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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xrl | ||||||
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Title | Diol dehydratase complexed with AdoMeCbl and 1,2-propanediol | ||||||
![]() | (Diol dehydrase ...) x 3 | ||||||
![]() | LYASE / Adenosylcobalamin / Radical enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shibata, N. / Toraya, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural Insights into the Very Low Activity of the Homocoenzyme B 12 Adenosylmethylcobalamin in Coenzyme B 12 -Dependent Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-Lyase. Authors: Shibata, N. / Higuchi, Y. / Krautler, B. / Toraya, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 862.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 580 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 77.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 114.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xrkC ![]() 7xrmC ![]() 7xrnC ![]() 1iwbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Diol dehydrase ... , 3 types, 6 molecules ADBECF
#1: Protein | Mass: 60408.133 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 21721.887 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 15611.735 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: pddC, pduE, pduE_1, AB185_12485, SAMEA2273639_01293, SAMEA2273697_01477 Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 1581 molecules ![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/FWK.gif)
![](data/chem/img/B12.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/FWK.gif)
![](data/chem/img/B12.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 25% (w/v) PEG6000, 50 mM HEPES pH 8.0, 0.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→46 Å / Num. obs: 176732 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.97 % / Biso Wilson estimate: 15.28 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 8717 / CC1/2: 0.498 / Rrim(I) all: 0.782 / % possible all: 99.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1IWB Resolution: 1.75→45.72 Å / SU ML: 0.2107 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.4313 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→45.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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