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万見
- PDB-7xli: Crystal structure of IsdB linker-NEAT2 bound to a nanobody (VHH) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xli
タイトルCrystal structure of IsdB linker-NEAT2 bound to a nanobody (VHH)
要素
  • Iron-regulated surface determinant protein B
  • VHH6 nanobody
キーワードMETAL TRANSPORT / IsdH system Heme Staphylococcus aureus VHH Nanodoby Antimicrobial
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide ...Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-regulated surface determinant protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Valenciano-Bellido, S. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05766 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02531 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19fk0108073h 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18fm0208030h 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101094 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Targeting hemoglobin receptors IsdH and IsdB of Staphylococcus aureus with a single VHH antibody inhibits bacterial growth.
著者: Valenciano-Bellido, S. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / Kuroda, D. / Aikawa, C. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年3月6日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated surface determinant protein B
B: VHH6 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2204
ポリマ－36,1452
非ポリマー762
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.321, 48.580, 140.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein B / Fur-regulated protein B / Staphylococcal iron-regulated protein H / Staphylococcus aureus surface protein J


分子量: 21177.322 Da / 分子数: 1 / 断片: NEAT2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: isdB, C7M54_06565, DD547_01151, EP54_07185, EQ90_05325, FAF17_11720, GO814_06830, GO942_06780, GQX37_07535, NCTC13131_00513, SA950122_02636, SAHC1335_02047, SAMEA103891415_00297, ...遺伝子: isdB, C7M54_06565, DD547_01151, EP54_07185, EQ90_05325, FAF17_11720, GO814_06830, GO942_06780, GQX37_07535, NCTC13131_00513, SA950122_02636, SAHC1335_02047, SAMEA103891415_00297, SAMEA2076235_00033, SAMEA2078260_00343, SAMEA2078588_00277, SAMEA2078837_01385, SAMEA2080344_00033, SAMEA2081063_00033, SAMEA4008575_00033, SAMEA70146418_01784
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6HSN6
#2: タンパク質 VHH6 nanobody


分子量: 14967.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3,350 0.1 M HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 31303 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4429 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XLD

7xld


解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.417 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 1251 4 %RANDOM
Rwork0.2088 ---
obs0.21 29982 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.02 Å2 / Biso mean: 42.314 Å2 / Biso min: 20.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.93 Å20 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 2 111 2001
Biso mean--46.72 38.97 -
残基数----235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.6492634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3911.5874078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.5445.145242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24223.302106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4415344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.751159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02422
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 82 -
Rwork0.298 2158 -
all-2240 -
obs--97.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52390.44840.94381.6921.30014.84380.09870.4894-0.4611-0.3439-0.05040.2350.3574-0.4523-0.04830.3209-0.0165-0.07580.4035-0.09930.3822-3.68855.14065.458
21.34980.1023-0.46952.444-0.25442.8567-0.0006-0.07820.0010.23510.0194-0.09360.06730.2227-0.01870.1281-0.0008-0.02270.0204-0.0030.15254.167612.480433.9734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A342 - 451
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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