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- PDB-7xhp: Structure of a Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase from Zymomonas m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xhp
タイトルStructure of a Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase from Zymomonas mobilis
要素Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nicotinamide cofactor
機能・相同性Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Meng, D.D. / Liu, M.X. / Liu, W.D. / You, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778073 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Coenzyme Engineering of Glucose-6-phosphate Dehydrogenase on a Nicotinamide-Based Biomimic and Its Application as a Glucose Biosensor
著者: Meng, D.D. / Liu, M.X. / Su, H. / Song, H.Y. / Chen, L.J. / Li, Q.Z. / Liu, Y.N. / Zhu, Z.G. / Liu, W.D. / Sheng, X. / You, C. / Zhang, Y.H.
履歴
登録2022年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
B: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
C: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
D: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
E: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
F: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
G: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
H: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,5328
ポリマ－440,5328
非ポリマー00
水2,018112
1
A: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
B: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
C: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
D: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,2664
ポリマ－220,2664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13960 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area69430 Å2
手法PISA
2
E: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
F: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
G: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
H: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,2664
ポリマ－220,2664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area79990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.610, 101.073, 321.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...
21(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...
31(chain E and (resid 7 through 10 or (resid 11...
41(chain F and (resid 7 through 10 or (resid 11...
51(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...
61(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...
12(chain C and (resid 139 through 143 or (resid 144...
22(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A7 - 30
121(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A37 - 78
131(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A80 - 98
141(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A99
151(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A6 - 487
161(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A6 - 487
171(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A6 - 487
181(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A6 - 487
191(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A6 - 487
1101(chain A and (resid 7 through 30 or resid 37...A6 - 487
211(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B7 - 10
221(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B11
231(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
241(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
251(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
261(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B1
271(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
281(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
291(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
2101(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
2111(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
2121(chain B and (resid 7 through 10 or (resid 11...B6 - 487
311(chain E and (resid 7 through 10 or (resid 11...E7 - 10
321(chain E and (resid 7 through 10 or (resid 11...E11
331(chain E and (resid 7 through 10 or (resid 11...E4 - 487
341(chain E and (resid 7 through 10 or (resid 11...E4 - 487
351(chain E and (resid 7 through 10 or (resid 11...E4 - 487
361(chain E and (resid 7 through 10 or (resid 11...E4 - 487
411(chain F and (resid 7 through 10 or (resid 11...F7 - 10
421(chain F and (resid 7 through 10 or (resid 11...F11
431(chain F and (resid 7 through 10 or (resid 11...F8 - 487
441(chain F and (resid 7 through 10 or (resid 11...F8 - 487
451(chain F and (resid 7 through 10 or (resid 11...F8 - 487
461(chain F and (resid 7 through 10 or (resid 11...F8 - 487
511(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G7 - 10
521(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G11
531(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
541(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
551(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
561(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G1
571(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
581(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
591(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
5101(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
5111(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
5121(chain G and (resid 7 through 10 or (resid 11...G3 - 487
611(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H7 - 10
621(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H11
631(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
641(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
651(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
661(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H3
671(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H46
681(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
691(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
6101(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
6111(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
6121(chain H and (resid 7 through 10 or (resid 11...H2 - 487
112(chain C and (resid 139 through 143 or (resid 144...C139 - 143
122(chain C and (resid 139 through 143 or (resid 144...C144
132(chain C and (resid 139 through 143 or (resid 144...C139 - 487
142(chain C and (resid 139 through 143 or (resid 144...C139 - 487
152(chain C and (resid 139 through 143 or (resid 144...C139 - 487
162(chain C and (resid 139 through 143 or (resid 144...C139 - 487
212(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D139 - 271
222(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D272 - 273
232(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D123 - 493
242(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D123 - 493
252(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D123 - 493
262(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D374
272(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D374
282(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D123 - 493
292(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D123 - 493
2102(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D123 - 493
2112(chain D and (resid 139 through 271 or (resid 272...D123 - 493

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase


分子量: 55066.500 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate (pH 6.0), 10% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.78→78.18 Å / Num. obs: 218096 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 2.433 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.893 / Net I/σ(I): 7.43 / Num. measured all: 530641 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.78-2.851.8680.4081.562751718908147330.480.53277.9
2.85-2.932.1660.3282.213464718410159980.6340.41786.9
2.93-3.012.3210.2812.763635217971156610.7440.35387.1
3.01-3.112.3520.243.33561717338151420.7890.30187.3
3.11-3.212.4020.1954.13539916868147390.8650.24387.4
3.21-3.322.440.1615.183477916314142530.9090.20187.4
3.32-3.452.4650.1436.193367015663136620.920.17787.2
3.45-3.592.4930.1227.563307015231132660.9430.15187.1
3.59-3.752.4780.1158.333076814445124150.950.14385.9
3.75-3.932.3740.1029.092784913863117330.9560.12884.6
3.93-4.142.3670.09310.172635113168111330.9660.11784.5
4.14-4.392.5460.08611.492751412522108060.9710.10686.3
4.39-4.72.7340.08212.732745011720100400.9720.10185.7
4.7-5.072.7580.08212.84255641092592700.9720.184.9
5.07-5.562.7520.08112.6223323998584740.9740.09984.9
5.56-6.212.6950.07912.6120887916677510.9740.09684.6
6.21-7.182.5760.07312.6617237797566910.9780.0983.9
7.18-8.792.430.06612.8813518673155620.9780.08282.6
8.79-12.432.8860.06414.412922520644770.9850.07786
12.43-78.182.710.05413.496207287322900.9890.06779.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 600000000 / 解像度: 2.78→78.18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 85.51 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2893 6412 5.43 %
Rwork0.2334 112227 -
obs0.2394 118103 90.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.75 Å2 / Biso mean: 55.4972 Å2 / Biso min: 28.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.78→78.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26238 0 0 112 26350
Biso mean---49.79 -
残基数----3483
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7755X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
12B7755X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
13E7755X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
14F7755X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
15G7755X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
16H7755X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
21C2052X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
22D2052X-RAY DIFFRACTION16.514TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.78-2.830.34872630.30225155541880
2.83-2.880.33643110.2995816612788
2.88-2.930.30813090.28825646595588
2.93-2.990.33062950.28395702599788
2.99-3.060.33953010.28945724602589
3.06-3.130.33933040.28425677598188
3.13-3.210.31332950.27695729602488
3.21-3.30.32432910.27795707599888
3.3-3.390.31922940.26395704599888
3.39-3.50.3053000.25895726602687
3.5-3.630.32852900.26135580587087
3.63-3.770.29092920.24675579587186
3.77-3.940.28082900.23615483577384
3.94-4.150.30942900.22595556584686
4.15-4.410.26722940.21265671596587
4.41-4.750.24653010.19695679598087
4.75-5.230.26172850.21045560584586
5.23-5.990.26882950.22435567586285
5.99-7.540.30082810.2285500578183
7.55-78.180.27772950.20425466576181

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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