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- PDB-7xv8: Crystal structure of the Human TR4 DNA-Binding Domain Homodimer B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xv8
タイトルCrystal structure of the Human TR4 DNA-Binding Domain Homodimer Bound to DR1 Response Element
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
  • Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Transcriptional regulation / DNA BINDING / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation ...positive regulation of embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.199 Å
データ登録者Liu, Y. / Chen, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structures of human TR4LBD-JAZF1 and TR4DBD-DNA complexes reveal the molecular basis of transcriptional regulation.
著者: Liu, Y. / Ma, L. / Li, M. / Tian, Z. / Yang, M. / Wu, X. / Wang, X. / Shang, G. / Xie, M. / Chen, Y. / Liu, X. / Jiang, L. / Wu, W. / Xu, C. / Xia, L. / Li, G. / Dai, S. / Chen, Z.
履歴
登録2022年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2
B: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0188
ポリマ－28,7564
非ポリマー2624
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.874, 51.874, 241.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2 / Orphan nuclear receptor TAK1 / Orphan nuclear receptor TR4 / Testicular receptor 4


分子量: 8861.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR2C2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P49116
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 5614.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 5418.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium citrate, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.199→50 Å / Num. obs: 5486 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.199→3.28 Å / Num. unique obs: 4919 / CC1/2: 0.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DZU

3dzu


解像度: 3.199→47.708 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.861 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.192 / SU B: 18.716 / SU ML: 0.325 / Average fsc free: 0.931 / Average fsc work: 0.9401 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.516 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 269 5.166 %
Rwork0.213 4938 -
all0.215 --
obs-5207 86.209 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.038 Å20 Å20 Å2
2---0.038 Å20 Å2
3---0.075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.199→47.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 726 0 59 1809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0121846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0191222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.4142635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.542.0552820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9955151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51421.05338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18215142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.609156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2170.21199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2040.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1270.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2940.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3020.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7246.297608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7056.293607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2729.438757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.2739.444758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4926.1071238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4826.1051237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7869.1171878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7869.1171878
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.07265.2052259
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.07465.1982258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.199-3.2820.273170.226263X-RAY DIFFRACTION64.0732
3.282-3.3720.14780.205286X-RAY DIFFRACTION74.2424
3.372-3.4690.242160.193310X-RAY DIFFRACTION76.8868
3.469-3.5750.239120.204309X-RAY DIFFRACTION84.0314
3.575-3.6920.203180.206309X-RAY DIFFRACTION81.1414
3.692-3.8210.242200.181291X-RAY DIFFRACTION86.1496
3.821-3.9650.259150.189310X-RAY DIFFRACTION89.5317
3.965-4.1260.254190.156285X-RAY DIFFRACTION86.3636
4.126-4.3090.179150.154301X-RAY DIFFRACTION89.7727
4.309-4.5180.213200.176253X-RAY DIFFRACTION92.5424
4.518-4.7610.194150.172276X-RAY DIFFRACTION89.8148
4.761-5.0480.306130.178258X-RAY DIFFRACTION91.5541
5.048-5.3930.18100.196242X-RAY DIFFRACTION91.3044
5.393-5.8220.309140.222246X-RAY DIFFRACTION94.8905
5.822-6.3710.34120.209224X-RAY DIFFRACTION97.1193
6.371-7.1140.34590.225206X-RAY DIFFRACTION96.4126
7.114-8.1950.268160.212185X-RAY DIFFRACTION96.6346
7.195-8.9910.24570.19160X-RAY DIFFRACTION93.2961
7.991-9.940.14460.252135X-RAY DIFFRACTION94.6309
7.994-9.9760.41870.70489X-RAY DIFFRACTION93.2039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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