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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xld | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of IsdH linker-NEAT3 bound to a nanobody (VHH) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | METAL TRANSPORT / IsdH system Heme Staphylococcus aureus VHH Nanodoby Antimicrobial | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Lama glama (ラマ) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Caaveiro, J.M.M. / Valenciano-Bellido, S. / Tsumoto, K. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Targeting hemoglobin receptors IsdH and IsdB of Staphylococcus aureus with a single VHH antibody inhibits bacterial growth. 著者: Valenciano-Bellido, S. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / Kuroda, D. / Aikawa, C. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xld.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xld.ent.gz | 90.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xld_validation.pdf.gz | 442.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xld_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xld_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xld_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xld | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xliC 3vtmS 4grwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21495.242 Da / 分子数: 1 / 断片: NEAT3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: isdH, harA, sasI, SAV1731 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q931P4 |
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#2: 抗体 | 分子量: 14967.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3,350 0.1 M HEPES (pH 7.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→41 Å / Num. obs: 32081 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4588 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.333 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4GRW, 3VTM 解像度: 1.65→40.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.44 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.48 Å2 / Biso mean: 22.047 Å2 / Biso min: 11.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→40.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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