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- EMDB-33559: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse B... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33559
タイトル3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse Basigin-2 in complex with the Fab fragment of antibody 6E7F1
マップデータmain map
試料
  • 複合体: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse MCT1/Basigin-2 in complex with its monoclonal antibody 6E7F1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Basigin
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 6E7F1
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 6E7F1
キーワードTransporter / glucose metabolism / monocarboxylic acid transport / alpha helical TMs / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / Basigin interactions / acrosomal membrane / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / endothelial tube morphogenesis / response to mercury ion / neural retina development / photoreceptor cell maintenance ...Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / Basigin interactions / acrosomal membrane / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / endothelial tube morphogenesis / response to mercury ion / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / odontogenesis of dentin-containing tooth / D-mannose binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / decidualization / photoreceptor outer segment / response to cAMP / photoreceptor inner segment / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / response to peptide hormone / signaling receptor activity / angiogenesis / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Zhang H / Yang X / Xue Y / Huang Y / Mo X / Li N / Gao N / Li X / Wang S / Gao Y / Liao J
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX09711003-003-003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Allosteric modulation of monocarboxylate transporters 1 and 4 by targeting their chaperon Basigin
著者: Zhang H / Yang X / Xue Y / Huang Y / Mo Y / Zhang H / Li N / Gao N / Li X / Wang S / Gao Y / Liao J
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.81496453 - 1.2838789
平均 (標準偏差)-0.00029742208 (±0.027122159)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33559_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_33559_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_33559_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse M...

全体名称: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse MCT1/Basigin-2 in complex with its monoclonal antibody 6E7F1
要素
  • 複合体: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse MCT1/Basigin-2 in complex with its monoclonal antibody 6E7F1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Basigin
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 6E7F1
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 6E7F1

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超分子 #1: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse M...

超分子名称: 3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse MCT1/Basigin-2 in complex with its monoclonal antibody 6E7F1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Isoform 2 of Basigin

分子名称: Isoform 2 of Basigin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.707447 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAALLLALA FTLLSGQGAC AAAGTIQTSV QEVNSKTQLT CSLNSSGVDI VGHRWMRGGK VLQEDTLPDL HTKYIVDADD RSGEYSCIF LPEPVGRSEI NVEGPPRIKV GKKSEHSSEG ELAKLVCKSD ASYPPITDWF WFKTSDTGEE EAITNSTEAN G KYVVVSTP ...文字列:
MAAALLLALA FTLLSGQGAC AAAGTIQTSV QEVNSKTQLT CSLNSSGVDI VGHRWMRGGK VLQEDTLPDL HTKYIVDADD RSGEYSCIF LPEPVGRSEI NVEGPPRIKV GKKSEHSSEG ELAKLVCKSD ASYPPITDWF WFKTSDTGEE EAITNSTEAN G KYVVVSTP EKSQLTISNL DVNVDPGTYV CNATNAQGTT RETISLRVRS RMAALWPFLG IVAEVLVLVT IIFIYEKRRK PD QTLDEDD PGAAPLKGSG THMNDKDKNV RQRNAT

UniProtKB: Basigin

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分子 #2: Heavy chain of 6E7F1

分子名称: Heavy chain of 6E7F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.2754 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MGWSYIILFL VTTATGVHSQ VQLQQPGAEL VKPGASVNLS CKASGYTFTN YWIHWVKQRP GQGLEWIGMI HPNSGTINYN EKFKTKATL TVDKSSSTAY MQLSSLTSED SAVYYCARVG TGSLDYWGQG TSVTVSSAKT TAPSVYPLAP VCGDTTGSSV T LGCLVKGY ...文字列:
MGWSYIILFL VTTATGVHSQ VQLQQPGAEL VKPGASVNLS CKASGYTFTN YWIHWVKQRP GQGLEWIGMI HPNSGTINYN EKFKTKATL TVDKSSSTAY MQLSSLTSED SAVYYCARVG TGSLDYWGQG TSVTVSSAKT TAPSVYPLAP VCGDTTGSSV T LGCLVKGY FPEPVTLTWN SGSLSSGVHT FPAVLQSDLY TLSSSVTVTS STWPSQSITC NVAHPASSTK VDKKIEPR

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分子 #3: Light chain of 6E7F1

分子名称: Light chain of 6E7F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.924785 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MVSTSQLLGL LLFWTSASRC DIVMTQSPAT LSVTPGDRVS LSCRASQSIS DYLHWYQQKS HESPRLLIKY VSQSISGIPS RFSGSGSGS YFTLSIDSVE PEDVGVYYCQ NGHRFPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF Y PKDINVKW ...文字列:
MVSTSQLLGL LLFWTSASRC DIVMTQSPAT LSVTPGDRVS LSCRASQSIS DYLHWYQQKS HESPRLLIKY VSQSISGIPS RFSGSGSGS YFTLSIDSVE PEDVGVYYCQ NGHRFPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF Y PKDINVKW KIDGSERQNG VLNSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPESHEPES pH 7.5
150.0 mMNaClNaCl

詳細: 20 mM HEPES pH7.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5-4.5 seconds before plunging.
詳細This sample is monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 1034 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1034 pixel / 実像数: 2842 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 712923
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 106160
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 39.46 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7y1b:
3.2 angstrom cryo-EM structure of extracellular region of mouse Basigin-2 in complex with the Fab fragment of antibody 6E7F1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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