PDB-7ypu: OrfE-CoA-glycylthricin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ypu

タイトル

OrfE-CoA-glycylthricin complex

要素

Acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / acetyltransferase glycylthricin

機能・相同性

: / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / Chem-I55 / Acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.357 Å

データ登録者

Wang, Y.L. / Li, T.L.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: N-Formimidoylation/-iminoacetylation modification in aminoglycosides requires FAD-dependent and ligand-protein NOS bridge dual chemistry.
著者: Wang, Y.L. / Chang, C.Y. / Hsu, N.S. / Lo, I.W. / Lin, K.H. / Chen, C.L. / Chang, C.F. / Wang, Z.C. / Ogasawara, Y. / Dairi, T. / Maruyama, C. / Hamano, Y. / Li, T.L.

履歴

登録	2022年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ypu.cif.gz	286.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ypu.ent.gz	222.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ypu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ypu_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ypu_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	7ypu_validation.xml.gz	52.1 KB	表示
CIF形式データ	7ypu_validation.cif.gz	69.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7xqaC 7xx0C 7xxcC 7xxdC 7xxmC 7xxpC 7xxrC 7xyeC 7xylC 7y0xC 7ypvC 8griC 3pp9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyltransferase

B: Acetyltransferase

C: Acetyltransferase

D: Acetyltransferase

E: Acetyltransferase

F: Acetyltransferase

G: Acetyltransferase

H: Acetyltransferase

ヘテロ分子

183 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyltransferase

B: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acetyltransferase

D: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Acetyltransferase

F: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Acetyltransferase

H: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.358, 102.791, 386.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	CYS	CYS	A	A	8 - 185	28 - 205
2	2	1	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
3	3	2	CYS	CYS	A	A	8 - 185	28 - 205
4	4	2	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
5	5	3	CYS	CYS	A	A	8 - 185	28 - 205
6	6	3	CYS	CYS	D	D	8 - 185	28 - 205
7	7	4	CYS	CYS	A	A	8 - 185	28 - 205
8	8	4	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
9	9	5	CYS	CYS	A	A	8 - 185	28 - 205
10	10	5	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
11	11	6	CYS	CYS	A	A	8 - 185	28 - 205
12	12	6	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
13	13	7	PRO	PRO	A	A	8 - 184	28 - 204
14	14	7	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
15	15	8	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
16	16	8	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
17	17	9	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
18	18	9	CYS	CYS	D	D	8 - 185	28 - 205
19	19	10	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
20	20	10	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
21	11	11	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
22	12	11	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
23	13	12	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
24	14	12	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
25	15	13	PRO	PRO	B	B	8 - 184	28 - 204
26	16	13	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
27	17	14	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
28	18	14	CYS	CYS	D	D	8 - 185	28 - 205
29	19	15	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
30	20	15	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
31	21	16	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
32	22	16	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
33	23	17	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
34	24	17	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
35	25	18	PRO	PRO	C	C	8 - 184	28 - 204
36	26	18	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
37	27	19	CYS	CYS	D	D	8 - 185	28 - 205
38	28	19	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
39	29	20	CYS	CYS	D	D	8 - 185	28 - 205
40	30	20	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
41	31	21	CYS	CYS	D	D	8 - 185	28 - 205
42	32	21	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
43	33	22	PRO	PRO	D	D	8 - 184	28 - 204
44	34	22	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
45	35	23	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
46	36	23	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
47	37	24	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
48	38	24	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
49	39	25	PRO	PRO	E	E	8 - 184	28 - 204
50	40	25	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
51	41	26	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
52	42	26	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
53	43	27	PRO	PRO	F	F	8 - 184	28 - 204
54	44	27	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
55	45	28	PRO	PRO	G	G	8 - 184	28 - 204
56	46	28	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Acetyltransferase / Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase / Streptothricin acetyltransferase 分子量: 22071.469 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae (バクテリア) 遺伝子: SLAV_37450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9MBU1
#2: 化合物	ChemComp-I55 / [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(~{E})-[(3~{a}~{S},7~{R},7~{a}~{S})-7-oxidanyl-4-oxidanylidene-3,3~{a},5,6,7,7~{a}-hexahydro-1~{H}-imidazo[4,5-c]pyridin-2-ylidene]amino]-5-(2-azanylethanoylamino)-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate 分子量: 431.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅N₇O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 0.2 M ammonium sulfate 12.5 % PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.357→30 Å / Num. obs: 87496 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 39.4
反射シェル	解像度: 2.36→2.44 Å / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 8500 / R_rim(I) all: 0.394 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PP9

3pp9

解像度: 2.357→29.778 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 6.195 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	4259	4.882 %
R_work	0.223	82980	-
all	0.224	-	-
obs	-	87239	99.477 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.296 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.009 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.357→29.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9937	0	450	319	10706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10638
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	9727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.664	14536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	1.577	22241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.256	19.111	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.341	15	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.961	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	8309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	4991
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.288	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.292	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.161	3.366	5303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.161	3.366	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.582	5.03	6599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.581	5.03	6600
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.437	3.809	5335
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.437	3.81	5336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.953	5.637	7937
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.953	5.638	7938
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.02	39.058	10832
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.015	39.003	10801
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.069	0.05	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.051	0.05	4863
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.071	0.05	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.076	0.05	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.075	0.05	4778
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.053	0.05	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.07	0.05	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.059	0.05	4910
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.053	0.05	4905
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.074	0.05	4827
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.062	0.05	4844
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.06	0.05	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.064	0.05	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.067	0.05	4915
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.077	0.05	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.062	0.05	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.035	0.05	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.066	0.05	4635
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.076	0.05	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.067	0.05	4846
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.065	0.05	4851
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.059	0.05	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.069	0.05	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.065	0.05	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.079	0.05	4594
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.064	0.05	4832
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.071	0.05	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.066	0.05	4594

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0694	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0694	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05054	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05054	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07097	0.0501
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07097	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07641	0.05009
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07641	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07456	0.0501
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07456	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0529	0.0501
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0529	0.0501
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07042	0.05009
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07042	0.05009
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05924	0.0501
8	16	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05924	0.0501
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05282	0.0501
9	18	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05282	0.0501
10	19	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07398	0.05009
10	20	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07398	0.05009
11	21	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06162	0.0501
11	22	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06162	0.0501
12	23	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06016	0.0501
12	24	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06016	0.0501
13	25	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06394	0.0501
13	26	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06394	0.0501
14	27	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06709	0.0501
14	28	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06709	0.0501
15	29	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07749	0.05009
15	30	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07749	0.05009
16	31	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06247	0.0501
16	32	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06247	0.0501
17	33	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0352	0.0501
17	34	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0352	0.0501
18	35	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0662	0.0501
18	36	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0662	0.0501
19	37	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07644	0.05009
19	38	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07644	0.05009
20	39	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06724	0.0501
20	40	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06724	0.0501
21	41	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06478	0.0501
21	42	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06478	0.0501
22	43	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05903	0.0501
22	44	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05903	0.0501
23	45	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06865	0.0501
23	46	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06865	0.0501
24	47	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0645	0.0501
24	48	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0645	0.0501
25	49	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07898	0.05009
25	50	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07898	0.05009
26	51	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0643	0.0501
26	52	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0643	0.0501
27	53	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07094	0.05009
27	54	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07094	0.05009
28	55	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06643	0.0501
28	56	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06643	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.357-2.418	0.269	296	0.267	5768	X-RAY DIFFRACTION	96.1929
2.418-2.484	0.277	293	0.26	5945	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
2.484-2.555	0.289	258	0.26	5710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.633	0.271	289	0.252	5611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.633-2.719	0.292	257	0.25	5431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.719-2.813	0.305	250	0.236	5249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.813-2.919	0.214	251	0.229	5109	X-RAY DIFFRACTION	99.9813
2.919-3.037	0.267	268	0.238	4856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.037-3.17	0.265	210	0.23	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.323	0.232	229	0.22	4519	X-RAY DIFFRACTION	99.9579
3.323-3.5	0.248	262	0.223	4290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.71	0.222	204	0.213	4044	X-RAY DIFFRACTION	99.8824
3.71-3.961	0.211	230	0.195	3808	X-RAY DIFFRACTION	99.6791
3.961-4.273	0.221	176	0.19	3570	X-RAY DIFFRACTION	99.3107
4.273-4.671	0.206	186	0.183	3277	X-RAY DIFFRACTION	99.0844
4.671-5.207	0.19	194	0.191	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.161
5.207-5.982	0.25	154	0.223	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.6464
5.982-7.255	0.233	116	0.231	2355	X-RAY DIFFRACTION	100
7.255-9.972	0.227	91	0.2	1864	X-RAY DIFFRACTION	99.3394
9.972-29.778	0.326	45	0.317	1219	X-RAY DIFFRACTION	98.2129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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