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- PDB-8j54: Crystal structure of RXR/DR2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j54
タイトルCrystal structure of RXR/DR2 complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
  • Retinoic acid receptor RXR
キーワードDNA/DNA BINDING PROTEIN / retinoid-related orphan receptor / DR2 / DNA BINDING PROTEIN / DNA-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor RXR
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Chen, Y. / Jiang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81974074 and 82172654 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of the DNA binding mechanism of retinoic acid-related orphan receptor gamma.
著者: Jiang, L. / Liu, X. / Liang, X. / Dai, S. / Wei, H. / Guo, M. / Chen, Z. / Xiao, D. / Chen, Y.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
C: Retinoic acid receptor RXR
D: Retinoic acid receptor RXR
E: Retinoic acid receptor RXR
F: Retinoic acid receptor RXR
N: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,98516
ポリマ－61,4628
非ポリマー5238
水00
1
A: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
C: Retinoic acid receptor RXR
D: Retinoic acid receptor RXR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9938
ポリマ－30,7314
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
2
E: Retinoic acid receptor RXR
F: Retinoic acid receptor RXR
N: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9938
ポリマ－30,7314
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.239, 63.646, 244.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*G)-3')


分子量: 5460.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3')


分子量: 5571.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
Retinoic acid receptor RXR / ROR gamma / Nuclear receptor subfamily 2 group B member


分子量: 9849.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rxra, RXR alpha / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LC96
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris6.5, 0.01 mM CaCl2, 18-23% PEG2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.79 Å / Num. obs: 28366 / % possible obs: 96.77 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Num. unique obs: 1554 / CC1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→38.79 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 36.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 2840 10.01 %
Rwork0.217 --
obs0.2225 28366 96.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→38.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 1461 8 0 3957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4965863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.661064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.770.43331460.33931288X-RAY DIFFRACTION96
2.77-2.820.39591480.33521311X-RAY DIFFRACTION99
2.82-2.870.34781350.32581274X-RAY DIFFRACTION99
2.87-2.930.38181550.32551321X-RAY DIFFRACTION99
2.93-30.3751460.34181304X-RAY DIFFRACTION99
3-3.070.45021410.32491288X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.140.33441370.31441239X-RAY DIFFRACTION96
3.14-3.230.38031400.29931302X-RAY DIFFRACTION95
3.23-3.320.33441460.28331267X-RAY DIFFRACTION95
3.32-3.430.31631280.29191177X-RAY DIFFRACTION93
3.43-3.550.40531370.27731266X-RAY DIFFRACTION95
3.55-3.690.32581130.2505995X-RAY DIFFRACTION74
3.7-3.860.32521430.24021295X-RAY DIFFRACTION99
3.86-4.070.29211500.22361336X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.320.24071440.20941274X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.650.25551440.19851322X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.120.22821510.19831332X-RAY DIFFRACTION100
5.12-5.860.24341430.18721296X-RAY DIFFRACTION100
5.86-7.370.26461510.19171336X-RAY DIFFRACTION100
7.38-38.790.19821420.15531303X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.384-0.3314-2.9794.961-2.04057.15190.0571-2.0538-1.2040.6266-0.0902-0.65640.0204-0.60080.14290.81630.06140.02891.73370.15070.6304-5.9477-21.840862.773
23.524-2.5488-0.55011.85231.0446.90851.22360.00090.3618-0.62570.4215-0.84570.06071.3138-0.96420.77080.05050.10561.24310.04270.9240.9888-24.124346.515
38.13241.2921-0.78646.2762-0.54475.5894-0.56891.87191.2527-1.32640.6579-0.351-0.79430.1519-0.38661.23060.13710.09060.8986-0.01320.7383-7.9127-19.764929.2578
48.2249-1.8994-1.09862.49860.88787.46161.91911.0418-0.3777-0.75410.3343-0.0896-0.137-0.8472-1.87971.4915-0.14520.09161.9892-0.03760.8292-1.5605-23.552214.2008
57.93242.3979-3.89162.26271.03914.660.14390.5555-0.53830.08360.3338-0.0223-0.23450.5354-0.40840.77730.1749-0.03490.6469-0.02670.6243-4.3554-23.887535.5556
62.88830.1272-4.00656.5738-0.49875.58060.54530.23932.15562.0853-0.489-0.4449-1.34590.5633-0.35421.042-0.1071-0.03172.06640.12491.08371.282-23.956467.4349
75.55610.8748-0.19432.44423.38735.26881.0749-0.6675-0.2829-1.8589-0.9573-1.0653-1.2665-1.67510.12371.0580.10580.1141.0111-0.05790.6729-8.7222-9.337451.3085
87.35231.3217-1.59236.8245-0.4546.79280.6574-0.2178-0.836-1.3145-0.4356-0.81181.05860.9403-0.16990.90430.17550.07071.1747-0.02940.5593-12.9478-21.342955.8685
94.16450.4616-2.93182.05710.20792.01630.4608-2.19120.41931.1525-0.6540.4021-0.6031-0.07910.10521.34530.02350.07541.7342-0.33691.0229-17.9874-12.141865.9314
102.5533-2.1386-2.45314.30171.08673.6210.4399-0.78690.3069-0.7771-0.4016-0.4420.3086-1.965-0.20530.5007-0.06370.09071.4216-0.22110.7691-17.9519-17.582554.7542
117.35125.4577-1.28896.211-2.48595.9031-0.9323.21830.6057-1.15331.8344-0.90950.78260.8361-0.60160.66250.0752-0.17030.9945-0.07940.5267-19.7727-26.014524.0658
126.7031-4.5164-0.63927.5796-1.22053.34370.92292.098-1.6402-2.1584-0.07270.16430.97290.3953-0.59690.7734-0.0410.00330.7906-0.27930.8593-9.5818-31.096129.7302
134.4814-0.43944.08290.0408-0.33883.77310.5128-0.7153-3.10641.084-0.24190.63650.6314-1.7050.53680.83130.44450.13511.0968-0.0581.3208-18.0789-36.077741.5005
144.5167-0.07880.01236.08182.02312.9768-0.2416-1.4668-1.16983.31040.12221.32430.9838-0.0474-0.08371.21710.0610.02940.610.06260.8513-18.2913-31.857837.0902
155.3718-3.58530.34995.1824-3.74054.50481.40860.8495-0.9702-0.22550.43820.20211.00830.3660.02310.72880.0852-0.13230.9342-0.64521.0384-11.4349-37.746223.9963
161.73241.5069-0.78732.6348-4.02319.0656-0.63150.08620.1393-0.91180.29370.2110.7633-1.0820.21751.16210.3046-0.20240.164-0.13810.63545.915516.050635.4934
172.5561.45331.91324.6913-1.62074.96920.17330.4385-0.870.87820.34080.19811.0222-0.4553-0.90240.82860.15470.02470.6096-0.03890.786512.81357.687633.8367
181.15380.61531.53595.5943-0.21732.9416-0.27981.14360.8876-1.87310.1559-2.297-0.8625-0.2804-0.12011.28160.34790.59491.32310.04881.2819.860711.629520.6729
195.43930.3241-0.81655.18663.43445.21840.42240.59640.0588-0.22020.4464-0.4714-0.29320.6795-0.65630.95280.0395-0.00131.06110.01910.813615.662410.415429.6882
205.7388-1.73160.46133.56682.6154.74460.416-0.54840.0159-0.3784-0.12770.13570.1838-0.3037-0.35730.48410.05450.02710.5256-0.00590.615-3.32860.37877.606
216.2897-1.50710.54996.3085-0.40974.06460.00331.56520.6918-2.26290.27570.4491-0.1183-0.1503-0.27721.0992-0.0909-0.09460.82880.140.9819-3.37037.0815-0.8551
223.1504-3.0580.93954.5122-0.31175.68640.9918-0.12390.2403-0.9304-0.32280.13431.11441.1495-0.36471.19680.02560.15720.8848-0.15070.74025.0018-4.4739-1.7219
230.5543-1.2323-0.47785.42734.36975.0193-0.0273-0.1535-0.33441.81221.3994-1.15211.70171.8345-1.01751.2180.1143-0.08951.2248-0.20940.86668.6456-7.623515.7614
242.90220.8182-0.84444.9015-2.54797.04450.0999-0.43380.42510.80230.73160.9321.241-0.305-0.68711.25010.1548-0.0110.9584-0.01430.80232.17922.954131.3687
259.9852-5.18629.04453.1669-4.5848.24910.9259-5.0827-1.38270.03641.5392-0.20270.1889-0.9265-2.18111.50540.0595-0.10071.7025-0.06151.01234.4933-2.731347.6251
269.0068-0.4816-0.73839.50665.78813.56171.0915-0.62890.4583-0.5946-0.5426-0.34280.219-2.9669-0.54221.22950.1308-0.11611.0247-0.18230.70078.83653.077442.3592
279.68052.8875.55161.73992.1093.39961.34310.8695-0.15270.03460.28120.00383.3191.2702-1.68041.54430.0699-0.02910.96380.04310.95821.2947-3.704426.054
283.63491.0095-1.65154.61675.04479.26470.1281.0951-0.07840.16320.8892-1.70321.1914-0.3357-1.05390.87930.06440.02080.8597-0.22270.887210.0499-2.81549.4773
294.3368-0.03342.69251.6610.68994.15470.7659-0.612-2.4883-1.46241.11270.79820.34490.29-0.54311.55780.1057-0.01611.9784-0.13331.21038.0442-12.0579-4.9065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 620 through 624 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 625 through 629 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 630 through 634 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 635 through 637 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 611 through 625 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 626 through 628 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 136 through 156 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 157 through 169 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 170 through 189 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 190 through 213 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 136 through 155 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 156 through 169 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 170 through 184 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 185 through 201 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 202 through 212 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 136 through 150 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 151 through 168 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 169 through 183 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 184 through 213 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 136 through 168 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 169 through 213 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'N' and (resid 620 through 624 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'N' and (resid 625 through 629 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'N' and (resid 630 through 634 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'N' and (resid 635 through 637 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'P' and (resid 611 through 615 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'P' and (resid 616 through 620 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'P' and (resid 621 through 625 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'P' and (resid 626 through 628 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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