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- EMDB-33486: Cryo-EM structure of binary complex of plant NLR Sr35 and effecto... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33486
タイトルCryo-EM structure of binary complex of plant NLR Sr35 and effector AvrSr35
マップデータ
試料
  • 複合体: binary complex of Sr35 and AvrSr35
    • 複合体: Sr35
      • タンパク質・ペプチド: Sr35
    • 複合体: AvrSr35
      • タンパク質・ペプチド: AvrSr35
キーワードPlant immunity / NLR / resistosome / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region ...Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Avirulence factor / CNL9
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum monococcum (植物) / Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ouyang SY / Zhao YB / Li ZK / Liu MX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172287 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Pathogen effector AvrSr35 triggers Sr35 resistosome assembly via a direct recognition mechanism.
著者: Yan-Bo Zhao / Meng-Xi Liu / Tao-Tao Chen / Xiaomin Ma / Ze-Kai Li / Zichao Zheng / Si-Ru Zheng / Lifei Chen / You-Zhi Li / Li-Rui Tang / Qi Chen / Peiyi Wang / Songying Ouyang /
要旨: Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. The direct recognition mechanism of pathogen effectors by coiled-coil NLRs (CNLs) ...Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. The direct recognition mechanism of pathogen effectors by coiled-coil NLRs (CNLs) remains unclear. We demonstrate that the CNL Sr35 directly recognizes the pathogen effector AvrSr35 from f. sp and report a cryo-electron microscopy structure of Sr35 resistosome and a crystal structure of AvrSr35. We show that AvrSr35 forms homodimers that are disassociated into monomers upon direct recognition by the leucine-rich repeat domain of Sr35, which induces Sr35 resistosome assembly and the subsequent immune response. The first 20 amino-terminal residues of Sr35 are indispensable for immune signaling but not for plasma membrane association. Our findings reveal the direct recognition and activation mechanism of a plant CNL and provide insights into biochemical function of Sr35 resistosome.
履歴
登録2022年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33486.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.2545495 - 2.0379667
平均 (標準偏差)0.0008930267 (±0.04748911)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : binary complex of Sr35 and AvrSr35

全体名称: binary complex of Sr35 and AvrSr35
要素
  • 複合体: binary complex of Sr35 and AvrSr35
    • 複合体: Sr35
      • タンパク質・ペプチド: Sr35
    • 複合体: AvrSr35
      • タンパク質・ペプチド: AvrSr35

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超分子 #1: binary complex of Sr35 and AvrSr35

超分子名称: binary complex of Sr35 and AvrSr35 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Sr35

超分子名称: Sr35 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Triticum monococcum (植物)

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超分子 #3: AvrSr35

超分子名称: AvrSr35 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)

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分子 #1: Sr35

分子名称: Sr35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Triticum monococcum (植物)
分子量理論値: 105.392203 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1 (その他)
配列文字列: TENLYFQSNA MEIAMGAIGS LLPKLGELLI GEITLEKKVR KGIESLITEL KLMQAVLSKV SKVPADQLDE GVKIWAGNVK ELSYQMEDI VDAFMVRVGD GGESTNPKNR VKKILKKVKK LFKNGKDLHR ISAALEEVVL QAKQLAELRQ RYEQEMRDTS A NTSVDPRM ...文字列:
TENLYFQSNA MEIAMGAIGS LLPKLGELLI GEITLEKKVR KGIESLITEL KLMQAVLSKV SKVPADQLDE GVKIWAGNVK ELSYQMEDI VDAFMVRVGD GGESTNPKNR VKKILKKVKK LFKNGKDLHR ISAALEEVVL QAKQLAELRQ RYEQEMRDTS A NTSVDPRM MALYTDVTEL VGIEETRDKL INMLTEGDDW SKHPLKTISI VGFGGLGKTT LAKAAYDKIK VQFDCGAFVS VS RNPEMKK VLKDILYGLD KVKYENIHNA ARDEKYLIDD IIEFLNDKRY LIVIDDIWNE KAWELIKCAF SKKSPGSRLI TTT RNVSVS EACCSSEDDI YRMEPLSNDV SRTLFCKRIF SQEEGCPQEL LKVSEEILKK CGGVPLAIIT IASLLANKGH IKAK DEWYA LLSSIGHGLT KNRSLEQMKK ILLFSYYDLP SYLKPCLLYL SIFPEDREIR RARLIWRWIS EGFVYSEKQD ISLYE LGDS YFNELVNRSM IQPIGIDDEG KVKACRVHDM VLDLICSLSS EENFVTILDD PRRKMPNSES KVRRLSIQNS KIDVDT TRM EHMRSVTVFS DNVVGKVLDI SRFKVLRVLD LEGCHVSDVG YVGNLLHLRY LGLKGTHVKD LPMEIGKLQF LLTLDLR GT KIEVLPWSVV QLRRLMCLYV DYGMKLPSGI GNLTFLEVLD DLGLSDVDLD FVKELGRLTK LRVLRLDFHG FDQSMGKA L EESISNMYKL DSLDVFVNRG LINCLSEHWV PPPRLCRLAF PSKRSWFKTL PSWINPSSLP LLSYLDITLF EVRSEDIQL LGTLPALVYL EIWNYSVFEE AHEVEAPVLS SGAALFPCAT ECRFIGIGAV PSMFPQGAAP RLKRLWFTFP AKWISSENIG LGMRHLPSL QRVVVDVISE GASREEADEA EAALRAAAED HPNRPILDIW

UniProtKB: CNL9

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分子 #2: AvrSr35

分子名称: AvrSr35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)
分子量理論値: 51.227949 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHSSGV DLGTENLYFQ SNANSKDIRE YLASTFPFEQ QSTILDSVKS IAKVQIDDRK AFDLQLKFRQ ENLAELKDQI ILSLGANNG NQNWQKLLDY TNKLDELSNT KISPEEFIEE IQKVLYKVKL ESTSTSKLYS QFNLSIQDFA LQIIHSKYKS N QISQNDLL ...文字列:
HHHHHHSSGV DLGTENLYFQ SNANSKDIRE YLASTFPFEQ QSTILDSVKS IAKVQIDDRK AFDLQLKFRQ ENLAELKDQI ILSLGANNG NQNWQKLLDY TNKLDELSNT KISPEEFIEE IQKVLYKVKL ESTSTSKLYS QFNLSIQDFA LQIIHSKYKS N QISQNDLL KLITEDEMLK ILAKTKVLTY KMKYFDSASK MGINKYISTE MMDLDWQFSH YKTFNDALKK NKASDSSYLG WL THGYSIK YGLSPNNERS MFFQDGRKYA ELYAFSKSPH RKIIPGEHLK DLLAKINKSK GIFLDQNALL DKRIYAFHEL NTL ETHFPG ITSSFTDDLK SNYRKKMESV SLTCQVLQEI GNIHRFIESK VPYHSSTEYG LFSIPKIFSI PIDYKHGEKE NLVS YVDFL YSTAHERILQ DNSINQLCLD PLQESLNRIK SNIPVF

UniProtKB: Avirulence factor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84004
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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