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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xzp | ||||||
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タイトル | Formate-tetrahydrofolate ligase in complex with berberine | ||||||
![]() | Formate--tetrahydrofolate ligase | ||||||
![]() | LIGASE / Formate tetrahydrofolate ligase / Berberine | ||||||
機能・相同性 | ![]() formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fang, C.L. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Identification of FtfL as a novel target of berberine in intestinal bacteria. 著者: Yan, J. / Fang, C. / Yang, G. / Li, J. / Liu, Y. / Zhang, L. / Yang, P. / Fang, J. / Gu, Y. / Zhang, Y. / Jiang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xznC ![]() 7xzoC ![]() 5a4jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60583.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fhs, NCTC11460_01517 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A379CIH2, formate-tetrahydrofolate ligase #2: 化合物 | ChemComp-BER / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PRO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→50.2 Å / Num. obs: 48875 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.339 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.63 Å / 冗長度: 8.2 % / Num. unique obs: 3564 / CC1/2: 0.288 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5A4J 解像度: 2.56→47.651 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.68 Å2 / Biso mean: 54.6661 Å2 / Biso min: 27.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.56→47.651 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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