PDB-7xxc: Orf1-glycine-glycylthricin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xxc

タイトル

Orf1-glycine-glycylthricin complex

要素

N-formimidoyl fortimicin A synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glycylthricin OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / cytoplasm / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / GLYCINE / Chem-I55 / N-formimidoyl fortimicin A synthase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces luteocolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.989 Å

データ登録者

Wang, Y.L. / Li, T.L.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: N-Formimidoylation/-iminoacetylation modification in aminoglycosides requires FAD-dependent and ligand-protein NOS bridge dual chemistry.
著者: Wang, Y.L. / Chang, C.Y. / Hsu, N.S. / Lo, I.W. / Lin, K.H. / Chen, C.L. / Chang, C.F. / Wang, Z.C. / Ogasawara, Y. / Dairi, T. / Maruyama, C. / Hamano, Y. / Li, T.L.

履歴

登録	2022年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xxc.cif.gz	815 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xxc.ent.gz	646.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7xxc_validation.pdf.gz	7.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xxc_full_validation.pdf.gz	7.6 MB	表示
XML形式データ	7xxc_validation.xml.gz	155.8 KB	表示
CIF形式データ	7xxc_validation.cif.gz	223.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7xqaSC 7xx0C 7xxdC 7xxmC 7xxpC 7xxrC 7xyeC 7xylC 7y0xC 7ypuC 7ypvC 8griC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-formimidoyl fortimicin A synthase

B: N-formimidoyl fortimicin A synthase

C: N-formimidoyl fortimicin A synthase

D: N-formimidoyl fortimicin A synthase

E: N-formimidoyl fortimicin A synthase

F: N-formimidoyl fortimicin A synthase

G: N-formimidoyl fortimicin A synthase

H: N-formimidoyl fortimicin A synthase

ヘテロ分子

451 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-formimidoyl fortimicin A synthase

B: N-formimidoyl fortimicin A synthase

C: N-formimidoyl fortimicin A synthase

D: N-formimidoyl fortimicin A synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: N-formimidoyl fortimicin A synthase

F: N-formimidoyl fortimicin A synthase

G: N-formimidoyl fortimicin A synthase

H: N-formimidoyl fortimicin A synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.471, 108.062, 134.557
Angle α, β, γ (deg.)	89.753, 90.080, 96.500
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	TRP	TRP	A	A	11 - 490	32 - 511
2	2	1	THR	THR	TRP	TRP	B	B	11 - 490	32 - 511
3	3	2	THR	THR	TRP	TRP	A	A	11 - 490	32 - 511
4	4	2	THR	THR	TRP	TRP	C	C	11 - 490	32 - 511
5	5	3	VAL	VAL	TRP	TRP	A	A	13 - 490	34 - 511
6	6	3	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
7	7	4	THR	THR	TRP	TRP	A	A	11 - 490	32 - 511
8	8	4	THR	THR	TRP	TRP	E	E	11 - 490	32 - 511
9	9	5	THR	THR	TRP	TRP	A	A	11 - 490	32 - 511
10	10	5	THR	THR	TRP	TRP	F	F	11 - 490	32 - 511
11	11	6	THR	THR	HIS	HIS	A	A	11 - 491	32 - 512
12	12	6	THR	THR	HIS	HIS	G	G	11 - 491	32 - 512
13	13	7	VAL	VAL	TRP	TRP	A	A	13 - 490	34 - 511
14	14	7	VAL	VAL	TRP	TRP	H	H	13 - 490	34 - 511
15	15	8	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
16	16	8	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
17	17	9	VAL	VAL	TRP	TRP	B	B	13 - 490	34 - 511
18	18	9	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
19	19	10	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
20	20	10	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
21	21	11	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
22	22	11	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
23	23	12	THR	THR	TRP	TRP	B	B	11 - 490	32 - 511
24	24	12	THR	THR	TRP	TRP	G	G	11 - 490	32 - 511
25	25	13	VAL	VAL	TRP	TRP	B	B	13 - 490	34 - 511
26	26	13	VAL	VAL	TRP	TRP	H	H	13 - 490	34 - 511
27	27	14	VAL	VAL	TRP	TRP	C	C	13 - 490	34 - 511
28	28	14	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
29	29	15	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
30	30	15	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
31	31	16	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
32	32	16	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
33	33	17	THR	THR	TRP	TRP	C	C	11 - 490	32 - 511
34	34	17	THR	THR	TRP	TRP	G	G	11 - 490	32 - 511
35	35	18	VAL	VAL	TRP	TRP	C	C	13 - 490	34 - 511
36	36	18	VAL	VAL	TRP	TRP	H	H	13 - 490	34 - 511
37	37	19	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
38	38	19	VAL	VAL	TRP	TRP	E	E	13 - 490	34 - 511
39	39	20	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
40	40	20	VAL	VAL	TRP	TRP	F	F	13 - 490	34 - 511
41	41	21	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
42	42	21	VAL	VAL	TRP	TRP	G	G	13 - 490	34 - 511
43	43	22	VAL	VAL	HIS	HIS	D	D	13 - 491	34 - 512
44	44	22	VAL	VAL	HIS	HIS	H	H	13 - 491	34 - 512
45	45	23	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
46	46	23	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
47	47	24	THR	THR	TRP	TRP	E	E	11 - 490	32 - 511
48	48	24	THR	THR	TRP	TRP	G	G	11 - 490	32 - 511
49	49	25	VAL	VAL	TRP	TRP	E	E	13 - 490	34 - 511
50	50	25	VAL	VAL	TRP	TRP	H	H	13 - 490	34 - 511
51	51	26	THR	THR	TRP	TRP	F	F	11 - 490	32 - 511
52	52	26	THR	THR	TRP	TRP	G	G	11 - 490	32 - 511
53	53	27	VAL	VAL	TRP	TRP	F	F	13 - 490	34 - 511
54	54	27	VAL	VAL	TRP	TRP	H	H	13 - 490	34 - 511
55	55	28	VAL	VAL	TRP	TRP	G	G	13 - 490	34 - 511
56	56	28	VAL	VAL	TRP	TRP	H	H	13 - 490	34 - 511

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	N-formimidoyl fortimicin A synthase 分子量: 55052.918 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces luteocolor (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125SZC1
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-I55 / [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(~{E})-[(3~{a}~{S},7~{R},7~{a}~{S})-7-oxidanyl-4-oxidanylidene-3,3~{a},5,6,7,7~{a}-hexahydro-1~{H}-imidazo[4,5-c]pyridin-2-ylidene]amino]-5-(2-azanylethanoylamino)-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate 分子量: 431.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅N₇O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 0.2 M KBr, 8 % PEG 550 MME and 8 % PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.989→30 Å / Num. obs: 388255 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 38.1
反射シェル	解像度: 1.99→2.06 Å / R_merge(I) obs: 0.26 / Num. unique obs: 37016 / R_pim(I) all: 0.127 / R_rim(I) all: 0.29 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XQA

7xqa

解像度: 1.989→27.822 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.332 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	18798	4.846 %
R_work	0.1979	369115	-
all	0.199	-	-
obs	-	387913	97.476 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.086 Å²	0.009 Å²	0.013 Å²
2-	-	0.134 Å²	-0.106 Å²
3-	-	-	-0.055 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.989→27.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29166	0	704	2426	32296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	30648
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	28449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.642	41871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	1.575	65313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.611	5	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.112	20.304	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.746	15	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.357	15	281
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	35091
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6951
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	6012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	26915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	14693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	13984
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.269	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.101	2.962	15443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.1	2.962	15441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.123	4.432	19288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.123	4.433	19288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.558	3.255	15205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.558	3.255	15205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.041	4.764	22583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.041	4.764	22583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.783	35.005	34250
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.679	34.787	33775
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.047	0.05	15233
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.053	0.05	15155
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.052	0.05	15085
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.027	0.05	15471
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.045	0.05	15248
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.054	0.05	15175
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.051	0.05	15092
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.059	0.05	15285
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.052	0.05	15127
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.048	0.05	15359
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.031	0.05	15597
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.049	0.05	15197
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.052	0.05	15147
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.053	0.05	15146
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.055	0.05	15272
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.051	0.05	15334
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.032	0.05	15477
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.051	0.05	15139
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.05	0.05	15140
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.044	0.05	15166
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.05	0.05	15110
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.017	0.05	15467
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.046	0.05	15320
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.05	0.05	15152
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.051	0.05	15104
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.046	0.05	15163
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.045	0.05	15140
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.048	0.05	15171

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04745	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04745	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05322	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05322	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05199	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05199	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02653	0.0501
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02653	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04548	0.05009
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04548	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05396	0.05009
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05396	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05097	0.05009
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05097	0.05009
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05851	0.05009
8	16	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05851	0.05009
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0523	0.05009
9	18	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0523	0.05009
10	19	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04811	0.05009
10	20	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04811	0.05009
11	21	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03131	0.0501
11	22	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03131	0.0501
12	23	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04922	0.05009
12	24	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04922	0.05009
13	25	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0524	0.05009
13	26	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0524	0.05009
14	27	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05255	0.05009
14	28	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05255	0.05009
15	29	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05487	0.05009
15	30	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05487	0.05009
16	31	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05096	0.05009
16	32	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05096	0.05009
17	33	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03235	0.0501
17	34	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03235	0.0501
18	35	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05072	0.05009
18	36	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05072	0.05009
19	37	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05014	0.05009
19	38	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05014	0.05009
20	39	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04367	0.05009
20	40	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04367	0.05009
21	41	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04988	0.05009
21	42	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04988	0.05009
22	43	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01712	0.0501
22	44	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01712	0.0501
23	45	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04562	0.05009
23	46	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04562	0.05009
24	47	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04987	0.05009
24	48	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04987	0.05009
25	49	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05062	0.05009
25	50	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05062	0.05009
26	51	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04646	0.05009
26	52	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04646	0.05009
27	53	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0449	0.05009
27	54	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0449	0.05009
28	55	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04811	0.05009
28	56	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04811	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.989-2.04	0.278	1262	0.253	25814	X-RAY DIFFRACTION	92.356
2.04-2.096	0.272	1321	0.242	26322	X-RAY DIFFRACTION	96.9148
2.096-2.157	0.249	1315	0.232	25696	X-RAY DIFFRACTION	97.0188
2.157-2.223	0.245	1234	0.222	24956	X-RAY DIFFRACTION	97.2305
2.223-2.295	0.24	1248	0.221	24284	X-RAY DIFFRACTION	97.4058
2.295-2.375	0.242	1173	0.21	23456	X-RAY DIFFRACTION	97.4981
2.375-2.464	0.237	1136	0.206	22844	X-RAY DIFFRACTION	97.7379
2.464-2.564	0.232	1152	0.205	21797	X-RAY DIFFRACTION	97.851
2.564-2.677	0.253	1091	0.212	21012	X-RAY DIFFRACTION	98.0525
2.677-2.807	0.231	1024	0.202	20150	X-RAY DIFFRACTION	98.1505
2.807-2.957	0.226	1029	0.204	19181	X-RAY DIFFRACTION	98.3072
2.957-3.135	0.214	939	0.194	18237	X-RAY DIFFRACTION	98.5001
3.135-3.348	0.229	809	0.202	17156	X-RAY DIFFRACTION	98.6329
3.348-3.613	0.214	800	0.196	16035	X-RAY DIFFRACTION	98.8085
3.613-3.952	0.225	803	0.186	14658	X-RAY DIFFRACTION	98.9124
3.952-4.409	0.173	653	0.16	13389	X-RAY DIFFRACTION	98.9849
4.409-5.073	0.165	597	0.152	11830	X-RAY DIFFRACTION	99.0752
5.073-6.169	0.2	569	0.183	10023	X-RAY DIFFRACTION	99.4741
6.169-8.545	0.203	408	0.181	7890	X-RAY DIFFRACTION	99.6158
8.545-27.822	0.199	235	0.202	4383	X-RAY DIFFRACTION	94.3604

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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