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- PDB-7xhl: Complex structure of a Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase from Zym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xhl
タイトルComplex structure of a Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase from Zymomonas mobilis
要素Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nicotinamide cofactor / Complex
機能・相同性Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Meng, D.D. / Liu, M.X. / Liu, W.D. / You, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778073 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Coenzyme Engineering of Glucose-6-phosphate Dehydrogenase on a Nicotinamide-Based Biomimic and Its Application as a Glucose Biosensor
著者: Meng, D.D. / Liu, M.X. / Su, H. / Song, H.Y. / Chen, L.J. / Li, Q.Z. / Liu, Y.N. / Zhu, Z.G. / Liu, W.D. / Sheng, X. / You, C. / Zhang, Y.H.
履歴
登録2022年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
B: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
C: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
D: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
E: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
F: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
G: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
H: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,56112
ポリマ－433,2208
非ポリマー1,3414
水00
1
A: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
B: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
C: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
D: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,2816
ポリマ－216,6104
非ポリマー6702
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14840 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area72470 Å2
手法PISA
2
E: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
F: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
G: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
H: Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,2816
ポリマ－216,6104
非ポリマー6702
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14980 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area69840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.316, 342.335, 103.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase


分子量: 54152.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / β-NMN


分子量: 335.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M di-Ammonium hydrogen Phosphate, 0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 14% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.2
反射解像度: 3.25→88.41 Å / Num. obs: 86216 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 269015 / Scaling rejects: 80
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.25-3.313.10.6661420245740.5230.450.8071.899.4
17.2-88.412.30.09311655040.930.0770.1221282.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 600000000 / 解像度: 3.25→78.11 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 205.17 / 位相誤差: 38.73 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 4464 5.18 %
Rwork0.237 --
obs0.248 86147 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→78.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28288 0 88 0 28376
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13C10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
14D10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
15E10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
16F10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
17G10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
18H10472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.310.38552330.32764066X-RAY DIFFRACTION94
3.31-3.370.37051980.31474152X-RAY DIFFRACTION95
3.37-3.430.38492160.30824076X-RAY DIFFRACTION94
3.43-3.50.31782020.29884129X-RAY DIFFRACTION95
3.5-3.580.3752270.29054052X-RAY DIFFRACTION93
3.58-3.660.36072070.28294153X-RAY DIFFRACTION95
3.66-3.750.34332240.27554098X-RAY DIFFRACTION95
3.75-3.850.32562170.27314127X-RAY DIFFRACTION95
3.85-3.970.31932170.26064146X-RAY DIFFRACTION95
3.97-4.090.2992070.25134083X-RAY DIFFRACTION95
4.09-4.240.31222140.24614152X-RAY DIFFRACTION94
4.24-4.410.27792170.23034071X-RAY DIFFRACTION94
4.41-4.610.28492130.21414091X-RAY DIFFRACTION94
4.61-4.850.25762190.22344092X-RAY DIFFRACTION94
4.85-5.160.27922090.22844100X-RAY DIFFRACTION94
5.16-5.560.29152140.23894111X-RAY DIFFRACTION94
5.56-6.120.32592150.25434096X-RAY DIFFRACTION93
6.12-70.32542110.23674053X-RAY DIFFRACTION93
7-8.820.26462260.20494042X-RAY DIFFRACTION92
8.82-78.110.26462080.20323963X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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