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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ypv | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of OrE-ST-F | ||||||
Components | Acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acetyltransferase streptothricin F | ||||||
| Function / homology | : / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Streptothricin F / Acetyltransferase Function and homology information | ||||||
| Biological species | Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.415 Å | ||||||
Authors | Wang, Y.L. / Li, T.L. | ||||||
| Funding support | Taiwan, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: N-Formimidoylation/-iminoacetylation modification in aminoglycosides requires FAD-dependent and ligand-protein NOS bridge dual chemistry. Authors: Wang, Y.L. / Chang, C.Y. / Hsu, N.S. / Lo, I.W. / Lin, K.H. / Chen, C.L. / Chang, C.F. / Wang, Z.C. / Ogasawara, Y. / Dairi, T. / Maruyama, C. / Hamano, Y. / Li, T.L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ypv.cif.gz | 294 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ypv.ent.gz | 229.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ypv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ypv_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ypv_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
| Data in XML | 7ypv_validation.xml.gz | 56 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ypv_validation.cif.gz | 73.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypv | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7xqaC ![]() 7xx0C ![]() 7xxcC ![]() 7xxdC ![]() 7xxmC ![]() 7xxpC ![]() 7xxrC ![]() 7xyeC ![]() 7xylC ![]() 7y0xC ![]() 7ypuC ![]() 8griC ![]() 3pp9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR
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Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Taiwan, 1items
Citation












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