PDB-7xwr: Human Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xwr

タイトル

Human Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex with (S)-2-(2-chloro-4-hydroxyphenyl)-3-(4-hydroxyphenyl)propanenitrile

要素

Estrogen receptor beta
SRC peptide

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / Inhibitor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.164 Å

データ登録者

Furuya, N. / Handa, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Evaluating the correlation of binding affinities between isothermal titration calorimetry and fragment molecular orbital method of estrogen receptor beta with diarylpropionitrile (DPN) or DPN derivatives.
著者: Handa, C. / Yamazaki, Y. / Yonekubo, S. / Furuya, N. / Momose, T. / Ozawa, T. / Furuishi, T. / Fukuzawa, K. / Yonemochi, E.

履歴

登録	2022年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月27日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.journal_volume / _struct.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xwr.cif.gz	188.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xwr.ent.gz	145.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xwr_validation.pdf.gz	952 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xwr_full_validation.pdf.gz	956 KB	表示
XML形式データ	7xwr_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	7xwr_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xvyC 7xvzC 7xwpC 7xwqC 2giuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Estrogen receptor beta

B: Estrogen receptor beta

C: SRC peptide

D: SRC peptide

ヘテロ分子

58.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.436, 89.226, 101.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2 分子量: 27702.578 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 変異: C334S,C369S,C481S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド	SRC peptide 分子量: 1386.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-I2B / (2~{S})-2-(2-chloranyl-4-oxidanyl-phenyl)-3-(4-hydroxyphenyl)propanenitrile 分子量: 273.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂ClNO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16-20% PEG3350, 100 mM BisTris pH6.5, 200 mM Magnesium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→46.633 Å / Num. obs: 25917 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.937 / R_merge(I) obs: 0.451 / R_pim(I) all: 0.288 / R_rim(I) all: 0.537 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 2.186 / Num. unique obs: 2196 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 1.499 / R_rim(I) all: 2.664

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2giu

2giu

解像度: 2.164→46.633 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / WR_factor R_free: 0.338 / WR_factor R_work: 0.264 / SU B: 12.339 / SU ML: 0.294 / Average fsc free: 0.7829 / Average fsc work: 0.8042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.269 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3178	1294	5.008 %	RANDOM
R_work	0.2614	24546	-	-
all	0.264	-	-	-
obs	-	25840	98.955 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.579 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.383 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.804 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.164→46.633 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3530	0	38	25	3593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.617	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.289	1.572	8139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.291	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.882	22.941	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.102	15	665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.571	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.293	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.501	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.245	2.784	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.244	2.783	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.581	4.155	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.581	4.155	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.432	2.972	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.432	2.972	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.937	4.355	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.936	4.354	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.798	32.576	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.798	32.577	4115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.164-2.22	0.373	91	0.376	1751	X-RAY DIFFRACTION	98.2924
2.22-2.281	0.317	93	0.343	1761	X-RAY DIFFRACTION	98.617
2.281-2.347	0.391	69	0.308	1701	X-RAY DIFFRACTION	99.4941
2.347-2.419	0.309	98	0.304	1645	X-RAY DIFFRACTION	99.0341
2.419-2.499	0.319	82	0.28	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.0605
2.499-2.586	0.292	85	0.275	1550	X-RAY DIFFRACTION	99.3921
2.586-2.684	0.326	79	0.278	1472	X-RAY DIFFRACTION	98.6014
2.684-2.793	0.304	62	0.278	1474	X-RAY DIFFRACTION	99.0968
2.793-2.917	0.321	72	0.251	1382	X-RAY DIFFRACTION	98.7101
2.917-3.06	0.366	60	0.23	1337	X-RAY DIFFRACTION	98.8677
3.06-3.225	0.32	79	0.259	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.032
3.225-3.42	0.301	68	0.238	1188	X-RAY DIFFRACTION	99.1318
3.42-3.656	0.329	75	0.227	1121	X-RAY DIFFRACTION	98.5985
3.656-3.949	0.311	70	0.229	1050	X-RAY DIFFRACTION	99.115
3.949-4.325	0.262	47	0.217	991	X-RAY DIFFRACTION	99.3301
4.325-4.834	0.3	44	0.198	906	X-RAY DIFFRACTION	99.2685
4.834-5.58	0.301	36	0.232	799	X-RAY DIFFRACTION	99.1686
5.58-6.829	0.434	41	0.269	688	X-RAY DIFFRACTION	99.7264
6.829-9.636	0.291	29	0.199	547	X-RAY DIFFRACTION	99.4819
9.636-46.633	0.199	14	0.219	327	X-RAY DIFFRACTION	96.6006

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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