PDB-7xrl: Diol dehydratase complexed with AdoMeCbl and 1,2-propanediol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xrl

タイトル

Diol dehydratase complexed with AdoMeCbl and 1,2-propanediol

要素

(Diol dehydrase ...) x 3

キーワード

LYASE / Adenosylcobalamin / Radical enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Shibata, N. / Toraya, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into the Very Low Activity of the Homocoenzyme B 12 Adenosylmethylcobalamin in Coenzyme B 12 -Dependent Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-Lyase.
著者: Shibata, N. / Higuchi, Y. / Krautler, B. / Toraya, T.

履歴

登録	2022年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xrl.cif.gz	862.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xrl.ent.gz	580 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xrl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xrl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xrkC 7xrmC 7xrnC 1iwbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Diol dehydrase alpha subunit

B: Diol dehydrase beta subunit

C: Diol dehydrase gamma subunit

D: Diol dehydrase alpha subunit

E: Diol dehydrase beta subunit

F: Diol dehydrase gamma subunit

ヘテロ分子

199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.718, 117.246, 201.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
Diol dehydrase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質	Diol dehydrase alpha subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase large subunit 分子量: 60408.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddA, pduC, AB185_12495, SAMEA2273575_05741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59470, propanediol dehydratase
#2: タンパク質	Diol dehydrase beta subunit 分子量: 21721.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59471, propanediol dehydratase
#3: タンパク質	Diol dehydrase gamma subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase small subunit 分子量: 15611.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) 遺伝子: pddC, pduE, pduE_1, AB185_12485, SAMEA2273639_01293, SAMEA2273697_01477 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59472, propanediol dehydratase

-
非ポリマー , 7種, 1581分子

#4: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#8: 化合物	ChemComp-FWK / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-ethyl-oxolane-3,4-diol 分子量: 265.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% (w/v) PEG6000, 50 mM HEPES pH 8.0, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46 Å / Num. obs: 176732 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.97 % / B_iso Wilson estimate: 15.28 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_rim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 8717 / CC_1/2: 0.498 / R_rim(I) all: 0.782 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IWB

1iwb

解像度: 1.75→45.72 Å / SU ML: 0.2107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.4313
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	4910	2.78 %
R_work	0.167	171705	-
obs	0.1681	176615	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13335	0	236	1569	15140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	13883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0361	18898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0522	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	2487
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5789	5289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3387	160	0.3044	5587	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.77-1.79	0.3298	162	0.2933	5673	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.79-1.81	0.3261	162	0.293	5645	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.81-1.83	0.2898	163	0.2752	5695	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.83-1.86	0.3421	161	0.2679	5628	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.86-1.88	0.2953	163	0.2575	5715	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.88-1.91	0.3127	162	0.2439	5626	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.91-1.94	0.2704	163	0.2317	5706	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.94-1.97	0.2795	162	0.2217	5677	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.97-2	0.2475	162	0.2145	5684	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2-2.04	0.2597	162	0.2005	5672	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.04-2.07	0.2398	162	0.188	5662	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.07-2.11	0.2241	163	0.1803	5710	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.16	0.2348	162	0.1617	5682	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.16-2.2	0.1904	165	0.1569	5702	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.2-2.25	0.2211	161	0.1579	5693	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.25-2.31	0.1895	165	0.1542	5725	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.31-2.37	0.2016	156	0.1503	5684	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.37-2.44	0.1946	175	0.151	5718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.52	0.2028	156	0.149	5723	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.52-2.61	0.1955	156	0.1438	5720	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.61-2.72	0.1892	176	0.144	5746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.72-2.84	0.1735	170	0.147	5733	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.84-2.99	0.1907	155	0.1492	5730	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.99-3.18	0.1979	162	0.1531	5773	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.18-3.42	0.1796	173	0.1486	5769	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.42-3.76	0.1562	164	0.1326	5808	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.76-4.31	0.1356	165	0.1222	5843	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-5.43	0.1683	170	0.132	5868	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.43-45.72	0.1907	172	0.1559	6108	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.258858012391	0.00171102290748	0.0199301711629	0.269074498187	0.0901250248171	0.412307837378	-0.0165074920304	-0.0156705636854	0.0113304883602	-0.00319871223	-0.00296438156429	0.0111160535433	-0.0230263535407	-0.000367805776973	0.0185782148586	0.0655092554382	-0.00626432753924	-0.00731000603965	0.0598083610765	0.00445257227231	0.0898430722221	0.264447236	-3.97793276453	36.4092441494
2	1.51451552175	0.16845867323	0.125348235541	1.07199391011	0.271278759791	1.12784099367	-0.107939705253	-0.108665113453	0.254699145926	0.00786502940909	0.059487652105	-0.0137287802365	-0.0154995485361	0.0493030939271	0.0235515163328	0.12983346599	-0.0200926802403	-0.0155132853345	0.148666072131	-0.0184638850686	0.188064696765	27.3099651828	14.0165569004	44.6145360749
3	1.11488355295	-0.113914204944	0.0334810648083	0.472291046733	-0.000716506246708	0.589660513156	-0.0120515580915	-0.202486897182	-0.0775022556301	0.147091836554	0.00784138738009	0.0425951633131	-0.0114268670985	-0.0252085610896	0.002562934098	0.179124651665	-0.0126873011279	0.00302768114831	0.149140793153	0.0340946045078	0.131563679159	1.25270617381	-15.9873836853	57.5872956741
4	0.438244902362	0.166157523082	0.414333921274	0.406343777567	0.301365804301	1.32731212299	-0.0920462778871	0.21007304832	0.0304746721631	-0.139903241288	0.0538330379455	0.000676359595054	-0.201210877514	0.187016227186	0.0113575159998	0.139194420553	-0.039484699344	-0.0122045108436	0.137959263342	0.0297172093768	0.103451849333	-0.644081102224	-2.69558489619	-2.83003511344
5	0.904615755587	0.0153411928199	-0.0686333316162	0.894884687863	-0.449126622292	1.0213383301	-0.197818893613	0.366352058792	0.385955811854	-0.558957914765	0.159933983228	0.290735287412	-1.27844698591	-0.662234235421	-0.106714964624	1.29827073039	0.356178339212	-0.242201662986	0.50598074387	0.118437518625	0.384223113984	-25.492150344	18.0570431681	-10.2689540342
6	1.04360363633	0.0641389279821	0.115503750709	0.563629989393	0.125254294323	1.19965545763	-0.0602544385392	0.420707759496	-0.0650166281307	-0.1408671319	0.0863700342356	-0.0585091519074	-0.0818288440578	0.221772184188	0.0453534992394	0.192676648807	-0.0392972608557	0.00785361647037	0.324421404967	-0.0311062908763	0.120888561532	-2.77991604357	-13.2943034954	-24.8278769446

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 1 through 552)	A	A - B	1 - 552	1
2	2	(chain 'B' and resid 46 through 224)	B	F - G	46 - 224	1
3	3	(chain 'C' and resid 38 through 173)	C	H	38 - 173	1 - 136
4	4	(chain 'D' and resid 1 through 554)	D	I - J	1 - 554	1
5	5	(chain 'E' and resid 46 through 223)	E	N - O	46 - 223	1
6	6	(chain 'F' and resid 38 through 173)	F	P	38 - 173	1 - 136

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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