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- PDB-7xy5: HapR_Double Mutant with CHES buffer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xy5
タイトルHapR_Double Mutant with CHES buffer
要素Hemagglutinin/protease regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / HapR Master Regulator Double mutant Y76F / F171C with CHES molecule TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin/protease regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Basu Choudhury, G. / Chaudhari, V. / Ray Chaudhuri, S. / Datta, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Diversity in the ligand binding pocket of HapR attributes to its uniqueness towards several inhibitors with respect to other homologues - A structural and molecular perspective.
著者: Sen, H. / Choudhury, G.B. / Pawar, G. / Sharma, Y. / Bhalerao, S.E. / Chaudhari, V.D. / Datta, S. / Raychaudhuri, S.
履歴
登録2022年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin/protease regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8702
ポリマ－23,6621
非ポリマー2071
水39622
1
A: Hemagglutinin/protease regulatory protein
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin/protease regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7394
ポリマ－47,3252
非ポリマー4152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.934, 44.773, 53.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin/protease regulatory protein / TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量: 23662.361 Da / 分子数: 1 / 変異: F171C, Y76F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: hapR, D6U24_16025, ERS013186_00946, ERS013198_01284, ERS013202_02486
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B2CKP3
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 7-8% PEG 8000, 100 mM CHES pH 9.5, 200 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→27.28 Å / Num. obs: 16867 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.37→2.45 Å / Num. unique obs: 893 / CC1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PBX

2pbx


解像度: 2.37→26.707 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 1668 9.92 %
Rwork0.2308 15148 -
obs0.2355 16816 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107 Å2 / Biso mean: 43.5594 Å2 / Biso min: 15.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→26.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 13 22 1647
Biso mean--44.15 37.69 -
残基数----197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.37-2.43970.36441360.33441269100
2.4397-2.51840.31871430.29371255100
2.5184-2.60840.31211420.27491260100
2.6084-2.71270.33531410.26431285100
2.7127-2.8360.29621360.24041268100
2.836-2.98540.29361450.24531287100
2.9854-3.17210.34961290.2404126099
3.1721-3.41660.30921400.2568122799
3.4166-3.75960.29651380.2445126898
3.7596-4.30160.32511410.2048123698
4.3016-5.41220.18541410.1849125699
5.4122-26.70.21621360.18971277100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1399-0.1594-0.23150.29340.34240.41070.28550.1926-0.0922-0.5319-0.08540.0648-0.0161-0.36130.00140.31620.0355-0.01650.29760.00240.231517.65618.4803-5.9118
20.7241-0.00230.78340.41720.48291.39630.14350.3413-0.1424-0.13890.06440.0301-0.1010.23030.32840.26050.07820.01920.1741-0.00040.235820.419312.2214-13.1407
30.3819-0.39270.40890.4219-0.13342.4541-0.0545-0.02450.20610.0477-0.1215-0.11550.07730.83650.10880.12610.0141-0.02090.24120.02510.160415.665320.168222.7322
40.31-0.2441-0.11550.2610.00750.91710.15790.1921-0.4562-0.1207-0.0199-0.13660.33510.47410.05030.40450.037-0.04160.3091-0.03660.3678.87637.126425.0864
50.79990.0207-0.17560.1484-0.07161.17080.0632-0.0420.20340.2791-0.1334-0.1947-0.4825-0.2779-0.10.1799-0.0578-0.02340.28910.07310.20293.721418.727721.9006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 47 )A15 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 60 )A48 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 107 )A84 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 151 )A135 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 180 )A152 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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