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- PDB-7xn1: Crystal structure of human acetylcholinesterase in complex with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xn1
タイトルCrystal structure of human acetylcholinesterase in complex with tacrine
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / Human acetylcholinesterase / hAChE / Alzheimer's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / serine hydrolase activity / Neurotransmitter clearance / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway ...negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / serine hydrolase activity / Neurotransmitter clearance / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / Synthesis of PC / basement membrane / regulation of receptor recycling / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / synaptic cleft / synapse assembly / side of membrane / laminin binding / collagen binding / positive regulation of protein secretion / neuromuscular junction / receptor internalization / nervous system development / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / hydrolase activity / cell adhesion / synapse / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family ...Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / TACRINE / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Dileep, K.V. / Ihara, K. / Mishima-Tsumagari, C. / Kukimoto-Niino, M. / Yonemochi, M. / Hanada, K. / Shirouzu, M. / Zhang, K.Y.J.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of human acetylcholinesterase in complex with tacrine: Implications for drug discovery
著者: Dileep, K. / Ihara, K. / Mishima-Tsumagari, C. / Kukimoto-Niino, M. / Yonemochi, M. / Hanada, K. / Shirouzu, M. / Zhang, K.Y.
履歴
登録2022年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2023年3月1日ID: 7E3I
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1717
ポリマ－118,4662
非ポリマー1,7055
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area37820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.578, 104.578, 322.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 59232.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tacrine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACHE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22303, acetylcholinesterase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 36分子

#4: 化合物 ChemComp-THA / TACRINE / タクリン


分子量: 198.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤, アゴニスト*YM
#5: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.38 % / 解説: hexagonal rod like clustered crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM Tris HCl buffer pH 9.0, 20 % PEG 3350, 200 mM KNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→47.02 Å / Num. obs: 48576 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Num. unique obs: 4372 / CC1/2: 0.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EY4

4ey4


解像度: 2.85→47.02 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 2419 4.99 %
Rwork0.1925 --
obs0.1948 48480 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8185 0 117 33 8335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06211782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7693104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.910.35761200.2562676X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.970.31831330.24592694X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.040.28281450.23542644X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.120.30431640.23162637X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.20.31381700.22822653X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.290.27941220.21372736X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.40.24241270.19882698X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.520.27761500.19812671X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.660.24381450.19622689X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.830.20011310.18642738X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.030.23451640.16942687X-RAY DIFFRACTION99
4.03-4.280.1911520.16372654X-RAY DIFFRACTION98
4.29-4.610.19541280.15552715X-RAY DIFFRACTION99
4.62-5.080.21821430.15412621X-RAY DIFFRACTION96
5.08-5.810.20111460.17642786X-RAY DIFFRACTION100
5.81-7.320.24081440.20432794X-RAY DIFFRACTION100
7.32-47.020.21841350.20082968X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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