PDB-7xv9: Crystal structure of the Human TR4 DNA-Binding Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xv9

タイトル

Crystal structure of the Human TR4 DNA-Binding Domain

要素

Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Nuclear receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Liu, Y. / Chen, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structures of human TR4LBD-JAZF1 and TR4DBD-DNA complexes reveal the molecular basis of transcriptional regulation.
著者: Liu, Y. / Ma, L. / Li, M. / Tian, Z. / Yang, M. / Wu, X. / Wang, X. / Shang, G. / Xie, M. / Chen, Y. / Liu, X. / Jiang, L. / Wu, W. / Xu, C. / Xia, L. / Li, G. / Dai, S. / Chen, Z.

履歴

登録	2022年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xv9.cif.gz	50.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xv9.ent.gz	32.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xv9_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xv9_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7xv9_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	7xv9_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xv6C 7xv8C 7xvaC 3dzuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2

B: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2

ヘテロ分子

18.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.229, 32.229, 128.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2 / Orphan nuclear receptor TAK1 / Orphan nuclear receptor TR4 / Testicular receptor 4 分子量: 9187.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR2C2, TAK1, TR4 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P49116
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.599→50 Å / Num. obs: 17222 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.9957 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 1.599→1.64 Å / Num. unique obs: 15147 / CC_1/2: 0.933

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DZU

3dzu

解像度: 1.599→32.031 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.791 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	860	5.398 %
R_work	0.1764	15071	-
all	0.177	-	-
obs	-	15931	92.515 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.599→32.031 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1183	0	4	132	1319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.761	1.638	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.574	1.586	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.741	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.006	21.034	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.731	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.423	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.683	1.593	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.685	1.59	641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.475	2.378	800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.474	2.381	801
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.715	1.911	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.708	1.911	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.192	2.734	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.192	2.737	814
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.352	19.024	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.332	18.795	1336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.599-1.64	0.104	25	0.2	602	X-RAY DIFFRACTION	49.0227
1.64-1.685	0.253	41	0.22	755	X-RAY DIFFRACTION	63.3254
1.685-1.734	0.275	31	0.208	999	X-RAY DIFFRACTION	88.0342
1.734-1.787	0.232	77	0.208	1092	X-RAY DIFFRACTION	97.9062
1.787-1.845	0.195	62	0.179	1049	X-RAY DIFFRACTION	99.7307
1.845-1.91	0.221	58	0.173	1050	X-RAY DIFFRACTION	99.8198
1.91-1.982	0.216	98	0.174	955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.062	0.132	43	0.166	970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.062-2.154	0.209	60	0.157	918	X-RAY DIFFRACTION	99.8979
2.154-2.258	0.16	41	0.161	873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.258-2.38	0.194	48	0.149	837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.523	0.154	46	0.158	809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.523-2.696	0.147	45	0.19	752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.91	0.229	40	0.192	686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.186	0.168	42	0.182	635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.186-3.557	0.192	27	0.156	598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.557-4.099	0.115	30	0.16	513	X-RAY DIFFRACTION	99.8162
4.099-5	0.147	24	0.159	424	X-RAY DIFFRACTION	100
5-6.988	0.225	16	0.198	346	X-RAY DIFFRACTION	100
6.988-7.229	0.11	6	0.261	208	X-RAY DIFFRACTION	98.1651

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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