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Yorodumi- PDB-7xvn: Structural basis for DNA recognition feature of retinoid-related ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xvn | ||||||
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Title | Structural basis for DNA recognition feature of retinoid-related orphan receptors | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / nuclear receptor / transcription factor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of gamma-delta T cell differentiation / mucosa-associated lymphoid tissue development / Nuclear Receptor transcription pathway / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm ...regulation of gamma-delta T cell differentiation / mucosa-associated lymphoid tissue development / Nuclear Receptor transcription pathway / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / alpha-beta T cell differentiation / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / T cell differentiation in thymus / cell differentiation / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / external side of plasma membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.302 Å | ||||||
Authors | Chen, Y. / Jiang, L. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2024 Title: Structural characterization of the DNA binding mechanism of retinoic acid-related orphan receptor gamma. Authors: Jiang, L. / Liu, X. / Liang, X. / Dai, S. / Wei, H. / Guo, M. / Chen, Z. / Xiao, D. / Chen, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xvn.cif.gz | 220.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7xvn.ent.gz | 170.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xvn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xvn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8j54C 6l6lS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13864.976 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Rorc, Nr1f3, Rorg, Thor / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P51450 #2: DNA chain | Mass: 5460.556 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #3: DNA chain | Mass: 5571.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.67 Å3/Da / Density % sol: 26.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M MES pH 5.6, 0.1 M (NH4)2SO4, 0.01 M MgCl2, 22% PEG 8K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL10U2 / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 30, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.302→32 Å / Num. obs: 43676 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1416 / Net I/σ(I): 11.33 |
Reflection shell | Resolution: 2.302→2.384 Å / Num. unique obs: 2370 / CC1/2: 0.683 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6L6L Resolution: 2.302→32 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.34 Å2 / Biso mean: 54.9235 Å2 / Biso min: 23.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.302→32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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