed with DS01080522
要素cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE / protein kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly ...PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / intracellular potassium ion homeostasis / cAMP-dependent protein kinase activity / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / protein localization to lipid droplet / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / PKA activation / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Triglyceride catabolism / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / RET signaling / cAMP/PKA signal transduction / sperm flagellum / Regulation of MECP2 expression and activity / plasma membrane raft / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / regulation of cardiac conduction / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of macroautophagy / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / Ion homeostasis / sperm midpiece / positive regulation of phagocytosis / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of gluconeogenesis / Mitochondrial protein degradation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of heart rate / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI1 by the proteasome / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / VEGFA-VEGFR2 Pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / GPER1 signaling / manganese ion binding / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / postsynapse / regulation of cell cycle / protein kinase activity
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I5G / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Suzuki, M. / Ubukata, O. / Toyoda, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Novel protein kinase cAMP-Activated Catalytic Subunit Alpha (PRKACA) inhibitor shows anti-tumor activity in a fibrolamellar hepatocellular carcinoma model.
著者: Toyota, A. / Goto, M. / Miyamoto, M. / Nagashima, Y. / Iwasaki, S. / Komatsu, T. / Momose, T. / Yoshida, K. / Tsukada, T. / Matsufuji, T. / Ohno, A. / Suzuki, M. / Ubukata, O. / Kaneta, Y.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6255
ポリマ－81,6172
非ポリマー1,0083
水4,594255
1
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2802
ポリマ－40,8091
非ポリマー4711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
2
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3453
ポリマ－40,8091
非ポリマー5372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.221, 87.630, 113.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40808.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-I5G / 1-chloranyl-~{N}-[(~{S})-(3-chloranyl-4-cyano-phenyl)-[(2~{R},4~{S})-4-oxidanylpyrrolidin-2-yl]methyl]-7-methoxy-isoquinoline-6-carboxamide


分子量: 471.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20Cl2N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 25 mM Tris, pH 8.4/ 20% PEG3350/ 0.05 M Zn Acetate/ 25 mM Glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.76 Å / Num. obs: 37695 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 140987 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.383.80.8331385936570.640.4920.9680.997.2
8.91-45.763.40.02922276530.9810.0190.03516.494.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house structure of same protein

解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.048 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 1892 5 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.1881 35784 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.99 Å2 / Biso mean: 35.917 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å2-0 Å2-1.55 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5410 0 65 255 5730
Biso mean--33.85 36.69 -
残基数----673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0125679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.6527708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8385677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03822.297296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91115929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2051530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024358
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 186 -
Rwork0.32 3449 -
all-3635 -
obs--96.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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