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- PDB-7xtx: High resolution crystal structure of human macrophage migration i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xtx
タイトルHigh resolution crystal structure of human macrophage migration inhibitory factor in complex with methotrexate
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードCYTOKINE/INHIBITOR / methotrexate / cytokine-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonate secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonate secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of protein metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-MT1 / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Sugishima, K. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M. / Matsumura, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K07011 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of methotrexate as an inhibitor of macrophage migration inhibitory factor by high-resolution crystal structure analysis
著者: Sugishima, K. / Kariya, Y. / Ezawa, T. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Shigeta, Y. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M. / Wakui, H. / Matsumura, H.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,76822
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,70319
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.520, 68.284, 88.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase

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非ポリマー , 5種, 347分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-MT1 / N-(4-{[(2,4-DIAMINOPTERIDIN-1-IUM-6-YL)METHYL](METHYL)AMINO}BENZOYL)-L-GLUTAMIC ACID / METHOTREXATE PROTONATED AT N1


分子量: 455.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 4 % isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 104194 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 14.82 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.28→1.33 Å / Num. unique obs: 10126 / CC1/2: 0.73 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J7Q

5j7q


解像度: 1.28→34.14 Å / SU ML: 0.1219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.3821 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 5339 5.13 %
Rwork0.17 98770 -
obs0.1709 104109 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→34.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 109 328 3038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80143967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0875429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3731629
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.28-1.290.27011630.27212849X-RAY DIFFRACTION85.91
1.29-1.310.27811780.24643210X-RAY DIFFRACTION97.89
1.31-1.320.25391810.23683316X-RAY DIFFRACTION99.29
1.32-1.340.24261780.23583297X-RAY DIFFRACTION99.37
1.34-1.360.22271520.22053310X-RAY DIFFRACTION99.23
1.36-1.380.21521710.20973287X-RAY DIFFRACTION98.77
1.38-1.40.23471920.20963281X-RAY DIFFRACTION99.09
1.4-1.420.24121610.19993299X-RAY DIFFRACTION98.89
1.42-1.440.1951850.19443271X-RAY DIFFRACTION98.63
1.44-1.460.2341680.18593288X-RAY DIFFRACTION98.83
1.46-1.490.19151480.17823301X-RAY DIFFRACTION98.26
1.49-1.520.16851910.17273270X-RAY DIFFRACTION98.13
1.52-1.540.20061960.16673249X-RAY DIFFRACTION98.26
1.54-1.580.17881750.17073284X-RAY DIFFRACTION97.91
1.58-1.610.16961940.16543279X-RAY DIFFRACTION98.83
1.61-1.650.19161690.15723275X-RAY DIFFRACTION98.29
1.65-1.690.16831820.15523298X-RAY DIFFRACTION98.36
1.69-1.740.15581750.163280X-RAY DIFFRACTION98.04
1.74-1.790.20871930.15653232X-RAY DIFFRACTION97.69
1.79-1.840.18831930.16123279X-RAY DIFFRACTION97.75
1.84-1.910.16161720.15643280X-RAY DIFFRACTION97.79
1.91-1.990.1642170.15893237X-RAY DIFFRACTION97.76
1.99-2.080.17791780.1593291X-RAY DIFFRACTION97.61
2.08-2.190.17281860.15763303X-RAY DIFFRACTION97.79
2.19-2.320.15531400.1583348X-RAY DIFFRACTION98.06
2.32-2.50.19081750.17583358X-RAY DIFFRACTION99.05
2.5-2.750.20271790.17943390X-RAY DIFFRACTION99.69
2.75-3.150.2071800.17893425X-RAY DIFFRACTION99.97
3.15-3.970.16581890.15763469X-RAY DIFFRACTION99.95
3.97-34.140.20041780.16493514X-RAY DIFFRACTION97.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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