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- PDB-7xrk: Diol dehydratase complexed with AdoMeCbl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrk
タイトルDiol dehydratase complexed with AdoMeCbl
要素(Diol dehydrase ...) x 3
キーワードLYASE / Adenosylcobalamin / Radical enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor / Dehydratase medium subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Chem-FWK / : / Diol dehydrase alpha subunit / Diol dehydrase beta subunit / Diol dehydrase gamma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shibata, N. / Toraya, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into the Very Low Activity of the Homocoenzyme B 12 Adenosylmethylcobalamin in Coenzyme B 12 -Dependent Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-Lyase.
著者: Shibata, N. / Higuchi, Y. / Krautler, B. / Toraya, T.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diol dehydrase alpha subunit
B: Diol dehydrase beta subunit
C: Diol dehydrase gamma subunit
D: Diol dehydrase alpha subunit
E: Diol dehydrase beta subunit
F: Diol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,83714
ポリマ－195,4876
非ポリマー3,3508
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28420 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area53250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.313, 111.564, 197.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Diol dehydrase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Diol dehydrase alpha subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase large subunit


分子量: 60410.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddA, pduC, AB185_12495, SAMEA2273575_05741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59470, propanediol dehydratase
#2: タンパク質 Diol dehydrase beta subunit


分子量: 21721.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59471, propanediol dehydratase
#3: タンパク質 Diol dehydrase gamma subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase small subunit


分子量: 15611.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア)
遺伝子: pddC, pduE, pduE_1, AB185_12485, SAMEA2273639_01293, SAMEA2273697_01477
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59472, propanediol dehydratase

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非ポリマー , 5種, 416分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-FWK / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-ethyl-oxolane-3,4-diol


分子量: 265.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% (w/v) PEG6000, 50 mM HEPES pH 8.0, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46 Å / Num. obs: 71587 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 21.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 16.33
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 3279 / CC1/2: 0.839 / Rrim(I) all: 0.556 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IWB

1iwb


解像度: 2.3→45.07 Å / SU ML: 0.1984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3074
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1990 2.79 %
Rwork0.1651 69454 -
obs0.1667 71444 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13310 0 224 408 13942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004213776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.948518736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04652114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00552466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.16712007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.350.27721330.21194560X-RAY DIFFRACTION92.75
2.35-2.420.25571420.19424943X-RAY DIFFRACTION99.67
2.42-2.490.2711400.18234915X-RAY DIFFRACTION99.84
2.49-2.570.27771420.17364915X-RAY DIFFRACTION99.94
2.57-2.660.22291410.17414943X-RAY DIFFRACTION99.88
2.66-2.770.26391410.17164948X-RAY DIFFRACTION99.96
2.77-2.890.26411420.16844937X-RAY DIFFRACTION99.84
2.89-3.050.23421420.15974949X-RAY DIFFRACTION99.94
3.05-3.240.21721420.15674966X-RAY DIFFRACTION99.96
3.24-3.490.18711430.1554996X-RAY DIFFRACTION99.92
3.49-3.840.18211420.14175000X-RAY DIFFRACTION99.92
3.84-4.390.19551420.14065011X-RAY DIFFRACTION99.94
4.39-5.530.2121470.16125106X-RAY DIFFRACTION99.89
5.54-45.070.241510.18795265X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.213319680660.02280216686290.01055356697220.34345361071-0.08099695220320.697400795813-0.003603929513250.04057506063430.0234799812827-0.01924592913830.01240260715370.00127397276013-0.02195942316580.00693895454505-0.008404647208180.0827514142932-0.00293937581127-0.003520569777420.09980815759690.001586587391680.10368959465935.1113061048-2.27738281678-35.078678567
21.09964548801-0.1512499738590.02665176487851.07379729338-0.09313868228021.10461236051-0.09420037185270.05609216170380.104683527778-0.06048693527450.03057857630220.1312231178240.001491014351050.01665702841580.05923911663540.156451192149-0.0246616725321-0.01629438287310.1567762811450.02493862085360.2508169025048.7622356711116.0868102315-42.6156163961
31.193765230510.109895729008-0.1706956944530.7376127269610.06046078226931.08567660782-0.03076954159810.235922477421-0.0182286799789-0.1848156739750.0487086992198-0.0433019884101-0.00460568949317-0.0869375390288-0.006536051255030.17256097580.00544966629638-0.004682572454220.1509172697870.00366401686520.13167849513933.4852999938-13.4816027426-56.7603680034
40.397092275-0.05372599684210.1715903634570.517419475436-0.1481346192711.04767297246-0.0547631430256-0.1232367508620.02172224302590.1295507806080.07248082649830.0293718857019-0.0816139488215-0.120956320801-0.01262307107680.1488108939460.01911228348-0.006346512783680.1448704806820.004447652554210.13677185681236.695876692-2.790303061254.17854339914
50.9607227761320.259761407644-0.1731292996931.094454767020.3978458754741.39032942276-0.100311401213-0.02157311260960.14640402201-0.06583995666380.122495261074-0.040369821112-0.2795127881520.304808667338-0.01289175129690.342531299293-0.068643340687-0.01961412708110.3167778395230.01180545143470.20034567773461.812759143916.942435879512.6935627061
60.980720424578-0.0125952722630.229141864531.00998333413-0.1476273347381.3349775422-0.0236010597949-0.342764116675-0.002887125585410.2328603579190.110134251170.1256191114660.0938030107637-0.272569010597-0.05777645169480.247257805180.000477315902019-0.006057476003540.3066494250630.05513325284090.16445569678138.5950760295-14.473627551625.7330846703
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A'AA - C2 - 16031
22chain 'B'BD - E46 - 16011
33chain 'C'CF38 - 1731 - 136
44chain 'D'DG - I1 - 16031
55chain 'E'EJ - K46 - 16011
66chain 'F'FL38 - 1721 - 135

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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