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万見
- PDB-7xo1: Major polymorph in alpha-synuclein fibril seeded by cerebrospinal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xo1
タイトルMajor polymorph in alpha-synuclein fibril seeded by cerebrospinal fluid from a mid-to-late stage (mid-PD-1) Parkinson's disease patient
要素Alpha-synuclein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / mitochondrial membrane organization / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / dopamine biosynthetic process / response to iron(II) ion / SNARE complex assembly / regulation of locomotion / positive regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of dopamine metabolic process / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / regulation of macrophage activation / regulation of norepinephrine uptake / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / transporter regulator activity / synaptic vesicle priming / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of dopamine secretion / dynein complex binding / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / positive regulation of receptor recycling / cuprous ion binding / nuclear outer membrane / response to magnesium ion / positive regulation of endocytosis / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / enzyme inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / response to type II interferon / regulation of presynapse assembly / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / phospholipase binding / behavioral response to cocaine / supramolecular fiber organization / phospholipid metabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / inclusion body / axon terminus / Hsp70 protein binding / cellular response to epinephrine stimulus / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to copper ion / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / SNARE binding / excitatory postsynaptic potential / protein tetramerization / phosphoprotein binding / microglial cell activation / ferrous iron binding / fatty acid metabolic process / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / positive regulation of inflammatory response / synaptic vesicle membrane / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / cell cortex / histone binding / response to lipopolysaccharide / microtubule binding / molecular adaptor activity / chemical synaptic transmission / amyloid fibril formation / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fan, Y. / Sun, Y.P. / Wang, J. / Liu, C.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170683 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82188101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872716 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82171421 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91949118 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81771372 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1932204 中国
Other government
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Conformational change of α-synuclein fibrils in cerebrospinal fluid from different clinical phases of Parkinson's disease.
著者: Yun Fan / Yunpeng Sun / Wenbo Yu / Youqi Tao / Wencheng Xia / Yiqi Liu / Qinyue Zhao / Yilin Tang / Yimin Sun / Fengtao Liu / Qin Cao / Jianjun Wu / Cong Liu / Jian Wang / Dan Li /
要旨: α-Synuclein (α-syn) has been shown to form various conformational fibrils associated with different synucleinopathies. But whether the conformation of α-syn fibrils changes during disease ...α-Synuclein (α-syn) has been shown to form various conformational fibrils associated with different synucleinopathies. But whether the conformation of α-syn fibrils changes during disease progression is unclear. Here, we amplified α-syn aggregates from the cerebrospinal fluid (CSF) of patients with Parkinson's disease (PD) staged in preclinical PD (pre-PD), middle- to late-stage PD (mid-PD), and late-stage PD (late-PD). Our results show that α-syn fibrils derived from the late-PD patient are most potent in inducing endogenous α-syn aggregation in primary neurons, followed by the mid-PD and pre-PD fibrils. By using cryo-electron microscopy, we further determined the high-resolution structures of the CSF-amplified fibrils. The structures exhibit remarkable differences in a minor but significant population of conformational species in different staged samples. Our work demonstrates structural and pathological differences between α-syn fibrils derived from PD patients at a spectrum of clinical stages, which suggests potential conformational transition of α-syn fibrils during the progression of PD.
履歴
登録2022年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Alpha-synuclein
A: Alpha-synuclein
D: Alpha-synuclein
B: Alpha-synuclein
E: Alpha-synuclein
C: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8576
ポリマ－86,8576
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "E"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "A"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYLYSF1 - 62
d_21ens_1GLYLYSD1 - 62
d_31ens_1GLYLYSE1 - 62
d_41ens_1GLYLYSC1 - 62
d_51ens_1GLYLYSB1 - 62
d_61ens_1GLYLYSA1 - 62

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要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Major polymorph in alpha-synuclein fibril seeded by cerebrospinal fluid from a mid-to-late stage (mid-PD-1) Parkinson's disease patient
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.42 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.41 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157360 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 52.05 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212562
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51383462
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0544456
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0018426
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8457372
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.61232871838E-13
ens_1d_3FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.31479208747E-12
ens_1d_4FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.00245601918E-11
ens_1d_5FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.37694548268E-10
ens_1d_6FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.58176003126E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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