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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x7g | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a dimeric interlocked parallel G-quadruplex | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / G-quadruplex / interlocked | 機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | データ登録者 | Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Lattmann, S. / Winnerdy, F.R. / Phan, A.T. | 資金援助 | シンガポール, 2件 |
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022 | タイトル: Crystal structures of an HIV-1 integrase aptamer: Formation of a water-mediated A.G.G.G.G pentad in an interlocked G-quadruplex. 著者: Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Lattmann, S. / Winnerdy, F.R. / Phan, A.T. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x7g.cif.gz | 32.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x7g.ent.gz | 19.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x7g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x7g_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x7g_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x7g_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x7g_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5131.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M HEPES sodium pH 7.5, 15% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 0.0015 M spermine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→48.63 Å / Num. obs: 8264 / % possible obs: 97.56 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.47 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.268 Å / Num. unique obs: 4149 / CC1/2: 0.985 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Y8D 解像度: 2.19→48.63 Å / SU ML: 0.1756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.5678 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→48.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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