PDB-7xqa: Orf1-glycine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xqa

タイトル

Orf1-glycine complex

要素

(N-formimidoyl fortimicin A synthase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glycine complex cysteine-adduct

機能・相同性

FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / cytoplasm / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / GLYCINE / N-formimidoyl fortimicin A synthase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces luteocolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Wang, Y.L. / Li, T.L.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: N-Formimidoylation/-iminoacetylation modification in aminoglycosides requires FAD-dependent and ligand-protein NOS bridge dual chemistry.
著者: Wang, Y.L. / Chang, C.Y. / Hsu, N.S. / Lo, I.W. / Lin, K.H. / Chen, C.L. / Chang, C.F. / Wang, Z.C. / Ogasawara, Y. / Dairi, T. / Maruyama, C. / Hamano, Y. / Li, T.L.

履歴

登録	2022年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xqa.cif.gz	832.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xqa.ent.gz	656.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xx0C 7xxcC 7xxdC 7xxmC 7xxpC 7xxrC 7xyeC 7xylC 7y0xC 7ypuC 7ypvC 8griC 1ng3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-formimidoyl fortimicin A synthase

B: N-formimidoyl fortimicin A synthase

C: N-formimidoyl fortimicin A synthase

D: N-formimidoyl fortimicin A synthase

E: N-formimidoyl fortimicin A synthase

F: N-formimidoyl fortimicin A synthase

G: N-formimidoyl fortimicin A synthase

H: N-formimidoyl fortimicin A synthase

ヘテロ分子

448 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-formimidoyl fortimicin A synthase

B: N-formimidoyl fortimicin A synthase

C: N-formimidoyl fortimicin A synthase

D: N-formimidoyl fortimicin A synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, tetramer
224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: N-formimidoyl fortimicin A synthase

F: N-formimidoyl fortimicin A synthase

G: N-formimidoyl fortimicin A synthase

H: N-formimidoyl fortimicin A synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
224 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.386, 107.803, 134.754
Angle α, β, γ (deg.)	89.853, 89.989, 83.575
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	HIS	HIS	A	A	10 - 491	31 - 512
2	2	1	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
3	3	2	GLN	GLN	HIS	HIS	A	A	10 - 491	31 - 512
4	4	2	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
5	5	3	VAL	VAL	TRP	TRP	A	A	13 - 490	34 - 511
6	6	3	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
7	7	4	GLN	GLN	HIS	HIS	A	A	10 - 491	31 - 512
8	8	4	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
9	9	5	GLN	GLN	HIS	HIS	A	A	10 - 491	31 - 512
10	10	5	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
11	11	6	GLN	GLN	HIS	HIS	A	A	10 - 491	31 - 512
12	12	6	GLN	GLN	HIS	HIS	G	G	10 - 491	31 - 512
13	13	7	VAL	VAL	PHE	PHE	A	A	13 - 279	34 - 300
14	14	7	VAL	VAL	ALA	ALA	H	H	13 - 280	34 - 301
15	15	8	GLY	GLY	TRP	TRP	A	A	282 - 490	303 - 511
16	16	8	GQI	GQI	GQI	GQI	H	H	492	302
17	17	9	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
18	18	9	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
19	19	10	VAL	VAL	TRP	TRP	B	B	13 - 490	34 - 511
20	20	10	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
21	21	11	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
22	22	11	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
23	23	12	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
24	24	12	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
25	25	13	GLN	GLN	HIS	HIS	B	B	10 - 491	31 - 512
26	26	13	GLN	GLN	HIS	HIS	G	G	10 - 491	31 - 512
27	27	14	VAL	VAL	PHE	PHE	B	B	13 - 279	34 - 300
28	28	14	VAL	VAL	ALA	ALA	H	H	13 - 280	34 - 301
29	29	15	GLY	GLY	TRP	TRP	B	B	282 - 490	303 - 511
30	30	15	GQI	GQI	GQI	GQI	H	H	492	302
31	31	16	VAL	VAL	TRP	TRP	C	C	13 - 490	34 - 511
32	32	16	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
33	33	17	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
34	34	17	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
35	35	18	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
36	36	18	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
37	37	19	GLN	GLN	HIS	HIS	C	C	10 - 491	31 - 512
38	38	19	GLN	GLN	HIS	HIS	G	G	10 - 491	31 - 512
39	39	20	VAL	VAL	PHE	PHE	C	C	13 - 279	34 - 300
40	40	20	VAL	VAL	ALA	ALA	H	H	13 - 280	34 - 301
41	41	21	GLY	GLY	TRP	TRP	C	C	282 - 490	303 - 511
42	42	21	GQI	GQI	GQI	GQI	H	H	492	302
43	43	22	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
44	44	22	VAL	VAL	TRP	TRP	E	E	13 - 490	34 - 511
45	45	23	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
46	46	23	VAL	VAL	TRP	TRP	F	F	13 - 490	34 - 511
47	47	24	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	13 - 490	34 - 511
48	48	24	VAL	VAL	TRP	TRP	G	G	13 - 490	34 - 511
49	49	25	VAL	VAL	PHE	PHE	D	D	13 - 279	34 - 300
50	50	25	VAL	VAL	ALA	ALA	H	H	13 - 280	34 - 301
51	51	26	GLY	GLY	TRP	TRP	D	D	282 - 490	303 - 511
52	52	26	GQI	GQI	GQI	GQI	H	H	492	302
53	53	27	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
54	54	27	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
55	55	28	GLN	GLN	HIS	HIS	E	E	10 - 491	31 - 512
56	56	28	GLN	GLN	HIS	HIS	G	G	10 - 491	31 - 512
57	57	29	VAL	VAL	PHE	PHE	E	E	13 - 279	34 - 300
58	58	29	VAL	VAL	ALA	ALA	H	H	13 - 280	34 - 301
59	59	30	GLY	GLY	TRP	TRP	E	E	282 - 490	303 - 511
60	60	30	GQI	GQI	GQI	GQI	H	H	492	302
61	61	31	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	10 - 491	31 - 512
62	62	31	GLN	GLN	HIS	HIS	G	G	10 - 491	31 - 512
63	63	32	VAL	VAL	PHE	PHE	F	F	13 - 279	34 - 300
64	64	32	VAL	VAL	ALA	ALA	H	H	13 - 280	34 - 301
65	65	33	GLY	GLY	TRP	TRP	F	F	282 - 490	303 - 511
66	66	33	GQI	GQI	GQI	GQI	H	H	492	302
67	67	34	VAL	VAL	PHE	PHE	G	G	13 - 279	34 - 300
68	68	34	VAL	VAL	ALA	ALA	H	H	13 - 280	34 - 301
69	69	35	GLY	GLY	TRP	TRP	G	G	282 - 490	303 - 511
70	70	35	GQI	GQI	GQI	GQI	H	H	492	302

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60
31	Local NCS retraints between domains: 61 62
32	Local NCS retraints between domains: 63 64
33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70

#1: タンパク質	N-formimidoyl fortimicin A synthase 分子量: 55052.918 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces luteocolor (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125SZC1
#2: タンパク質	N-formimidoyl fortimicin A synthase 分子量: 55139.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces luteocolor (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125SZC1
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 0.2 M KBr, 8 % PEG 550 MME and 8 % PEG 20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 424903 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 0.936 / Net I/σ(I): 35.8 / Num. measured all: 2253992

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.3 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.93-2	0.28	5.9	41887	0.962	0.135	0.311	0.928	96.5
2-2.08	0.212		42019	0.974	0.102	0.236	0.974	96.9
2.08-2.17	0.158		42175	0.985	0.076	0.175	0.996	97.2
2.17-2.29	0.118		42294	0.99	0.057	0.131	1.014	97.4
2.29-2.43	0.09		42382	0.993	0.043	0.1	1.01	97.7
2.43-2.62	0.069		42554	0.996	0.034	0.077	1.009	98
2.62-2.88	0.053		42663	0.997	0.026	0.059	0.98	98.3
2.88-3.3	0.04		42787	0.998	0.02	0.045	0.925	98.7
3.3-4.15	0.032		43030	0.998	0.016	0.036	0.841	99
4.15-30	0.028		43112	0.998	0.014	0.031	0.681	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ng3

1ng3

解像度: 1.93→29.718 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.211 / WR_factor R_work: 0.195 / SU B: 2.876 / SU ML: 0.082 / Average fsc free: 0.9294 / Average fsc work: 0.9354 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	21320	5.018 %
R_work	0.1921	403562	-
all	0.193	-	-
obs	-	424882	97.733 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.627 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.079 Å²	-0.071 Å²	0 Å²
2-	-	0.017 Å²	-0.058 Å²
3-	-	-	-0.112 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→29.718 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29178	0	486	3122	32786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	30413
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	28306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.638	41513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.308	1.574	64943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.711	5	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.737	20.547	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.981	15	4558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.642	15	281
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	34910
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6932
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	27241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	14649
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	14058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.1	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.569	2.351	15442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.569	2.351	15440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.446	3.517	19278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.446	3.517	19278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.025	2.599	14971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.024	2.599	14971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.274	3.798	22235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.274	3.798	22235
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.25	28.299	34764
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.999	27.86	33887
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	15424
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.065	0.05	15288
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.058	0.05	15198
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.042	0.05	15657
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.061	0.05	15404
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.064	0.05	15290
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.059	0.05	7615
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.063	0.05	6253
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.054	0.05	15478
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.054	0.05	15310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.056	0.05	15514
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.04	0.05	15680
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.057	0.05	15441
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.052	0.05	7691
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.064	0.05	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.054	0.05	15168
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.063	0.05	15266
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.056	0.05	15371
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.036	0.05	15609
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.053	0.05	7606
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.06	0.05	6217
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.059	0.05	15170
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.057	0.05	15208
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.055	0.05	15165
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.031	0.05	7722
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.044	0.05	6286
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.059	0.05	15436
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.066	0.05	15283
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.056	0.05	7646
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.072	0.05	6227
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.056	0.05	15421
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.055	0.05	7636
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.062	0.05	6285
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.052	0.05	7598
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.057	0.05	6248

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05863	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05863	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06498	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06498	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05841	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05841	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04211	0.0501
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04211	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06119	0.0501
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06119	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06404	0.05009
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06404	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05932	0.05009
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05932	0.05009
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0632	0.05009
8	16	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0632	0.05009
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05441	0.05009
9	18	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05441	0.05009
10	19	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05431	0.05009
10	20	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05431	0.05009
11	21	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05586	0.0501
11	22	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05586	0.0501
12	23	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04048	0.0501
12	24	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04048	0.0501
13	25	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05726	0.05009
13	26	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05726	0.05009
14	27	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0521	0.05009
14	28	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0521	0.05009
15	29	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06409	0.05009
15	30	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06409	0.05009
16	31	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05386	0.05009
16	32	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05386	0.05009
17	33	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06298	0.05009
17	34	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06298	0.05009
18	35	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05625	0.05009
18	36	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05625	0.05009
19	37	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03579	0.0501
19	38	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03579	0.0501
20	39	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05272	0.05009
20	40	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05272	0.05009
21	41	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05984	0.05009
21	42	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05984	0.05009
22	43	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05934	0.05009
22	44	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05934	0.05009
23	45	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05683	0.05009
23	46	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05683	0.05009
24	47	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05472	0.05009
24	48	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05472	0.05009
25	49	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03072	0.0501
25	50	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03072	0.0501
26	51	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04367	0.05009
26	52	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04367	0.05009
27	53	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05885	0.0501
27	54	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05885	0.0501
28	55	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06574	0.05009
28	56	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06574	0.05009
29	57	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05624	0.05009
29	58	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05624	0.05009
30	59	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07223	0.05009
30	60	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07223	0.05009
31	61	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05611	0.05009
31	62	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05611	0.05009
32	63	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05543	0.05009
32	64	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05543	0.05009
33	65	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0622	0.05009
33	66	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0622	0.05009
34	67	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05213	0.05009
34	68	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05213	0.05009
35	69	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05673	0.05009
35	70	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05673	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.98	0.269	1523	0.246	28974	X-RAY DIFFRACTION	94.8467
1.98-2.035	0.258	1515	0.238	28848	X-RAY DIFFRACTION	96.7683
2.035-2.094	0.259	1524	0.232	28023	X-RAY DIFFRACTION	97.0345
2.094-2.158	0.255	1348	0.223	27470	X-RAY DIFFRACTION	97.1153
2.158-2.229	0.235	1446	0.213	26411	X-RAY DIFFRACTION	97.3783
2.229-2.307	0.232	1339	0.209	25767	X-RAY DIFFRACTION	97.465
2.307-2.394	0.229	1320	0.2	24839	X-RAY DIFFRACTION	97.6884
2.394-2.492	0.223	1258	0.194	23914	X-RAY DIFFRACTION	97.9227
2.492-2.603	0.21	1164	0.19	23074	X-RAY DIFFRACTION	98.0303
2.603-2.73	0.23	1143	0.198	22031	X-RAY DIFFRACTION	98.2199
2.73-2.877	0.221	1045	0.191	21073	X-RAY DIFFRACTION	98.3066
2.877-3.052	0.203	1101	0.188	19852	X-RAY DIFFRACTION	98.5745
3.052-3.262	0.201	934	0.188	18749	X-RAY DIFFRACTION	98.6913
3.262-3.523	0.193	1006	0.189	17364	X-RAY DIFFRACTION	98.9017
3.523-3.859	0.194	833	0.18	16103	X-RAY DIFFRACTION	99.0699
3.859-4.315	0.164	844	0.158	14493	X-RAY DIFFRACTION	99.2108
4.315-4.981	0.15	649	0.153	12883	X-RAY DIFFRACTION	99.4269
4.981-6.099	0.195	569	0.178	10877	X-RAY DIFFRACTION	99.5478
6.099-8.616	0.171	512	0.172	8337	X-RAY DIFFRACTION	99.5612
8.616-29.718	0.183	247	0.169	4480	X-RAY DIFFRACTION	96.5679

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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