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- PDB-7xh9: Crystal structure of a dimeric interlocked parallel G-quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xh9
タイトルCrystal structure of a dimeric interlocked parallel G-quadruplex
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / interlocked
機能・相同性: / STRONTIUM ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Lattmann, S. / Winnerdy, F.R. / Phan, A.T.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2017-09 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2018-T2-2-029 シンガポール
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of an HIV-1 integrase aptamer: Formation of a water-mediated A.G.G.G.G pentad in an interlocked G-quadruplex.
著者: Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Lattmann, S. / Winnerdy, F.R. / Phan, A.T.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,76111
ポリマ－10,2152
非ポリマー5469
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area5610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.436, 30.341, 30.350
Angle α, β, γ (deg.)62.147, 79.962, 79.967
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5107.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08 M Strontium chloride hexahydrate, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 20% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953659 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953659 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.586→20.33 Å / Num. obs: 9790 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.91
反射 シェル解像度: 1.586→1.642 Å / Num. unique obs: 961 / CC1/2: 0.922

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XDH

7xdh


解像度: 1.63→20.33 Å / SU ML: 0.2144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.4293
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1876 10.03 %
Rwork0.2248 16827 -
obs0.2271 9706 91.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→20.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 680 9 41 730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95091188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.6109312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.670.43311510.39251311X-RAY DIFFRACTION92.3
1.67-1.720.41331390.34021260X-RAY DIFFRACTION92.4
1.72-1.780.351460.36271322X-RAY DIFFRACTION92.33
1.78-1.840.38731530.32011307X-RAY DIFFRACTION92.17
1.84-1.920.25141350.28831283X-RAY DIFFRACTION90.55
1.92-20.32841380.25221307X-RAY DIFFRACTION92.87
2-2.110.34911430.2591278X-RAY DIFFRACTION93.12
2.11-2.240.2781480.25021316X-RAY DIFFRACTION92.08
2.24-2.410.33781470.26061336X-RAY DIFFRACTION92.57
2.41-2.660.26921390.23561273X-RAY DIFFRACTION91.33
2.66-3.040.29481440.28811294X-RAY DIFFRACTION91.83
3.04-3.820.2991400.21511287X-RAY DIFFRACTION90.32
3.83-20.330.14851530.15581253X-RAY DIFFRACTION90.13
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.77914808831 Å / Origin y: 22.3619387789 Å / Origin z: 12.33412235 Å
111213212223313233
T0.407971209573 Å2-0.032118575277 Å2-0.0345599869131 Å2-0.259381497884 Å20.0540977792313 Å2--0.235216733278 Å2
L7.66078635288 °2-1.20759052384 °2-0.949955428536 °2-3.04593413123 °2-0.000220425744687 °2--2.7331353797 °2
S0.247544869467 Å °-0.24367738702 Å °-0.182766793532 Å °0.00782340361514 Å °-0.175398135313 Å °-0.0992429853606 Å °0.103777021305 Å °-0.0257358215622 Å °-0.0328507014082 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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