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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xxs | ||||||
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Title | HapR mutant I141V | ||||||
![]() | Hemagglutinin/protease regulatory protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / HapR Master Regulator | ||||||
Function / homology | ![]() peptidase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / proteolysis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Basu Choudhury, G. / Chaudhari, V. / Ray Chaudhuri, S. / Datta, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Diversity in the ligand binding pocket of HapR attributes to its uniqueness towards several inhibitors with respect to other homologues - A structural and molecular perspective. Authors: Sen, H. / Choudhury, G.B. / Pawar, G. / Sharma, Y. / Bhalerao, S.E. / Chaudhari, V.D. / Datta, S. / Raychaudhuri, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 445.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xxnC ![]() 7xxoSC ![]() 7xxtC ![]() 7xy0C ![]() 7xy5C ![]() 7xyiC ![]() 7y4jC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23708.365 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: I141V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: hapR, D6U24_16025, ERS013186_00946, ERS013198_01284, ERS013202_02486 Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 / Details: 7% PEG 8000, 100 mM CHES pH 9.5, 200 mM Nacl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: Bruker PHOTON III / Detector: PIXEL / Date: Apr 27, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→28.45 Å / Num. obs: 134666 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.33 Å / Redundancy: 6.4 % / Num. unique obs: 2033 / CC1/2: 0.92 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7XXO Resolution: 2.25→28.449 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.01 Å2 / Biso mean: 52.8792 Å2 / Biso min: 23.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→28.449 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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