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万見
- PDB-7y1b: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y1b
タイトル3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse Basigin-2 in complex with the Fab fragment of antibody 6E7F1
要素
  • Heavy chain of 6E7F1
  • Isoform 2 of Basigin
  • Light chain of 6E7F1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / glucose metabolism / monocarboxylic acid transport / alpha helical TMs
機能・相同性
機能・相同性情報


Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / Basigin interactions / acrosomal membrane / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / photoreceptor cell maintenance ...Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / Basigin interactions / acrosomal membrane / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / odontogenesis of dentin-containing tooth / D-mannose binding / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / photoreceptor outer segment / response to cAMP / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / photoreceptor inner segment / positive regulation of endothelial cell migration / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / response to peptide hormone / signaling receptor activity / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / angiogenesis / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Zhang, H. / Yang, X. / Xue, Y. / Huang, Y. / Mo, X. / Zhang, H. / Li, N. / Gao, N. / Li, X. / Wang, S. ...Zhang, H. / Yang, X. / Xue, Y. / Huang, Y. / Mo, X. / Zhang, H. / Li, N. / Gao, N. / Li, X. / Wang, S. / Gao, Y. / Liao, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX09711003-003-003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Allosteric modulation of monocarboxylate transporters 1 and 4 by targeting their chaperon Basigin
著者: Zhang, H. / Yang, X. / Xue, Y. / Huang, Y. / Mo, Y. / Zhang, H. / Li, N. / Gao, N. / Li, X. / Wang, S. / Gao, Y. / Liao, J.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Basigin
H: Heavy chain of 6E7F1
L: Light chain of 6E7F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9083
ポリマ－80,9083
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, The combination of electron microscopy and biochemical assay indicate that the Basigin has extensive interactions with its antibody 6E7F1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Basigin / Basic immunoglobulin superfamily / HT7 antigen / Membrane glycoprotein gp42


分子量: 29707.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bsg / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18572
#2: 抗体 Heavy chain of 6E7F1


分子量: 25275.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Light chain of 6E7F1


分子量: 25924.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse MCT1/Basigin-2 in complex with its monoclonal antibody 6E7F1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S / プラスミド: pEG BacMam
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH7.5, 150 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES pH 7.5HEPES1
2150 mMNaClNaCl1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample is monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 3.5-4.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2842
画像スキャンサンプリングサイズ: 1.9 µm / 横: 1034 / 縦: 1034 / 動画フレーム数/画像: 48

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.15粒子像選択
4cryoSPARC2.15CTF補正
7cryoSPARC2.15モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
10cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.15分類
13cryoSPARC2.15３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 712923
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106160 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 39.46 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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