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- PDB-7xzn: Formate-tetrahydrofolate ligase from Peptostreptococcus anaerobius -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xzn
タイトルFormate-tetrahydrofolate ligase from Peptostreptococcus anaerobius
要素Formate--tetrahydrofolate ligase
キーワードLIGASE / Formate-tetrahydrofolate ligase / Berberine
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Formate--tetrahydrofolate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptostreptococcus anaerobius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Fang, C.L. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2023
タイトル: Identification of FtfL as a novel target of berberine in intestinal bacteria.
著者: Yan, J. / Fang, C. / Yang, G. / Li, J. / Liu, Y. / Zhang, L. / Yang, P. / Fang, J. / Gu, Y. / Zhang, Y. / Jiang, W.
履歴
登録2022年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate--tetrahydrofolate ligase
B: Formate--tetrahydrofolate ligase
C: Formate--tetrahydrofolate ligase
D: Formate--tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,60618
ポリマ－242,3334
非ポリマー1,27414
水2,108117
1
A: Formate--tetrahydrofolate ligase
C: Formate--tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,92711
ポリマ－121,1662
非ポリマー7619
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area38810 Å2
手法PISA
2
B: Formate--tetrahydrofolate ligase
D: Formate--tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,6797
ポリマ－121,1662
非ポリマー5135
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area38920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.870, 116.300, 107.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 50 or (resid 51...
21(chain B and (resid 4 through 25 or (resid 26...
31(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...
41(chain D and (resid 4 through 13 or (resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTHRTHR(chain A and (resid 4 through 50 or (resid 51...AA4 - 508 - 54
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 4 through 50 or (resid 51...AA5155
13LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 4 through 50 or (resid 51...AA4 - 5588 - 562
14LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 4 through 50 or (resid 51...AA4 - 5588 - 562
15LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 4 through 50 or (resid 51...AA4 - 5588 - 562
16LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 4 through 50 or (resid 51...AA4 - 5588 - 562
21LYSLYSILEILE(chain B and (resid 4 through 25 or (resid 26...BB4 - 258 - 29
22ASNASNASNASN(chain B and (resid 4 through 25 or (resid 26...BB2630
23PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 4 through 25 or (resid 26...BB3 - 5587 - 562
24PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 4 through 25 or (resid 26...BB3 - 5587 - 562
25PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 4 through 25 or (resid 26...BB3 - 5587 - 562
26PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 4 through 25 or (resid 26...BB3 - 5587 - 562
31LYSLYSALAALA(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC4 - 138 - 17
32ASNASNASNASN(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC1418
33PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC3 - 5587 - 562
34PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC3 - 5587 - 562
35PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC3 - 5587 - 562
36ASNASNASNASN(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC2630
37ASNASNASNASN(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC2630
38PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC3 - 5587 - 562
39PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC3 - 5587 - 562
310PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC3 - 5587 - 562
311PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 4 through 13 or (resid 14...CC3 - 5587 - 562
41LYSLYSALAALA(chain D and (resid 4 through 13 or (resid 14...DD4 - 138 - 17
42ASNASNASNASN(chain D and (resid 4 through 13 or (resid 14...DD1418
43PHEPHELEULEU(chain D and (resid 4 through 13 or (resid 14...DD3 - 5577 - 561
44PHEPHELEULEU(chain D and (resid 4 through 13 or (resid 14...DD3 - 5577 - 561
45PHEPHELEULEU(chain D and (resid 4 through 13 or (resid 14...DD3 - 5577 - 561
46PHEPHELEULEU(chain D and (resid 4 through 13 or (resid 14...DD3 - 5577 - 561

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要素

#1: タンパク質
Formate--tetrahydrofolate ligase / Formyltetrahydrofolate synthetase / FHS / FTHFS


分子量: 60583.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptostreptococcus anaerobius (バクテリア)
遺伝子: fhs, NCTC11460_01517 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A379CIH2, formate-tetrahydrofolate ligase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15M Cesium chloride, 15% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→54.02 Å / Num. obs: 168145 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 7.2 % / Num. unique obs: 12394 / CC1/2: 0.617 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5a4j

5a4j


解像度: 2.04→30.5 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 37.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 2003 1.19 %
Rwork0.2715 165857 -
obs0.2716 167860 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.16 Å2 / Biso mean: 54.4083 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16630 0 84 117 16831
Biso mean--63.03 36.39 -
残基数----2222
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10386X-RAY DIFFRACTION7.961TORSIONAL
12B10386X-RAY DIFFRACTION7.961TORSIONAL
13C10386X-RAY DIFFRACTION7.961TORSIONAL
14D10386X-RAY DIFFRACTION7.961TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.04-2.0910.41481380.387211764100
2.091-2.14750.44281460.368611878100
2.1475-2.21070.41531330.346311798100
2.2107-2.2820.34371510.334711843100
2.282-2.36360.38361470.325811815100
2.3636-2.45820.35541430.315711807100
2.4582-2.570.31241410.312411840100
2.57-2.70540.35661410.302311813100
2.7054-2.87480.32551560.295111813100
2.8748-3.09660.31821390.305411865100
3.0966-3.40780.27951460.278411877100
3.4078-3.90010.2861430.254711869100
3.9001-4.91030.20741380.209211936100
4.9103-30.50.19481410.22971193999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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