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- PDB-7xjw: Crystal structure of canine coronavirus main protease in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xjw
タイトルCrystal structure of canine coronavirus main protease in complex with GC376
要素ORF1a polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / 3C-like proteinase / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal ...Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K36 / ORF1a polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Canine coronavirus (イヌコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Tsai, C.L. / Chiu, Y.F. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2311-B241-001 台湾
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: A Structural Comparison of SARS-CoV-2 Main Protease and Animal Coronaviral Main Protease Reveals Species-Specific Ligand Binding and Dimerization Mechanism.
著者: Ho, C.Y. / Yu, J.X. / Wang, Y.C. / Lin, Y.C. / Chiu, Y.F. / Gao, J.Y. / Lai, S.J. / Chen, M.J. / Huang, W.C. / Tien, N. / Chen, Y.
履歴
登録2022年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF1a polyprotein
B: ORF1a polyprotein
C: ORF1a polyprotein
D: ORF1a polyprotein
E: ORF1a polyprotein
F: ORF1a polyprotein
G: ORF1a polyprotein
H: ORF1a polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,47216
ポリマ－264,5878
非ポリマー3,8848
水1,946108
1
A: ORF1a polyprotein
B: ORF1a polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1184
ポリマ－66,1472
非ポリマー9712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25580 Å2
手法PISA
2
C: ORF1a polyprotein
D: ORF1a polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1184
ポリマ－66,1472
非ポリマー9712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25490 Å2
手法PISA
3
E: ORF1a polyprotein
F: ORF1a polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1184
ポリマ－66,1472
非ポリマー9712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
4
G: ORF1a polyprotein
H: ORF1a polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1184
ポリマ－66,1472
非ポリマー9712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.975, 125.749, 160.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-511-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
ORF1a polyprotein


分子量: 33073.426 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canine coronavirus (イヌコロナウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D2WXL6
#2: 化合物
ChemComp-K36 / (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid / GC376


タイプ: peptide-like / 分子量: 485.551 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis Tris propane 7.0, 25 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 79392 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 20.39
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / Num. unique obs: 7891 / CC1/2: 0.914 / Rpim(I) all: 0.234 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F49

4f49


解像度: 2.75→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23276 3926 5.1 %RANDOM
Rwork0.21254 ---
obs0.21356 73326 96.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0 Å2-0.17 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→27.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18224 0 232 108 18564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01318818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01717334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.64525446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3721.57239872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.56152366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31523.33889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.04153119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9391579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.22384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0221541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.024345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1985.2749497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1985.2749496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6687.911852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6677.90111853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.845.5549321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8425.5599292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2168.20513556
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.61361.97620340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.61861.98620315
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.752→2.823 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 233 -
Rwork0.296 4128 -
obs--74.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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