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- PDB-7xpn: Structure of the Spring Viraemia of Carp Virus Nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xpn
タイトルStructure of the Spring Viraemia of Carp Virus Nucleoprotein
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SVCV / RNP / VIRUS
生物種Sprivirus cyprinus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Wang, Z.X. / Liu, B. / Zhang, Y.A. / Ouyang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725026, 31770948, 31570875 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Structure of the Spring Viraemia of Carp Virus Ribonucleoprotein Complex Reveals Its Assembly Mechanism and Application in Antiviral Drug Screening.
著者: Zhao-Xi Wang / Bing Liu / Tian Yang / Daqi Yu / Chu Zhang / Liming Zheng / Jin Xie / Bin Liu / Mengxi Liu / Hailin Peng / Luhua Lai / Qi Ouyang / Songying Ouyang / Yong-An Zhang /
要旨: Spring viremia of carp virus (SVCV) is a highly pathogenic infecting the common carp, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat spring viremia of carp (SVC). Like all ...Spring viremia of carp virus (SVCV) is a highly pathogenic infecting the common carp, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat spring viremia of carp (SVC). Like all negative-sense viruses, SVCV contains an RNA genome that is encapsidated by the nucleoprotein (N) in the form of a ribonucleoprotein (RNP) complex, which serves as the template for viral replication and transcription. Here, the three-dimensional (3D) structure of SVCV RNP was resolved through cryo-electron microscopy (cryo-EM) at a resolution of 3.7 Å. RNP assembly was stabilized by N and C loops; RNA was wrapped in the groove between the N and C lobes with 9 nt nucleotide per protomer. Combined with mutational analysis, our results elucidated the mechanism of RNP formation. The RNA binding groove of SVCV N was used as a target for drug virtual screening, and it was found suramin had a good antiviral effect. This study provided insights into RNP assembly, and anti-SVCV drug screening was performed on the basis of this structure, providing a theoretical basis and efficient drug screening method for the prevention and treatment of SVC. Aquaculture accounts for about 70% of global aquatic products, and viral diseases severely harm the development of aquaculture industry. Spring viremia of carp virus (SVCV) is the pathogen causing highly contagious spring viremia of carp (SVC) disease in cyprinids, especially common carp (), yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat this disease. In this study, we have elucidated the mechanism of SVCV ribonucleoprotein complex (RNP) formation by resolving the 3D structure of SVCV RNP and screened antiviral drugs based on the structure. It is found that suramin could competitively bind to the RNA binding groove and has good antiviral effects both and . Our study provides a template for rational drug discovery efforts to treat and prevent SVCV infections.
履歴
登録2022年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
I: Nucleoprotein
K: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
J: Nucleoprotein
L: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)564,62112
ポリマ－564,62112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.250, 298.700, 332.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_7ens_1chain "G"
d_8ens_1chain "H"
d_9ens_1chain "I"
d_10ens_1chain "J"
d_11ens_1chain "K"
d_12ens_1chain "L"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 2 - 418 / Label seq-ID: 2 - 418

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BF
d_3CG
d_4DJ
d_5EB
d_6FC
d_7GH
d_8HI
d_9ID
d_10JK
d_11KE
d_12LL

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0395965593036, 0.977375980321, 0.207769838003), (-0.9780623816, -0.00464746104146, 0.20826036302), (0.204514278696, -0.211458256396, 0.955750655564)-74.8022681718, 111.526193348, 16.4988259051
2given(-0.795424720936, 0.477557374966, 0.373146709672), (-0.471209619096, -0.874523323209, 0.114762589878), (0.381131221753, -0.0845453179037, 0.92064709907)-14.0122209613, 184.604760806, 2.76843431422
3given(-0.439433685474, -0.840730703821, 0.31633829949), (0.84451287401, -0.506671129459, -0.173442705825), (0.306098091634, 0.190935199022, 0.932656264694)105.208815059, 126.613799031, -22.4109135721
4given(0.50994699088, 0.853099397323, 0.110342579174), (-0.854732274123, 0.488068481691, 0.176697189428), (0.0968855307262, -0.184419563676, 0.978060641509)-70.8892182928, 62.5234572003, 15.7365303752
5given(0.884661725347, -0.466037543118, 0.0135144408351), (0.464524595949, 0.878569373036, -0.111052944677), (0.039881467682, 0.104522079812, 0.993722598801)46.7273374459, 3.53503869097, -10.760332185
6given(-0.915250303957, -0.0208546633221, 0.402345577985), (0.0266878454175, -0.999604223261, 0.00889695151326), (0.402000796036, 0.0188806741665, 0.915444635207)34.6032301209, 187.753132174, -7.36858248126
7given(-0.442915264065, 0.840323957087, 0.312540742951), (-0.84091625353, -0.510265990191, 0.180245593018), (0.310943601649, -0.18298706621, 0.932646669534)-53.8306090408, 156.441602074, 11.9162158993
8given(0.868568748468, 0.494936938365, 0.0250151199667), (-0.494713863898, 0.863001605751, 0.102403229136), (0.0290950520078, -0.101319571224, 0.994428389798)-43.9636411252, 21.2677933821, 9.37668366339
9given(-0.773201607548, -0.505382507774, 0.383076748083), (0.50597156871, -0.855791197206, -0.107769190591), (0.382298372666, 0.110498631755, 0.917408309662)78.0681184215, 165.970983734, -16.3776368443
10given(0.531882514901, -0.840709090049, 0.10153431071), (0.840241803639, 0.509030792116, -0.186765532408), (0.105331390195, 0.184650693436, 0.977143500031)87.6676101576, 31.693230596, -19.1563402471
11given(0.0699037553166, -0.974651341109, 0.21252818229), (0.9747417023, 0.021435574054, -0.222304138426), (0.212113363061, 0.222699976291, 0.951531734505)108.673827895, 75.5319802046, -23.9521254973

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein


分子量: 47051.723 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sprivirus cyprinus (ウイルス)
発現宿主: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1His (その他)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.92 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5.8
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.8, 21% v/v Polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.98→75.26 Å / Num. obs: 74437 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0566 / Rpim(I) all: 0.0566 / Rrim(I) all: 0.08004 / Net I/σ(I): 11.54
反射 シェル解像度: 3.98→4.122 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3418 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 7391 / CC1/2: 0.802 / CC star: 0.943 / Rpim(I) all: 0.3418 / Rrim(I) all: 0.4834 / % possible all: 99.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gic

2gic


解像度: 3.98→72.86 Å / SU ML: 0.5921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4806
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 3813 2.65 %
Rwork0.2547 139821 -
obs0.2555 74388 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.98→72.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39588 0 0 0 39588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00340500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.854900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04926024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00526996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.09545448
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25309900806
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.1055517724
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25717944398
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25153537881
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.49410213811
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15297526474
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.32874052707
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15798546399
ens_1d_10AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.23758820328
ens_1d_11AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.18768756929
ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19142518588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.98-4.030.40271410.35325249X-RAY DIFFRACTION99.83
4.03-4.080.38221460.35165143X-RAY DIFFRACTION99.91
4.08-4.140.32681460.3185162X-RAY DIFFRACTION99.92
4.14-4.20.34241370.31225203X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.260.33031420.29615174X-RAY DIFFRACTION99.92
4.26-4.330.30671290.29495216X-RAY DIFFRACTION99.87
4.33-4.40.29421610.28335125X-RAY DIFFRACTION99.96
4.4-4.470.34271320.29235200X-RAY DIFFRACTION99.96
4.47-4.560.31211580.28525194X-RAY DIFFRACTION99.93
4.56-4.640.28261260.28395157X-RAY DIFFRACTION99.91
4.64-4.740.34711460.29725173X-RAY DIFFRACTION99.94
4.74-4.840.33091480.28335168X-RAY DIFFRACTION99.96
4.84-4.950.32531450.27785214X-RAY DIFFRACTION99.94
4.95-5.080.33911390.27025162X-RAY DIFFRACTION99.96
5.08-5.210.30641350.26535211X-RAY DIFFRACTION99.96
5.21-5.370.25151460.2685165X-RAY DIFFRACTION99.98
5.37-5.540.35211360.27495170X-RAY DIFFRACTION99.96
5.54-5.740.2891350.28375187X-RAY DIFFRACTION99.78
5.74-5.970.31981400.35174X-RAY DIFFRACTION100
5.97-6.240.31551480.27745186X-RAY DIFFRACTION100
6.24-6.570.32921350.26195184X-RAY DIFFRACTION99.85
6.57-6.980.31051490.25475155X-RAY DIFFRACTION99.96
6.98-7.520.25271410.22785213X-RAY DIFFRACTION99.96
7.52-8.270.22411500.20615159X-RAY DIFFRACTION100
8.28-9.470.20161460.17975152X-RAY DIFFRACTION99.98
9.47-11.920.19661370.16685145X-RAY DIFFRACTION99.29
11.92-72.860.3031190.26895180X-RAY DIFFRACTION99.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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