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- PDB-7xlj: The crystal structure of ORE1(ANAC092) NAC domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xlj
タイトルThe crystal structure of ORE1(ANAC092) NAC domain
要素NAC domain-containing protein 92
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / plant protein / TRANSCRIPTION regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


floral organ senescence / positive regulation of age-related resistance / positive regulation of leaf senescence / regulation of seed germination / response to ethylene / lateral root development / leaf senescence / response to auxin / response to abscisic acid / response to salt ...floral organ senescence / positive regulation of age-related resistance / positive regulation of leaf senescence / regulation of seed germination / response to ethylene / lateral root development / leaf senescence / response to auxin / response to abscisic acid / response to salt / positive regulation of programmed cell death / stress-induced premature senescence / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of gene expression / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
NAC domain / NAC domain superfamily / No apical meristem (NAM) protein / NAC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
NAC domain-containing protein 92
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chun, I.S. / Kim, M.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用
ジャーナル: Plant Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of DNA binding by the NAC transcription factor ORE1, a master regulator of plant senescence.
著者: Chun, I. / Kim, H.J. / Hong, S. / Kim, Y.G. / Kim, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Structure of ORESARA1_DNA Binding Domain at 2.45 angstroms resolution
著者: Chun, I.S.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAC domain-containing protein 92
B: NAC domain-containing protein 92


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6012
ポリマ－37,6012
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.333, 73.761, 78.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 NAC domain-containing protein 92 / ANAC092 / AtNAC2 / AtNAC6 / Protein ORESARA 1


分子量: 18800.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NAC92, NAC2, NAC6, ORE1, At5g39610, MIJ24.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FKA0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M tris pH 8.5, 7% PEG20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月30日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→36.88 Å / Num. obs: 15181 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 26.58
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 1301 / CC1/2: 0.907 / CC star: 0.975 / Χ2: 0.722 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ULX

3ulx


解像度: 2.45→36.88 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2624 750 4.95 %
Rwork0.217 --
obs0.2192 15143 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→36.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 0 0 8 2399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0923324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.081897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.640.37131340.31732622X-RAY DIFFRACTION92
2.64-2.910.33071500.2882885X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.330.31251500.26692891X-RAY DIFFRACTION100
3.33-4.190.27571510.2282940X-RAY DIFFRACTION100
4.19-36.880.23281650.18793055X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3257-0.9648-2.16511.7927-0.16132.96630.21241.22140.25210.48540.06060.51360.0303-1.5003-0.40230.774-0.08650.11591.0119-0.06640.866126.571513.017447.9201
26.4834-2.1795-1.68936.16741.05884.9942-0.18311.0654-1.0755-0.3723-0.25450.59340.6407-0.62730.44210.7176-0.0961-0.05770.868-0.10590.802836.561810.010535.4471
36.78323.33540.57863.8553-2.37753.3389-0.47432.39111.4145-1.25150.31270.494-0.2476-0.63740.13250.9484-0.05910.02070.96150.25320.8229.224929.477930.811
43.1016-0.4182-0.61194.2351-1.38531.7017-0.09270.74360.1229-0.4876-0.0993-0.3361-0.0585-0.52740.02550.8962-0.0568-0.07060.9090.07990.890434.879222.803233.1734
54.9113-1.0869-1.44723.4891-0.37622.30050.13280.61141.2411-0.0944-0.0679-0.4184-0.4414-0.3910.07310.7521-0.0868-0.00270.83130.19370.913645.22926.005735.1778
64.2774-0.8628-1.95336.88490.30873.3593-0.16920.9179-0.1525-0.62120.2187-0.51740.3706-0.0209-0.06020.7788-0.1004-0.08051.0329-0.01920.688444.982811.912932.8642
73.028-0.8377-1.79562.73332.74315.9023-0.2873-0.0275-0.35890.2603-0.42760.78250.0148-0.1740.75590.9882-0.03230.16250.8761-0.02790.944425.052218.703457.088
85.86480.74442.51953.46871.3275.1171-0.0031-1.1464-1.10651.359-0.7731-0.42131.641-0.13860.56241.7293-0.10660.09331.36790.37231.592829.11217.246871.1854
95.28722.38751.8442.4114-1.09254.1660.335-1.0456-0.58831.04080.3147-1.3340.23591.1442-0.58751.2866-0.0869-0.19931.6456-0.03081.273235.761520.565470.3854
104.7424-0.3232-1.06264.07181.98913.97150.0821-0.4044-0.22770.3438-0.112-0.857-0.47230.28040.15671.2072-0.1047-0.08170.9579-0.00541.361634.470431.842966.7603
118.1606-6.07492.99354.9303-3.76596.9809-0.4801-1.7534-1.27281.49580.56442.0465-0.31870.4482-0.11911.6051-0.07720.38811.68-0.16611.515215.962630.01271.8789
128.47340.1456-0.99084.9429-0.00654.9802-1.02430.72240.45240.06290.5398-1.71061.1450.03210.39731.12-0.11-0.09640.74790.07351.313236.924323.378964.2518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 98 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 145 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 146 through 170 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 17 through 43 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 44 through 63 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 64 through 99 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 100 through 149 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 150 through 162 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 163 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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