PDB-7xva: Crystal structure of the Human TR4 Ligand Binding Domain in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xva

タイトル

Crystal structure of the Human TR4 Ligand Binding Domain in complex with the JAZF1 corepressor fragment

要素

Juxtaposed with another zinc finger protein 1
Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2

キーワード

TRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Corepressor / Transcriptional regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / fibrillar center / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.856 Å

データ登録者

Liu, Y. / Chen, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structures of human TR4LBD-JAZF1 and TR4DBD-DNA complexes reveal the molecular basis of transcriptional regulation.
著者: Liu, Y. / Ma, L. / Li, M. / Tian, Z. / Yang, M. / Wu, X. / Wang, X. / Shang, G. / Xie, M. / Chen, Y. / Liu, X. / Jiang, L. / Wu, W. / Xu, C. / Xia, L. / Li, G. / Dai, S. / Chen, Z.

履歴

登録	2022年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xva.cif.gz	68.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xva.ent.gz	46 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xv6C 7xv8C 7xv9C 3p0uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2

B: Juxtaposed with another zinc finger protein 1

31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2

B: Juxtaposed with another zinc finger protein 1

A: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2

B: Juxtaposed with another zinc finger protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.851, 76.851, 98.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2 / Orphan nuclear receptor TAK1 / Orphan nuclear receptor TR4 / Testicular receptor 4 分子量: 28913.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR2C2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P49116
#2: タンパク質・ペプチド	Juxtaposed with another zinc finger protein 1 分子量: 2978.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAZF1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C9JGY8
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, sodium acetate, MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.856→50 Å / Num. obs: 25132 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 36
反射シェル	解像度: 1.856→1.9 Å / Num. unique obs: 22758 / CC_1/2: 0.996

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P0U

3p0u

解像度: 1.856→28.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.213 / WR_factor R_work: 0.191 / SU B: 2.955 / SU ML: 0.086 / Average fsc free: 0.9264 / Average fsc work: 0.9315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1248	5.2 %
R_work	0.1965	22753	-
all	0.198	-	-
obs	-	24001	93.747 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.405 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.856→28.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1886	0	0	119	2005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.638	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.429	1.566	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.947	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.434	22.824	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.117	15	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.073	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.356	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.035	2.057	981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.034	2.058	981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.184	3.038	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.183	3.041	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.724	2.138	941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.721	2.138	941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.204	3.114	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.203	3.116	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.799	23.497	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.662	23.358	2207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.856-1.904	0.339	49	0.32	894	X-RAY DIFFRACTION	50.8082
1.904-1.956	0.283	60	0.287	1478	X-RAY DIFFRACTION	85.3496
1.956-2.013	0.254	71	0.26	1602	X-RAY DIFFRACTION	94.5198
2.013-2.075	0.288	91	0.222	1570	X-RAY DIFFRACTION	97.4194
2.075-2.143	0.243	96	0.21	1531	X-RAY DIFFRACTION	98.2488
2.143-2.218	0.238	81	0.194	1507	X-RAY DIFFRACTION	98.6948
2.218-2.302	0.208	83	0.2	1445	X-RAY DIFFRACTION	98.4536
2.302-2.396	0.214	69	0.18	1417	X-RAY DIFFRACTION	98.6065
2.396-2.502	0.202	80	0.178	1353	X-RAY DIFFRACTION	99.101
2.502-2.624	0.246	78	0.182	1273	X-RAY DIFFRACTION	98.9019
2.624-2.766	0.215	59	0.177	1263	X-RAY DIFFRACTION	98.9521
2.766-2.933	0.179	59	0.18	1175	X-RAY DIFFRACTION	99.1961
2.933-3.136	0.2	53	0.173	1124	X-RAY DIFFRACTION	99.2411
3.136-3.386	0.225	69	0.177	1028	X-RAY DIFFRACTION	99.3659
3.386-3.709	0.196	63	0.18	956	X-RAY DIFFRACTION	99.4146
3.709-4.145	0.187	57	0.168	879	X-RAY DIFFRACTION	99.4687
4.145-4.784	0.186	48	0.163	786	X-RAY DIFFRACTION	99.7608
4.784-5.854	0.251	44	0.225	664	X-RAY DIFFRACTION	98.1969
5.854-8.255	0.23	20	0.255	505	X-RAY DIFFRACTION	90.5172
7.255-9.851	0.192	18	0.219	303	X-RAY DIFFRACTION	89.415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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