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- PDB-7xds: Crystal structure of wheat stem rust effector AvrSr35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xds
タイトルCrystal structure of wheat stem rust effector AvrSr35
要素AvrSr35
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Fungus / Effector / Wheat stem rust
機能・相同性Avirulence factor
機能・相同性情報
生物種Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Ouyang, S.Y. / Zhao, Y.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172287 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Pathogen effector AvrSr35 triggers Sr35 resistosome assembly via a direct recognition mechanism.
著者: Yan-Bo Zhao / Meng-Xi Liu / Tao-Tao Chen / Xiaomin Ma / Ze-Kai Li / Zichao Zheng / Si-Ru Zheng / Lifei Chen / You-Zhi Li / Li-Rui Tang / Qi Chen / Peiyi Wang / Songying Ouyang /
要旨: Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. The direct recognition mechanism of pathogen effectors by coiled-coil NLRs (CNLs) ...Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. The direct recognition mechanism of pathogen effectors by coiled-coil NLRs (CNLs) remains unclear. We demonstrate that the CNL Sr35 directly recognizes the pathogen effector AvrSr35 from f. sp and report a cryo-electron microscopy structure of Sr35 resistosome and a crystal structure of AvrSr35. We show that AvrSr35 forms homodimers that are disassociated into monomers upon direct recognition by the leucine-rich repeat domain of Sr35, which induces Sr35 resistosome assembly and the subsequent immune response. The first 20 amino-terminal residues of Sr35 are indispensable for immune signaling but not for plasma membrane association. Our findings reveal the direct recognition and activation mechanism of a plant CNL and provide insights into biochemical function of Sr35 resistosome.
履歴
登録2022年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AvrSr35
B: AvrSr35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,2432
ポリマ－133,2432
非ポリマー00
水1,02757
1
A: AvrSr35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6211
ポリマ－66,6211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AvrSr35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6211
ポリマ－66,6211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.122, 115.273, 143.162
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 AvrSr35


分子量: 66621.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)
遺伝子: PGT21_019944, PGTUg99_030428
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5B0N367
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate (pH 6.0), 12% (v/v) PEG 3350 / PH範囲: 5.6-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→44.89 Å / Num. obs: 55016 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 20.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.06→2.134 Å / Rmerge(I) obs: 0.142 / Num. unique obs: 55016

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.06→44.89 Å / SU ML: 0.2834 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.374
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2869 2756 5.01 %
Rwork0.2569 52227 -
obs0.2584 54983 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6131 0 0 57 6188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01416248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.70258395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1047926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01161051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.65882362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.10.33761170.32912575X-RAY DIFFRACTION97.15
2.1-2.130.34981270.30692624X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.32781430.30262544X-RAY DIFFRACTION96.97
2.17-2.220.45381090.39662314X-RAY DIFFRACTION87.06
2.22-2.270.52871150.47542463X-RAY DIFFRACTION92.57
2.27-2.320.39211410.35152548X-RAY DIFFRACTION96.97
2.32-2.380.28981240.2742581X-RAY DIFFRACTION97.94
2.38-2.440.27411470.25892628X-RAY DIFFRACTION99.64
2.44-2.510.30161470.26632618X-RAY DIFFRACTION98.68
2.51-2.60.31411250.25442639X-RAY DIFFRACTION98.68
2.6-2.690.28241420.25492632X-RAY DIFFRACTION99.93
2.69-2.80.27511420.25482630X-RAY DIFFRACTION98.93
2.8-2.920.27041450.25962594X-RAY DIFFRACTION97.54
2.92-3.080.28431480.25512628X-RAY DIFFRACTION99.32
3.08-3.270.30121430.25382666X-RAY DIFFRACTION99.43
3.27-3.520.27861470.22812665X-RAY DIFFRACTION99.58
3.52-3.880.23141460.21352620X-RAY DIFFRACTION96.98
3.88-4.440.26681390.19522714X-RAY DIFFRACTION99.86
4.44-5.590.2361600.19932675X-RAY DIFFRACTION98.1
5.59-44.890.23641490.24182869X-RAY DIFFRACTION99.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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